More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5155 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  608  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 295 aa  275  5e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 297 aa  271  8.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 297 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 318 aa  116  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 325 aa  109  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 347 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 324 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 348 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 349 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0183  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 345 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 296 aa  99.8  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 311 aa  99.8  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 297 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 339 aa  96.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 363 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 317 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  25.76 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 291 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 291 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 361 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 298 aa  89.4  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 332 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.71 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.88 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 280 aa  86.7  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 303 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  34.84 
 
 		 286 aa  86.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 288 aa  85.9  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 288 aa  85.9  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 306 aa  85.9  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 288 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>