52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5004 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5004  VirB8 family protein  100 
 
 		 229 aa  467  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04145  normal  0.518843 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5081  VirB8 family protein  48.83 
 
 		 223 aa  202  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0251  Type IV secretory pathway AvhB8 protein  49.31 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0682  VirB8 family protein  43.89 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.765146  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4341  VirB8  45.07 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342732  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4372  VirB8 family protein  43.5 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.929771 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4440  VirB8  35.07 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  37.05 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  36.24 
 
 		 231 aa  139  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6330  VirB8 family protein  36.7 
 
 		 251 aa  138  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0062  type IV secretion system protein VirB8  34.42 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622511  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0057  type IV secretion system protein VirB8  34.42 
 
 		 239 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5819  VirB8 family protein  35.29 
 
 		 240 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  35.35 
 
 		 230 aa  125  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4558  VirB8 family protein  36.04 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837968  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1142  VirB8 family protein  35.29 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a016  conjugal transfer protein TraJ/VirB8  29.5 
 
 		 202 aa  104  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0176  cmgB8  30.24 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.579945  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5023  VirB8 family protein  30.7 
 
 		 238 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00032583  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0036  cmgB8  30 
 
 		 220 aa  95.1  8e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0013  conjugal transfer protein TraG  29.9 
 
 		 245 aa  90.1  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.734906 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3526  type IV secretion system protein VirB8  29.65 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0022  VirB8  25.12 
 
 		 234 aa  86.3  4e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0743  type IV secretion system protein VirB8  28.72 
 
 		 225 aa  84.7  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.123986  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6155  type IV secretion system protein VirB8  28.37 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0044  type IV secretion system protein VirB8  24.64 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.677049  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0043  TriG protein  29.44 
 
 		 228 aa  82.8  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08208  conjugal transfer protein TraG  27.93 
 
 		 251 aa  77.4  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0004  type IV secretion system protein VirB8  25.99 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.2066  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0027  conjugal transfer protein  31.46 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1482  VirB8 family protein  27.56 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2448  VirB8 family protein  29.86 
 
 		 351 aa  72.8  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0866  VirB8 family protein  30.4 
 
 		 290 aa  72  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8221  type IV secretion system protein VirB8  28.49 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6211  VirB8 family protein  31.31 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0724347 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1681  type IV secretory pathway, VirB8 component  30.77 
 
 		 215 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.944292  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4197  VirB8 family protein  29.35 
 
 		 234 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  0.861265 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3318  VirB8 family protein  28.86 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4848  VirB8  28.86 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7530  VirB8 family protein  27.49 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.587381  normal  0.0751978 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0158  hypothetical protein  24.89 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0176  hypothetical protein  25.56 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0453  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  27.72 
 
 		 248 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0167  VirB8 family protein  26.5 
 
 		 252 aa  53.5  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.42485 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0097  pilx8 protein  25.75 
 
 		 237 aa  52.8  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0330769  normal  0.561395 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1759  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  26.87 
 
 		 239 aa  51.2  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117754  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2652  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  27.36 
 
 		 234 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0001  VirB8  23.81 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7350  Type IV secretory pathway component VirB8 protein-like protein  28.89 
 
 		 299 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.160326 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0113  TriG protein  25.7 
 
 		 228 aa  48.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6500  VirB8 family protein  24.5 
 
 		 234 aa  45.4  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  23.64 
 
 		 260 aa  43.1  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>