More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4644 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4644  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 68 aa  141  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2586  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 		 68 aa  117  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.765409  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5339  cold-shock DNA-binding protein family protein  82.81 
 
 		 71 aa  115  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1480  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.29852 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4194  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7022  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.12 
 
 		 70 aa  97.1  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0599246  normal  0.604228 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 70 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0311  cold-shock protein, DNA-binding  69.7 
 
 		 68 aa  94.4  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 68 aa  93.6  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 68 aa  94  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 73 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 68 aa  92  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  67.65 
 
 		 69 aa  92  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.662229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0003  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 69 aa  90.9  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00586625  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  65.67 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 		 69 aa  90.9  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.29 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  65.22 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  65.22 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 69 aa  90.1  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 68 aa  90.5  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 68 aa  90.5  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 68 aa  90.5  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  66.18 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2199  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  89.4  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  65.67 
 
 		 69 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  61.76 
 
 		 69 aa  89.4  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.06 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 69 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.71 
 
 		 69 aa  87.8  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 69 aa  87.8  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2375  cold-shock protein, DNA-binding  60.61 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  63.24 
 
 		 69 aa  87.4  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 69 aa  87  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 71 aa  87  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 69 aa  87  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  61.76 
 
 		 69 aa  87  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  87  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1179  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 70 aa  87  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.810409  normal  0.131975 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.24 
 
 		 69 aa  87  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1730  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 		 71 aa  87  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.244991 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 68 aa  87  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 		 288 aa  87  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2533  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 69 aa  86.7  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1364  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 		 71 aa  86.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185476  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 69 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1283  cold-shock DNA-binding domain protein  65.08 
 
 		 70 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 68 aa  85.9  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0270  cold-shock DNA-binding domain protein  58.82 
 
 		 67 aa  85.9  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3003  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  58.46 
 
 		 68 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  58.46 
 
 		 68 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 69 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.82 
 
 		 68 aa  85.9  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 		 70 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  61.9 
 
 		 105 aa  85.5  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2957  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 		 67 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.200644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2743  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 		 71 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  62.69 
 
 		 69 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  60.29 
 
 		 74 aa  85.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 68 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 		 68 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7552  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 67 aa  85.1  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 68 aa  85.1  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 69 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1056  cold-shock DNA-binding domain protein  56.52 
 
 		 70 aa  84.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.102694 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3436  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  84.7  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2873  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 		 70 aa  84.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  60.87 
 
 		 69 aa  84.3  5e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3214  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 		 68 aa  84.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.265865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1556  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 		 70 aa  84  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3148  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.32 
 
 		 71 aa  84.3  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0858327  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  60.29 
 
 		 69 aa  84  7e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 68 aa  84  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  60.29 
 
 		 69 aa  84  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2320  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 67 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.680465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4272  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 66 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217345  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  56.92 
 
 		 68 aa  83.6  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 		 69 aa  83.6  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.33157  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2846  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 		 73 aa  83.6  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.495681  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3054  cold-shock protein, DNA-binding  62.12 
 
 		 66 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 		 69 aa  82.8  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1620  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 70 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.246445 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>