More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3580 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3580  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 835 aa  1679    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3349  TonB-dependent receptor  40.82 
 
 		 815 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.51089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2657  TonB-dependent receptor plug  40.2 
 
 		 811 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0512157  normal  0.824086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2607  TonB-dependent siderophore receptor, putative  37.82 
 
 		 832 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0816697  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3441  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 843 aa  444  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00117935  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2484  TonB-dependent siderophore receptor, putative  36.09 
 
 		 800 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104897  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1344  ferric enterobactin receptor  36.49 
 
 		 788 aa  436  1e-121  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  unclonable  0.00000000120084  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1279  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 788 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  unclonable  0.0000000456142  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2892  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  37.09 
 
 		 815 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3011  TonB-dependent sideophore receptor, putative  36.19 
 
 		 821 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2290  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  36.35 
 
 		 800 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000569019 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01939  TonB-dependent outer membrane receptor  36.05 
 
 		 795 aa  419  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01941  TonB-dependent outer membrane receptor  37.52 
 
 		 784 aa  416  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02222  putative TonB-dependent receptor  34 
 
 		 853 aa  415  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1342  ferric enterobactin receptor  35.6 
 
 		 793 aa  411  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.127602  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1277  TonB-dependent receptor  35.41 
 
 		 793 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0868326  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0456  TonB-dependent receptor  34.97 
 
 		 797 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000941597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0442  TonB-dependent receptor  34.88 
 
 		 797 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126161  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0430  TonB-dependent receptor  35 
 
 		 797 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000261093  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2621  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 		 871 aa  401  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3152  TonB-dependent receptor  35.53 
 
 		 811 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.248093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0517  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 817 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069894  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3139  TonB-dependent receptor  34.72 
 
 		 795 aa  398  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0252363  normal  0.788798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0932  TonB-dependent receptor, plug  34.42 
 
 		 840 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3540  TonB-dependent receptor  34.16 
 
 		 812 aa  395  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000560682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0415  TonB-dependent receptor  34.16 
 
 		 812 aa  395  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0145049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3884  TonB-dependent receptor  35 
 
 		 797 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000140414  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3715  TonB-dependent receptor  34.29 
 
 		 812 aa  395  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000223353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2507  TonB-dependent receptor  36.44 
 
 		 842 aa  391  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21630  TonB-dependent siderophore receptor  35.92 
 
 		 833 aa  392  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2718  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 803 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000743296 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04865  TonB-dependent outer membrane Receptor  35.96 
 
 		 811 aa  389  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37490  putative TonB-dependent receptor  35.61 
 
 		 883 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0134389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2509  TonB-dependent receptor  34.71 
 
 		 803 aa  383  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0337373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7322  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 804 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01938  TonB-dependent outer membrane Receptor  34.3 
 
 		 799 aa  377  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2342  TonB-dependent receptor  33.45 
 
 		 795 aa  371  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0935  TonB-dependent receptor, plug  32.4 
 
 		 961 aa  372  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2417  TonB-dependent receptor, plug  34.94 
 
 		 823 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.599491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0153  TonB-dependent receptor plug  34.68 
 
 		 918 aa  366  1e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 933 aa  362  1e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2031  TonB-dependent receptor  33.17 
 
 		 849 aa  352  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30590  putative outer membrane receptor protein  34.06 
 
 		 884 aa  351  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.507511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1934  TonB-dependent receptor plug  32.39 
 
 		 813 aa  342  1e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.860003 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0399  putative TonB-dependent siderophore receptor  31.1 
 
 		 818 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2260  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 852 aa  338  1.9999999999999998e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0915  TonB-dependent receptor plug  30.78 
 
 		 842 aa  338  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0358402  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1708  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 817 aa  335  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2160  TonB-dependent receptor, plug  30.71 
 
 		 797 aa  334  5e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00475664  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2276  TonB-dependent receptor plug  31.73 
 
 		 873 aa  331  4e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0702  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 948 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.861146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2466  TonB-dependent receptor  32.38 
 
 		 887 aa  325  2e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2592  TonB-dependent receptor plug  30.06 
 
 		 885 aa  323  6e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1412  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 		 847 aa  323  7e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2896  putative TonB-dependent outer membrane receptor  31.59 
 
 		 867 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000792676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0393  putative TonB-dependent siderophore receptor  31.63 
 
 		 847 aa  323  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0959  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 858 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1586  TonB-dependent receptor plug  31.78 
 
 		 816 aa  323  9.999999999999999e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1028  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 861 aa  320  1e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.518933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3331  TonB-dependent receptor  32.19 
 
 		 867 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2180  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 869 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.225635  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3801  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 		 800 aa  315  1.9999999999999998e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5926  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 924 aa  315  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.61038 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2586  TonB-dependent receptor plug  32.41 
 
 		 924 aa  313  1e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.427488  normal  0.0373084 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3081  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 857 aa  313  1e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3218  putative TonB-dependent receptor for Fe  32.32 
 
 		 848 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3096  TonB-dependent receptor  31.03 
 
 		 851 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01565  putative TonB-dependent receptor  32.06 
 
 		 874 aa  310  1.0000000000000001e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0773704  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2818  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 		 853 aa  307  4.0000000000000004e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1693  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 858 aa  308  4.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2289  outer membrane protein  30.09 
 
 		 870 aa  307  6e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000176254  unclonable  0.000000033388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0349  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 850 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1723  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 868 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00128023  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2931  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 870 aa  300  6e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000063349  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2318  TonB-dependent receptor  31.95 
 
 		 879 aa  296  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.488825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1378  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 872 aa  291  3e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.571563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2934  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 987 aa  290  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2320  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 		 947 aa  289  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.500689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01460  TonB-dependent receptor, putative  29.58 
 
 		 864 aa  285  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1490  TonB-dependent receptor, plug  28.11 
 
 		 948 aa  200  9e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02745  putative TonB-dependent outer membrane receptor  30.9 
 
 		 1015 aa  200  9e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1061  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 867 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.797975 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02748  putative TonB-dependent outer membrane receptor  28.85 
 
 		 856 aa  177  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3992  TonB-dependent receptor plug  29.67 
 
 		 877 aa  167  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000578647  normal  0.249271 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0162  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 817 aa  146  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2074  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 836 aa  138  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1940  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 838 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0622221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2045  TonB-dependent receptor plug  25.42 
 
 		 853 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0699598  hitchhiker  0.00000000333969 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2418  TonB-dependent receptor plug  25.42 
 
 		 853 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0641681  hitchhiker  0.00118555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2302  TonB-dependent receptor plug  25.42 
 
 		 853 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.780014  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2565  TonB-dependent receptor  39.04 
 
 		 843 aa  120  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0458531 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2904  TonB-dependent receptor  37.33 
 
 		 944 aa  115  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2361  TonB-dependent receptor  37.63 
 
 		 869 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0791716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1784  TonB-dependent receptor  36.04 
 
 		 873 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.942088  hitchhiker  0.0000219382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2861  TonB-dependent receptor  36.04 
 
 		 873 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.318133  hitchhiker  0.0000000966582 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3385  TonB-dependent receptor  39.09 
 
 		 910 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  37.17 
 
 		 839 aa  112  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2416  TonB-dependent receptor  38.25 
 
 		 842 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0855  TonB-dependent receptor  37.37 
 
 		 904 aa  111  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3632  TonB-dependent receptor  37.37 
 
 		 904 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>