More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3512 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3512  type II secretion system protein E  100 
 
 
449 aa  905    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.657436  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0072  type II secretion system protein E  58.64 
 
 
408 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.928138  normal  0.608061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  50.97 
 
 
462 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  49.76 
 
 
460 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  54.42 
 
 
624 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  50.12 
 
 
459 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  47.8 
 
 
453 aa  403  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  51.1 
 
 
455 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  50.61 
 
 
455 aa  404  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  48.72 
 
 
452 aa  402  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  48.37 
 
 
452 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  51.97 
 
 
464 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  51.1 
 
 
455 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  51.1 
 
 
455 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  48.54 
 
 
469 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  44.84 
 
 
472 aa  400  9.999999999999999e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1522  type II secretion system protein E  53.63 
 
 
467 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  48.7 
 
 
456 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  49.76 
 
 
444 aa  399  9.999999999999999e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  48.17 
 
 
455 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  48.17 
 
 
455 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  46.78 
 
 
454 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1905  putative Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  53.58 
 
 
485 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094928  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  48.14 
 
 
455 aa  398  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  50.26 
 
 
454 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0994  type II secretion system protein E  48.87 
 
 
496 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.010804  normal  0.584702 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  49.65 
 
 
463 aa  398  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0554  type II secretion system protein E  53.58 
 
 
485 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  45.48 
 
 
451 aa  393  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  49.72 
 
 
479 aa  392  1e-108  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  47.67 
 
 
450 aa  395  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  48.12 
 
 
454 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  48.12 
 
 
454 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  48.12 
 
 
454 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  52.49 
 
 
468 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3966  type II secretion system protein E  47.71 
 
 
449 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.406102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0302  type II secretion system protein E  49.06 
 
 
484 aa  391  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2349  type II secretion system protein E  52.45 
 
 
485 aa  390  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.413673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1126  type II secretion system protein E  51.36 
 
 
484 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.188659  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  47.6 
 
 
560 aa  386  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  48.88 
 
 
473 aa  386  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  46.21 
 
 
463 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  47 
 
 
463 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1109  type II secretion system protein E  53.44 
 
 
608 aa  386  1e-106  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.280352  normal  0.0921606 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  50.4 
 
 
465 aa  382  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000847512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  50.69 
 
 
441 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  46.72 
 
 
457 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4396  type II secretion system protein E  51.49 
 
 
481 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2054  type II secretion system protein E  46.22 
 
 
474 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00068555  normal  0.102531 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  47.82 
 
 
452 aa  378  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  48.16 
 
 
445 aa  378  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0309  type II secretion system protein E  50.12 
 
 
455 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2702  tight adherence protein TadA  45 
 
 
444 aa  374  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.585164  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  46.58 
 
 
449 aa  374  1e-102  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4447  type II secretion system protein E  50.38 
 
 
438 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2044  component of type IV pilus  50.4 
 
 
521 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101478  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0828  CpaF  50.4 
 
 
520 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2324  type II secretion system protein E  45 
 
 
444 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1888  type IV pilus assembly protein  50.4 
 
 
523 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.414931  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0670  type II secretion system protein E  50.76 
 
 
466 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.811515  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3931  type II secretion system protein E  49.34 
 
 
472 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0856952  normal  0.304546 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0898  type II secretion system protein E  50.51 
 
 
467 aa  373  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3116  type II secretion system protein E  50.28 
 
 
491 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  50.69 
 
 
432 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1677  CpaF  50.4 
 
 
520 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.521474  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0333  CpaF  50.4 
 
 
520 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0947071  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1876  type IV pilus assembly protein  50.4 
 
 
523 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.483104  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5411  type II secretion system protein E  47.72 
 
 
440 aa  369  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0593921  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2456  component of type IV pilus  50.13 
 
 
515 aa  372  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.080834  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  44.37 
 
 
472 aa  370  1e-101  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3656  type II/IV secretion system protein, ATPase domain-containing protein  50 
 
 
438 aa  370  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002649  type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF TadA subfamily  52.68 
 
 
458 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3424  type II secretion system protein E  49.34 
 
 
472 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  normal  0.677685 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1085  secretion ATPase protein  47.51 
 
 
450 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0388  type II secretion system protein E  44.04 
 
 
489 aa  365  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2761  type II secretion system protein E  51.5 
 
 
416 aa  368  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.580196 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  46.3 
 
 
433 aa  368  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  51.31 
 
 
487 aa  366  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  49.31 
 
 
442 aa  368  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  44.94 
 
 
442 aa  367  1e-100  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4613  type II secretion system protein E  48.75 
 
 
467 aa  364  1e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2796  putative type II/IV secretion ATPase protein, TadA  48.68 
 
 
469 aa  364  1e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178047  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  45.58 
 
 
482 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1655  type II secretion system protein E  48.95 
 
 
469 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.591506 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3206  type II secretion system protein E  52.22 
 
 
437 aa  364  2e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235983 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4250  type II secretion system protein E  48.56 
 
 
451 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.558641  normal  0.482793 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1405  type II secretion system protein E  46.21 
 
 
454 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1055  type II secretion system protein E  52.23 
 
 
437 aa  363  3e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4360  type II secretion system protein E  48.56 
 
 
451 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  44.78 
 
 
490 aa  363  4e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  46.67 
 
 
491 aa  362  5.0000000000000005e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2381  type II secretion system protein E  45.17 
 
 
483 aa  362  6e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.587547  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  42.63 
 
 
477 aa  362  8e-99  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3793  type II secretion system protein E  45.19 
 
 
485 aa  362  9e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  45.11 
 
 
467 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  42.89 
 
 
491 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  49.08 
 
 
478 aa  361  1e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2830  type II secretion system protein E  45.19 
 
 
482 aa  361  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2540  type II/IV secretion system protein  45.97 
 
 
446 aa  361  2e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511754  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  42.5 
 
 
478 aa  360  2e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>