206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3539 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 93 aa  187  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  59.52 
 
 		 96 aa  103  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  53.66 
 
 		 116 aa  94  6e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  44.44 
 
 		 108 aa  81.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  44.9 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.06 
 
 		 98 aa  77  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.53 
 
 		 129 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  42.35 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  45.88 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.88 
 
 		 100 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  42.35 
 
 		 133 aa  74.3  0.0000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.31 
 
 		 131 aa  73.9  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  43.21 
 
 		 93 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  43.53 
 
 		 89 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  45.12 
 
 		 104 aa  70.5  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.74 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  41.67 
 
 		 95 aa  68.2  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.96 
 
 		 137 aa  67  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  42.22 
 
 		 91 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  41.18 
 
 		 117 aa  66.6  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  41.56 
 
 		 91 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.24 
 
 		 102 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.56 
 
 		 91 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  40.96 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5459  RNA-binding S4 domain protein  35.29 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507195  normal  0.0728213 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.87 
 
 		 98 aa  64.7  0.0000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.02 
 
 		 95 aa  63.9  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  36.56 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3883  RNA-binding S4 domain protein  37.65 
 
 		 293 aa  62  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  37.35 
 
 		 89 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  39.02 
 
 		 91 aa  61.2  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  36.96 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19320  ribosome-associated heat shock protein implicated in recycling of 50S subunit  45.35 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1589  RNA-binding S4  40.96 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292038  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  33.73 
 
 		 89 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.46 
 
 		 93 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  39.51 
 
 		 97 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.14 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1408  RNA-binding S4 domain protein  38.55 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2738  RNA-binding S4 domain protein  38.82 
 
 		 132 aa  57.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000217923  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  36.47 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4432  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 138 aa  57  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6407  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.1 
 
 		 140 aa  57  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0756783  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1642  RNA-binding S4  34.48 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.605711  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  35.23 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  37.21 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0188  RNA-binding S4 domain protein  40.86 
 
 		 120 aa  54.7  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.327144  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.37 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  35 
 
 		 136 aa  53.5  0.0000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  33.73 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  38.89 
 
 		 109 aa  53.5  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  36.9 
 
 		 89 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  35 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 		 89 aa  52.4  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  38.27 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1221  RNA-binding S4 domain protein  39.77 
 
 		 89 aa  52  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000000180321  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0054  RNA-binding S4 domain protein  33.33 
 
 		 90 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0449701  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 135 aa  51.2  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  39.29 
 
 		 123 aa  51.6  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26490  heat shock protein Hsp15  38.37 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.468539  normal  0.352785 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  40 
 
 		 149 aa  51.2  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12510  heat shock protein Hsp15  35.23 
 
 		 135 aa  51.2  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.314217  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3582  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 		 127 aa  50.8  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0052  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.16 
 
 		 91 aa  51.2  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.052055  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.8 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  34.78 
 
 		 135 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.78 
 
 		 135 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  34.88 
 
 		 135 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  32.61 
 
 		 127 aa  50.4  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  35.87 
 
 		 135 aa  50.4  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  30.68 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.87 
 
 		 135 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0055  S4 domain-containing protein  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0056  S4 domain-containing protein  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0052  heat shock protein 15  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000120975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0052  heat shock protein 15  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69267  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0063  S4 domain protein  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0056  s4 domain-containing protein  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00178771  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0343  RNA-binding S4 domain protein  36.36 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.703045 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0164  S4 domain protein  36.36 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0184  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  37.7 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5254  S4 domain protein  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00238131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2496  putative heat shock protein  40.24 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.416109 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0066  S4 domain protein  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0453623  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0062  S4 domain protein  38.46 
 
 		 91 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.244767  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  32.5 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1038  RNA-binding S4  31.25 
 
 		 131 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0784  RNA-binding S4  58.14 
 
 		 82 aa  49.3  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000665287  normal  0.0698441 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2075  RNA-binding S4 domain protein  36.25 
 
 		 134 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142935  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  34.88 
 
 		 135 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  39.02 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2663  RNA-binding S4  32.53 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.25 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2708  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.53 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0322974 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2693  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.53 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.375467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02152  putative heat shock protein 15-like protein  38.75 
 
 		 176 aa  48.9  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0093  RNA-binding S4 domain protein  34.85 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000415805  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  36.9 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  32.5 
 
 		 131 aa  48.9  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>