More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4205 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 382 aa  779    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  29.74 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 398 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 399 aa  96.3  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 329 aa  95.1  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.37 
 
 		 315 aa  92.8  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 368 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  23.71 
 
 		 384 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 333 aa  90.5  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.06 
 
 		 305 aa  89.4  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 313 aa  89.4  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 313 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 313 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 313 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  28.05 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 350 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  34.36 
 
 		 296 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  34.16 
 
 		 295 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 347 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  30.39 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  25.12 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 329 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  30.94 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  30.94 
 
 		 323 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  24.56 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  30.94 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  26.35 
 
 		 343 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  24.61 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 326 aa  81.3  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 329 aa  80.5  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 321 aa  80.1  0.00000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 279 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  29.31 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 338 aa  76.6  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 388 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.67 
 
 		 325 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 310 aa  75.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  30.32 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 325 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 277 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 277 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 333 aa  72  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 361 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 342 aa  70.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  29.63 
 
 		 319 aa  70.5  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  34.91 
 
 		 1366 aa  70.1  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  26.67 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  32.14 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 287 aa  69.3  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 303 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 214 aa  68.9  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 330 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 254 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.42 
 
 		 300 aa  68.9  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 271 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 271 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 271 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  30.66 
 
 		 302 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 513 aa  67  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 271 aa  67  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0706  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 330 aa  67  0.0000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0374737  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 271 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 279 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  28.85 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>