More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5115 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5115  phage integrase family protein  100 
 
 		 304 aa  619  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244336  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1084  integrase/recombinase XerD, putative  71.23 
 
 		 296 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.636718  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3892  integrase/recombinase  65.56 
 
 		 310 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2987  putative site specific integrase  58.09 
 
 		 318 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  30.77 
 
 		 323 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4608  site-specific recombinase, phage integrase family  33.22 
 
 		 320 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1475  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.22 
 
 		 320 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.04346  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.33 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  32.76 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  30.9 
 
 		 329 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1492  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  33.1 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4798  phage integrase family protein  31.71 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.586427 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  31.11 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.57 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  24.16 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.81 
 
 		 295 aa  86.3  6e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.32 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  28.72 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  31.58 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  27.86 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  31.6 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  24.6 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1326  integrase family protein  27.72 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.847423  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  28.73 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  24.62 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.44 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  25.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 298 aa  80.1  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.18 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  30.27 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.99 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.99 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.99 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  26.57 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  25.57 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  26.94 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  24.34 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  25.86 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  29.2 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  24.54 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  26.82 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2705  integrase family protein  22.61 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.800791  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.09 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.99 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.65 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.65 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  22.54 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.82 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  28.2 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.65 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0078  phage integrase family protein  23.67 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  24.16 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  23.6 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.22 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  26.87 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.22 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  22.49 
 
 		 308 aa  72.4  0.00000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.89 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  20.92 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2063  tyrosine recombinase XerD  21.61 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.86 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  21.48 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  25.17 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  28.32 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  28.17 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  26.53 
 
 		 345 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  22.46 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  23.79 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  28.88 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2159  tyrosine recombinase XerD  30.07 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 320 aa  70.5  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  25.35 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  26.59 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  24.83 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.34 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  24.35 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  21.51 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  27.65 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1777  tyrosine recombinase XerD  20.88 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  25.66 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.87 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2651  integrase/recombinase  26.21 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.178628 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  25.95 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  23.33 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.79 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  21.81 
 
 		 298 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.91 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  27.72 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>