More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3557 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3557  integration host factor subunit alpha  100 
 
 
100 aa  201  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2365  integration host factor subunit alpha  73.63 
 
 
98 aa  147  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1417  integration host factor, alpha subunit  67.02 
 
 
97 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.097817  normal  0.411662 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0913  integration host factor subunit alpha  63.83 
 
 
100 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1721  integration host factor subunit alpha  63.83 
 
 
101 aa  127  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2611  integration host factor subunit alpha  64.52 
 
 
100 aa  126  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1269  integration host factor subunit alpha  64.52 
 
 
100 aa  126  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.272817 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1913  integration host factor subunit alpha  64.52 
 
 
100 aa  126  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.749601  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1863  integration host factor subunit alpha  63.83 
 
 
102 aa  126  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00832208  normal  0.529294 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1147  integration host factor subunit alpha  60.44 
 
 
111 aa  124  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.205645  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2055  histone family protein DNA-binding protein  60.64 
 
 
108 aa  122  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.283238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2330  histone family protein DNA-binding protein  60.64 
 
 
108 aa  122  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45414 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7074  integration host factor, alpha subunit  61.11 
 
 
105 aa  121  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.15437  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6231  integration host factor, alpha subunit  60.22 
 
 
104 aa  122  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.75949  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1783  integration host factor subunit alpha  61.7 
 
 
100 aa  122  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783563  normal  0.198181 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0268  integration host factor, alpha subunit  62.77 
 
 
104 aa  122  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2016  histone family protein DNA-binding protein  60.64 
 
 
108 aa  121  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1198  integration host factor subunit alpha  57.45 
 
 
112 aa  120  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0771  integration host factor subunit alpha  59.34 
 
 
128 aa  120  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.801748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2518  integration host factor subunit alpha  59.34 
 
 
107 aa  120  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1668  integration host factor, alpha subunit  63.44 
 
 
105 aa  120  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1287  integration host factor subunit alpha  57.45 
 
 
112 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.921659  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0778  integration host factor subunit alpha  59.34 
 
 
107 aa  120  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0830  integration host factor subunit alpha  56.38 
 
 
112 aa  120  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120813  normal  0.0891496 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3967  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 
106 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225814  normal  0.0228483 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4386  integration host factor subunit alpha  61.11 
 
 
105 aa  119  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3021  integration host factor subunit alpha  60 
 
 
118 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312717  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4986  histone family protein DNA-binding protein  58.06 
 
 
105 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777024  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1631  integration host factor subunit alpha  58.24 
 
 
112 aa  117  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1408  integration host factor subunit alpha  58.7 
 
 
106 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.422535  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1587  integration host factor subunit alpha  58.51 
 
 
110 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.526192  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2651  integration host factor subunit alpha  58.89 
 
 
123 aa  117  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.030982  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4630  integration host factor subunit alpha  60 
 
 
119 aa  117  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00633863  normal  0.0311538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2677  integration host factor subunit alpha  58.89 
 
 
108 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00137939  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2687  integration host factor subunit alpha  58.89 
 
 
123 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.48286  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1522  integration host factor, alpha subunit  60.22 
 
 
101 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00263552  normal  0.735039 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2924  integration host factor, alpha subunit  62.22 
 
 
105 aa  113  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0242436  hitchhiker  0.000500218 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0651  integration host factor, alpha subunit  58.89 
 
 
112 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00749057 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3378  integration host factor, alpha subunit  56.67 
 
 
125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3294  integration host factor, alpha subunit  58.06 
 
 
105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.13347 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0639  integration host factor subunit alpha  53.85 
 
 
103 aa  105  2e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3032  integration host factor subunit alpha  57.78 
 
 
100 aa  105  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.814183  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1456  integration host factor, alpha subunit  53.93 
 
 
99 aa  104  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.405955  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1886  integration host factor, alpha subunit  51.72 
 
 
99 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.067674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1146  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  101  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0580836  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1969  integration host factor subunit alpha  48.91 
 
 
113 aa  101  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0019696  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0918  integration host factor, alpha subunit  51.65 
 
 
99 aa  101  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1909  integration host factor subunit alpha  50.57 
 
 
113 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1994  integration host factor subunit alpha  50.57 
 
 
113 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.110028  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0092  integration host factor, alpha subunit  51.61 
 
 
96 aa  100  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1409  integration host factor subunit alpha  52.81 
 
 
103 aa  100  8e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0010312  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1472  integration host factor subunit alpha  52.81 
 
 
103 aa  100  8e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.213571  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1792  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 
99 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704445  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0376  histone family protein DNA-binding protein  52.04 
 
 
171 aa  99.4  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.611734  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1308  integration host factor, alpha subunit  53.76 
 
 
96 aa  99  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110729  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2837  integration host factor, alpha subunit  53.76 
 
 
96 aa  99  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1731  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
98 aa  98.2  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.074622  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1718  integration host factor subunit alpha  51.09 
 
 
98 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000312537  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2619  integration host factor subunit alpha  51.09 
 
 
98 aa  98.2  3e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285521  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1826  integration host factor subunit alpha  51.09 
 
 
98 aa  98.2  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1013  integration host factor subunit alpha  52.22 
 
 
103 aa  97.8  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00925023 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1805  integration host factor, alpha subunit  50.55 
 
 
102 aa  97.8  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1957  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.4  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.126843  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2047  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0240665  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2150  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
98 aa  97.4  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.872084  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1894  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
98 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.585308  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1997  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 
100 aa  97.4  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000120885  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01681  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00950044  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1930  integration host factor, alpha subunit  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000106762  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1730  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.976876  normal  0.494462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1467  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1834  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.155105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2006  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.608113 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2186  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
98 aa  97.1  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1450  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1931  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000683366  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1434  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01670  hypothetical protein  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00452626  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1954  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.57207  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1583  integration host factor subunit alpha  48.89 
 
 
101 aa  97.1  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2430  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.446554  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1919  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.445655 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1478  integration host factor subunit alpha  51.69 
 
 
99 aa  97.1  7e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0433  integration host factor subunit alpha  48.91 
 
 
101 aa  96.3  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2471  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2055  integration host factor subunit alpha  48.31 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549761  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1973  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0364622 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3475  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981005  hitchhiker  0.00278356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2510  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3219  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3019  integration host factor subunit alpha  51.72 
 
 
101 aa  95.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.616425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28720  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000206678  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2384  integration host factor, alpha subunit  49.45 
 
 
100 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0917658  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2168  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.895191  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1937  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0682795  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1982  integration host factor subunit alpha  49.45 
 
 
100 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0219997  normal  0.264768 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0197  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.878199  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1533  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.612274  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1090  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1718  integration host factor subunit alpha  50 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>