More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4608 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  100 
 
 		 550 aa  1106    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  49.81 
 
 		 545 aa  524  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  55.72 
 
 		 549 aa  514  1e-144  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.47 
 
 		 535 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  41.3 
 
 		 527 aa  322  8e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  39.53 
 
 		 551 aa  319  7e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  40.34 
 
 		 535 aa  318  2e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  39.43 
 
 		 547 aa  317  4e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  38.95 
 
 		 544 aa  310  2.9999999999999997e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.01 
 
 		 534 aa  306  9.000000000000001e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.01 
 
 		 534 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  37.91 
 
 		 542 aa  299  8e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 552 aa  291  2e-77  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  36.6 
 
 		 538 aa  282  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.35 
 
 		 543 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.69 
 
 		 509 aa  265  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 		 537 aa  260  6e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 546 aa  249  7e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.11 
 
 		 525 aa  249  8e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 520 aa  248  2e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 543 aa  246  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 		 550 aa  243  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 708 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  34.48 
 
 		 538 aa  240  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 		 572 aa  236  6e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 537 aa  231  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.66 
 
 		 517 aa  230  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 560 aa  228  2e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.49 
 
 		 517 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.66 
 
 		 517 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.95 
 
 		 517 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  35.46 
 
 		 517 aa  226  8e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.41 
 
 		 516 aa  226  9e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.95 
 
 		 517 aa  226  9e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  34.94 
 
 		 568 aa  226  9e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 		 518 aa  223  6e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 538 aa  223  8e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.45 
 
 		 505 aa  220  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.25 
 
 		 517 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 490 aa  219  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.05 
 
 		 517 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.16 
 
 		 517 aa  218  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.25 
 
 		 522 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 517 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  31.25 
 
 		 522 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 541 aa  217  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 512 aa  216  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.08 
 
 		 518 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.32 
 
 		 513 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.85 
 
 		 522 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.85 
 
 		 522 aa  213  7.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.74 
 
 		 512 aa  212  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 544 aa  210  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 507 aa  209  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 521 aa  208  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 807 aa  207  4e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.77 
 
 		 537 aa  207  4e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 516 aa  206  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 539 aa  205  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.59 
 
 		 514 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.44 
 
 		 517 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 504 aa  204  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  29.94 
 
 		 547 aa  204  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 511 aa  203  6e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 539 aa  203  7e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.58 
 
 		 512 aa  203  8e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  31.55 
 
 		 515 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  34.39 
 
 		 564 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  30.2 
 
 		 570 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 630 aa  200  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  29.69 
 
 		 549 aa  200  7e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 499 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2828  benzoate-CoA ligase family  27.79 
 
 		 525 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 492 aa  198  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  29.04 
 
 		 509 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  29.74 
 
 		 578 aa  198  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  31.81 
 
 		 608 aa  197  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 513 aa  198  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 530 aa  197  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 528 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 536 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 506 aa  196  9e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.4 
 
 		 517 aa  196  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  29.3 
 
 		 549 aa  196  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.4 
 
 		 517 aa  196  1e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.4 
 
 		 517 aa  196  1e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  33.13 
 
 		 500 aa  195  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 506 aa  195  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  31.91 
 
 		 529 aa  195  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 511 aa  194  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 528 aa  194  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 586 aa  194  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  30.04 
 
 		 503 aa  194  4e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 		 511 aa  194  4e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0163  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.29 
 
 		 515 aa  194  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  27.92 
 
 		 514 aa  193  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3956  feruloyl-CoA synthetase  34.29 
 
 		 515 aa  193  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3028  feruloyl-CoA synthetase  34.29 
 
 		 515 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3343  feruloyl-CoA synthetase  34.29 
 
 		 515 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1574  feruloyl-CoA synthetase  34.29 
 
 		 515 aa  193  6e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>