35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4934 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  100 
 
 		 368 aa  733    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  70.03 
 
 		 377 aa  436  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  45.33 
 
 		 344 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  34.13 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  36.05 
 
 		 400 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  34.78 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  41.88 
 
 		 344 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  35.09 
 
 		 351 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  34.86 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  34.86 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  38.57 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  41.36 
 
 		 344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  41.36 
 
 		 344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  34.91 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  35.58 
 
 		 367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  36.59 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  38.49 
 
 		 368 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  34.47 
 
 		 321 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  34.34 
 
 		 368 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  39.11 
 
 		 363 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  37.17 
 
 		 377 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  29.59 
 
 		 462 aa  99  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  30 
 
 		 416 aa  98.6  2e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  28.11 
 
 		 438 aa  95.5  1e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  29.63 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8212  type IV secretion system T-DNA border endonuclease VirD2  24.73 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  31.07 
 
 		 745 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  30.1 
 
 		 776 aa  53.9  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  25.88 
 
 		 409 aa  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  36.36 
 
 		 668 aa  47.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3989  relaxase/mobilization nuclease family protein  29.51 
 
 		 777 aa  44.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2839  hypothetical protein  33.33 
 
 		 208 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0148  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  27.5 
 
 		 540 aa  43.9  0.004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00412504  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3656  relaxase/mobilization nuclease family protein  28.57 
 
 		 777 aa  43.9  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0486452  decreased coverage  0.000000302342 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3848  hypothetical protein  28.27 
 
 		 587 aa  43.1  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0201094  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>