More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4088 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1708  TonB-dependent receptor  63.95 
 
 		 808 aa  1043    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.164622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4088  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 814 aa  1657    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0165324  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2250  TonB-dependent receptor  43.6 
 
 		 851 aa  597  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0474  TonB-dependent receptor  43.75 
 
 		 873 aa  597  1e-169  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1887  TonB-dependent receptor  43.19 
 
 		 848 aa  593  1e-168  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4474  TonB-dependent receptor  42.66 
 
 		 855 aa  578  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.18025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0198  outer membrane receptor for iron transport  43.02 
 
 		 878 aa  566  1e-160  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1518  TonB-dependent receptor  42.89 
 
 		 854 aa  560  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.388844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  34.87 
 
 		 767 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  34.05 
 
 		 835 aa  375  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  34.91 
 
 		 778 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  35.36 
 
 		 778 aa  361  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 803 aa  360  5e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  32.59 
 
 		 790 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 		 790 aa  358  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0216  TonB-dependent receptor  34.39 
 
 		 786 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 800 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 		 800 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4608  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 771 aa  320  7e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.670183  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0549  TonB-dependent receptor  28.46 
 
 		 832 aa  295  3e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3141  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 815 aa  293  8e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2555  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 		 833 aa  264  4.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 761 aa  252  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 775 aa  251  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  30.17 
 
 		 769 aa  248  3e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4338  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 864 aa  248  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438628  normal  0.924042 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5396  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 838 aa  245  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 862 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3067  TonB-dependent receptor  28.7 
 
 		 903 aa  237  7e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2040  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 815 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.862919  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 784 aa  236  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 730 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 757 aa  233  9e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 790 aa  229  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 796 aa  228  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2637  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 773 aa  228  4e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 720 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 777 aa  226  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.74 
 
 		 755 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 734 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 741 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0144  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 756 aa  223  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.398028  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4329  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 734 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.692193  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 765 aa  222  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 792 aa  221  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 745 aa  219  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 862 aa  219  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 794 aa  218  2.9999999999999998e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 730 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 896 aa  212  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4231  TonB-dependent receptor  30.64 
 
 		 776 aa  211  5e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 919 aa  211  6e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 797 aa  211  6e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 783 aa  210  8e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 817 aa  209  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 803 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  28.78 
 
 		 710 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 794 aa  208  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.07 
 
 		 739 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 780 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 704 aa  206  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 755 aa  206  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 741 aa  205  2e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 743 aa  205  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 732 aa  205  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 726 aa  204  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 722 aa  204  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 749 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  28.67 
 
 		 736 aa  200  9e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 775 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 790 aa  198  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 725 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 769 aa  197  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 796 aa  197  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_009511  Swit_1702  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 788 aa  197  9e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 758 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 747 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 785 aa  196  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0787  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 788 aa  195  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.114604  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 		 731 aa  194  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 763 aa  193  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 761 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 771 aa  192  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  26.83 
 
 		 759 aa  191  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1633  TonB-dependent receptor, plug  32.16 
 
 		 906 aa  191  4e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.257863  normal  0.346647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 713 aa  191  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 783 aa  191  5.999999999999999e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 761 aa  191  5.999999999999999e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 743 aa  189  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 729 aa  189  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 780 aa  188  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01058  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 860 aa  189  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 783 aa  188  4e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 751 aa  187  6e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5277  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 755 aa  187  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195496 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 743 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 771 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 773 aa  185  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 784 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 728 aa  184  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>