180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5159 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009426  Saro_3983  hypothetical protein  46.55 
 
 		 1013 aa  793    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5159  conjugative relaxase region-like protein  100 
 
 		 1014 aa  2033    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5223  conjugative relaxase region-like protein  72.76 
 
 		 1010 aa  1419    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2183  TrwC protein  45.56 
 
 		 542 aa  378  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.964158  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4192  TrwC protein  30.89 
 
 		 961 aa  333  7.000000000000001e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135476 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0032  hypothetical protein  29.63 
 
 		 982 aa  322  3e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  31.8 
 
 		 926 aa  315  1.9999999999999998e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2489  TrwC protein  32.25 
 
 		 936 aa  315  3.9999999999999997e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1027  TrwC protein  28.23 
 
 		 1035 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.304384 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  29.18 
 
 		 929 aa  304  7.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  28.96 
 
 		 964 aa  288  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2424  exonuclease V subunit alpha  29.09 
 
 		 923 aa  275  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  26.48 
 
 		 943 aa  251  5e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  27.09 
 
 		 1170 aa  251  6e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5390  conjugative relaxase domain protein  27 
 
 		 1665 aa  243  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1622  exonuclease V subunit alpha  25.5 
 
 		 1112 aa  221  5e-56  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0010  conjugal transfer nickase/helicase TraI  39.3 
 
 		 1756 aa  194  9e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0549712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2182  hypothetical protein  45.93 
 
 		 261 aa  190  1e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.241559  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4309  conjugal transfer nickase/helicase TraI  40.33 
 
 		 1807 aa  185  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1976  conjugative relaxase domain protein  25.32 
 
 		 919 aa  181  8e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.353568  normal  0.0542382 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3904  hypothetical protein  32.99 
 
 		 1111 aa  174  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7342  conjugative relaxase domain protein  38.31 
 
 		 1486 aa  172  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.113583 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0039  hypothetical protein  33.66 
 
 		 1955 aa  171  5e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.401794  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0059  DNA helicase  26.51 
 
 		 875 aa  171  7e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.186545  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  28.32 
 
 		 907 aa  165  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6204  conjugative relaxase domain-containing protein  31.29 
 
 		 1087 aa  152  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6333  conjugative relaxase domain protein  22.77 
 
 		 870 aa  151  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_21  protein TraI (DNA helicase I)  24.33 
 
 		 1936 aa  150  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0027  putative protein traI  25.32 
 
 		 612 aa  149  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.483518  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  24.52 
 
 		 918 aa  147  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4421  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.96 
 
 		 1986 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.478197 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4392  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.68 
 
 		 1986 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4429  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.96 
 
 		 1986 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4517  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.96 
 
 		 1986 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4591  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.96 
 
 		 1986 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.836035 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4614  conjugative transfer relaxase protein TraI  30.96 
 
 		 1986 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.441431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0651  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  33.78 
 
 		 379 aa  141  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2354  conjugative relaxase domain protein  26.13 
 
 		 1351 aa  140  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1195  conjugative relaxase domain-containing protein  26.31 
 
 		 907 aa  129  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.844088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1944  conjugative relaxase domain-containing protein  33.09 
 
 		 910 aa  128  5e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0077  conjugative transfer relaxase protein TraI  24.72 
 
 		 1428 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.850506 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1790  TrwC relaxase  34.84 
 
 		 322 aa  107  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428161  normal  0.65409 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4481  conjugative relaxase domain-containing protein  34.16 
 
 		 907 aa  107  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.569556  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0253  TrwC relaxase  25.69 
 
 		 957 aa  104  7e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  26.98 
 
 		 1176 aa  102  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  25.42 
 
 		 1174 aa  99.8  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  27.17 
 
 		 1231 aa  96.3  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3734  exonuclease V subunit alpha  27.12 
 
 		 1952 aa  95.5  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  26.92 
 
 		 1836 aa  95.5  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  26.76 
 
 		 1797 aa  95.1  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  26.92 
 
 		 981 aa  94  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  26.94 
 
 		 1523 aa  92.4  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  26.94 
 
 		 1523 aa  92.4  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  26.02 
 
 		 1623 aa  89.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  34.5 
 
 		 1175 aa  89  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  27.76 
 
 		 1093 aa  85.5  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  32.47 
 
 		 944 aa  85.1  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  32.67 
 
 		 1107 aa  83.2  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3254  exonuclease V subunit alpha  27.4 
 
 		 1529 aa  82.4  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.134298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  31.6 
 
 		 946 aa  81.6  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  31.6 
 
 		 945 aa  81.6  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  35.33 
 
 		 1102 aa  78.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  33.98 
 
 		 1536 aa  77.4  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  31.51 
 
 		 1100 aa  76.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.12 
 
 		 1105 aa  76.6  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  31.78 
 
 		 998 aa  75.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  34.78 
 
 		 1102 aa  75.9  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  33.47 
 
 		 1557 aa  75.1  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  30.3 
 
 		 1107 aa  75.1  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  32.8 
 
 		 2090 aa  74.7  0.000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  31.66 
 
 		 1184 aa  74.7  0.000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  31.39 
 
 		 1000 aa  74.3  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  31.39 
 
 		 1000 aa  74.3  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.11 
 
 		 1102 aa  73.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  33.16 
 
 		 1123 aa  73.9  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  32.34 
 
 		 1034 aa  73.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.39 
 
 		 1245 aa  73.6  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  31.36 
 
 		 976 aa  73.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  31.36 
 
 		 976 aa  73.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  33.16 
 
 		 1100 aa  72.8  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  34.39 
 
 		 952 aa  72.8  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  30.64 
 
 		 998 aa  72.4  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  33.92 
 
 		 985 aa  71.6  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  30.23 
 
 		 1980 aa  71.6  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.15 
 
 		 1098 aa  71.6  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.74 
 
 		 1098 aa  70.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  37.43 
 
 		 1034 aa  70.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  33.33 
 
 		 1976 aa  70.1  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  23.6 
 
 		 1356 aa  70.1  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  33.33 
 
 		 952 aa  70.1  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  36.84 
 
 		 1006 aa  69.7  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  37.77 
 
 		 1538 aa  68.9  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  36.6 
 
 		 1025 aa  68.6  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  34.32 
 
 		 1039 aa  68.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.44 
 
 		 1095 aa  68.2  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  30.85 
 
 		 814 aa  68.2  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  30.64 
 
 		 968 aa  67.8  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2792  exonuclease V subunit alpha  30.1 
 
 		 1955 aa  65.9  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.282782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  34.38 
 
 		 982 aa  65.9  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  23.67 
 
 		 711 aa  65.1  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>