More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3704 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 202 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1684  transcriptional regulator, TetR family  77.23 
 
 		 202 aa  314  5e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1833  TetR family transcriptional regulator  77.39 
 
 		 202 aa  311  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal  0.286062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1307  transcriptional regulator, TetR family  78.79 
 
 		 202 aa  290  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1250  TetR family transcriptional regulator  67.33 
 
 		 202 aa  278  3e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3835  TetR family transcriptional regulator  67.33 
 
 		 202 aa  278  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3852  TetR family transcriptional regulator  67.33 
 
 		 202 aa  278  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1920  TetR family transcriptional regulator  67.33 
 
 		 202 aa  278  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2686  TetR family transcriptional regulator  66.83 
 
 		 202 aa  275  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0616794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1022  transcriptional regulator, TetR family  79.8 
 
 		 202 aa  274  5e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  66.16 
 
 		 202 aa  272  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0144  TetR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 202 aa  259  2e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1915  transcriptional regulator, TetR family  69.23 
 
 		 200 aa  257  8e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1046  TetR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 201 aa  231  6e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1240  TetR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 201 aa  220  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1059  TetR family transcriptional regulator  54.77 
 
 		 212 aa  218  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.659814 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1325  transcriptional regulator, TetR family  51.81 
 
 		 203 aa  218  5e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.161657  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1926  transcriptional regulator, TetR family  53.03 
 
 		 202 aa  214  9e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.930045  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1362  TetR family transcriptional regulator  76.47 
 
 		 139 aa  209  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1283  transcriptional regulator, TetR family  47.62 
 
 		 199 aa  188  4e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3094  TetR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 212 aa  175  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3622  TetR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 236 aa  158  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.311842  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1674  TetR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.997457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3254  TetR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 199 aa  145  5e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2838  hypothetical protein  44.83 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209272 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  35.47 
 
 		 213 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  34.73 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3709  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 205 aa  101  9e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 197 aa  98.2  8e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 200 aa  95.5  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0223  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 195 aa  94  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000853805  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 196 aa  93.2  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3410  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 196 aa  90.5  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000655293  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2178  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 181 aa  84.3  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000638624  hitchhiker  0.00000363527 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 200 aa  82  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0355  transcriptional regulator, TetR family  28.39 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2389  nucleoid occlusion protein  33.33 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.102395  normal  0.522775 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3302  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.696216 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1903  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 197 aa  72  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000201758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1045  transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 203 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00830488  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1909  transcriptional regulator, TetR family  24.74 
 
 		 197 aa  71.2  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1012  hypothetical protein  34.33 
 
 		 194 aa  67.8  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0104  transcriptional regulator, TetR family  26.4 
 
 		 198 aa  67  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2985  nucleoid occlusion protein  28.86 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111899  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 203 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 218 aa  66.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0620  nucleoid occlusion protein  23.46 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000140669 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0255  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.540416  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0432  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0796504  hitchhiker  0.00000000967411 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2593  nucleoid occlusion protein  25.79 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000323733  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1689  transcriptional regulator, TetR family  24.49 
 
 		 199 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.403978 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3502  nucleoid occlusion protein  27.75 
 
 		 195 aa  64.7  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.284468  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1079  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 215 aa  63.9  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2484  nucleoid occlusion protein  27.65 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.11022  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3098  nucleoid occlusion protein  27.65 
 
 		 220 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.170288  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3114  nucleoid occlusion protein  27.49 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001824  transcriptional regulator  27.74 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000410739  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3674  nucleoid occlusion protein  27.27 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00408157  normal  0.151909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0044  nucleoid occlusion protein  26.47 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00442405  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0062  nucleoid occlusion protein  27.51 
 
 		 232 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0141  nucleoid occlusion protein  27.45 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102052  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4251  nucleoid occlusion protein  24.1 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0385  nucleoid occlusion protein  25.15 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000224895  hitchhiker  0.00861349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3007  nucleoid occlusion protein  28.82 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00047  nucleoid occlusion protein  25.74 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0194  nucleoid occlusion protein  27.52 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3145  nucleoid occlusion protein  30.07 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.909533  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0373  nucleoid occlusion protein  25.15 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0485263  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0399  nucleoid occlusion protein  25.15 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0627309  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00651  nucleoid occlusion protein  27.74 
 
 		 196 aa  60.5  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0374  nucleoid occlusion protein  25.15 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000212742  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6449  nucleoid occlusion protein  26.9 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.695285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3600  nucleoid occlusion protein  24.1 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.741133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0356  nucleoid occlusion protein  24.1 
 
 		 197 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3773  nucleoid occlusion protein  24.1 
 
 		 197 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.461125 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3521  nucleoid occlusion protein  23.81 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4942  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 247 aa  58.2  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1468  TetR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 260 aa  58.2  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1117  nucleoid occlusion protein  23.9 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.862438  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0378  nucleoid occlusion protein  29.27 
 
 		 230 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.99909  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4387  nucleoid occlusion protein  26.36 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.449333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0501  nucleoid occlusion protein  23.98 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.957497  normal  0.22516 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3361  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3247  nucleoid occlusion protein  29.27 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0542  nucleoid occlusion protein  22.22 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  28.49 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 211 aa  57  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0459  nucleoid occlusion protein  22.89 
 
 		 197 aa  57  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0126678  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 189 aa  57  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2908  nucleoid occlusion protein  29.27 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.946505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2181  nucleoid occlusion protein  29.27 
 
 		 229 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0183  nucleoid occlusion protein  29.27 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.24476  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0193  nucleoid occlusion protein  29.27 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>