155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3502 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3502  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  100 
 
 
553 aa  1102    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.898931  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1248  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  31.79 
 
 
560 aa  182  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000540972  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5402  activation/secretion signal peptide protein  26.63 
 
 
555 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1044  hypothetical protein  27.24 
 
 
559 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0938674  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1931  putative exported heme utilisation related protein  27.24 
 
 
559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.560959  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1491  hypothetical protein  27.24 
 
 
551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0159  hypothetical protein  27.24 
 
 
551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1759  hypothetical protein  27.24 
 
 
551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.301432  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1007  hypothetical protein  27.24 
 
 
551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1780  hypothetical protein  27.24 
 
 
551 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2550  hypothetical protein  26.53 
 
 
597 aa  127  6e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0719761  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0618  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.48 
 
 
554 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475083  normal  0.135926 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0503  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.68 
 
 
572 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.376385  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0068  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  26.58 
 
 
559 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.503427 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3648  putative activation/secretion signal peptide protein  23.39 
 
 
558 aa  123  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1285  hypothetical protein  25.7 
 
 
565 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000102142  hitchhiker  0.0000179621 
 
 
-
 
NC_003296  RS02601  activation/secretion signal peptide protein  26.13 
 
 
557 aa  120  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.591465  normal  0.415625 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4351  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.19 
 
 
581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.891663 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4241  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  26.19 
 
 
581 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.398994  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4591  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.57 
 
 
552 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0179388 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1034  polypeptide-transport-associated, ShlB-type  25.15 
 
 
561 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.278848  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1514  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.15 
 
 
561 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6061  hypothetical protein  26.43 
 
 
599 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0573  hypothetical protein  25.9 
 
 
574 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0612  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.75 
 
 
554 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.331915  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4655  hemolysin activation/secretion protein  24.35 
 
 
561 aa  109  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55265  normal  0.152827 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1490  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.95 
 
 
561 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00938115  hitchhiker  0.0000615286 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1396  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.6 
 
 
561 aa  107  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304051  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1739  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.68 
 
 
561 aa  107  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.484199  hitchhiker  0.0000499827 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1436  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.4 
 
 
561 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0737479  normal  0.0360186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2107  activation/secretion signal peptide protein  26.53 
 
 
548 aa  105  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.385271  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2861  hemolysin activation/secretion protein-like  24.67 
 
 
607 aa  103  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3523  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.48 
 
 
548 aa  100  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1646  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  25.62 
 
 
569 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3061  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.16 
 
 
578 aa  99.8  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0377809  decreased coverage  0.00167141 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2806  putative hemolysin activation/secretion signal peptide protein, FhaC/HxuB  24.94 
 
 
569 aa  96.3  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.142644 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1655  hypothetical protein  25.49 
 
 
588 aa  96.3  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1143  surface antigen (D15)  24.48 
 
 
584 aa  90.5  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0908627  decreased coverage  0.00528068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2104  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.68 
 
 
538 aa  89.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.770543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61190  hypothetical protein  25.84 
 
 
568 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.324339  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5270  hypothetical protein  25.66 
 
 
568 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1007  hemolysin activation/secretion protein-like  23.43 
 
 
567 aa  84.7  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0011  hemolysin activation/secretion protein-like  23.43 
 
 
567 aa  84.3  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.811976  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0746  hemolysin activation/secretion protein-like  23.43 
 
 
567 aa  84.3  0.000000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.63759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2383  hemolysin activation/secretion protein-like  25.21 
 
 
624 aa  84  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.418836  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0147  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.24 
 
 
572 aa  83.6  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3489  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  24.02 
 
 
1391 aa  82.8  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0652  hypothetical protein  22.77 
 
 
558 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3266  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  24.44 
 
 
1349 aa  81.6  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2395  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.86 
 
 
569 aa  81.3  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3283  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.29 
 
 
585 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.86575 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0351  hemolysin activation/secretion protein-like protein  24.22 
 
 
607 aa  80.1  0.00000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.410508  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1288  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.86 
 
 
583 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0488096  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3487  filamentous haemagglutinin outer membrane protein  23.73 
 
 
1570 aa  78.6  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58890  putative hemolysin activation/secretion protein  25.36 
 
 
545 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0280329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2095  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.96 
 
 
592 aa  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1086  surface antigen (D15)  22.58 
 
 
550 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0945143  normal  0.205962 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3704  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.9 
 
 
554 aa  76.6  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.509582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5176  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.24 
 
 
586 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.058555  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2460  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.52 
 
 
587 aa  75.9  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118018  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12270  hypothetical protein  24.71 
 
 
553 aa  74.7  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0300367  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0690  Hemolysin activator HlyB domain protein  25.8 
 
 
442 aa  74.7  0.000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3190  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  25.34 
 
 
589 aa  74.7  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.376319  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3431  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.84 
 
 
567 aa  73.2  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00052486 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0779  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  20.51 
 
 
747 aa  71.6  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000230796  normal  0.181114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1912  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  23.3 
 
 
558 aa  71.6  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2696  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.49 
 
 
592 aa  70.9  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.763446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37880  hypothetical protein  22.42 
 
 
550 aa  70.1  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.335494  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1421  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  21.5 
 
 
565 aa  68.6  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161335  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4107  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  24.73 
 
 
554 aa  68.6  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.416704  normal  0.195824 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3313  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  21.84 
 
 
596 aa  67.4  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3175  putative lipoprotein  21.84 
 
 
596 aa  67.4  0.0000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.849554  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2348  surface antigen variable number  21.84 
 
 
588 aa  67  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.825907  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4403  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.01 
 
 
557 aa  67  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3325  putative lipoprotein  21.84 
 
 
596 aa  66.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.112603  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03098  activation/secretion signal peptide protein  24.69 
 
 
556 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.604865  normal  0.89886 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3763  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  22.39 
 
 
567 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2523  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  21.81 
 
 
554 aa  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2200  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  21.73 
 
 
541 aa  66.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13693  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4182  surface antigen variable number  23.03 
 
 
608 aa  64.7  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000105717 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1054  activation/secretion signal peptide protein  22.41 
 
 
576 aa  64.7  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000217377  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2173  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  22.88 
 
 
692 aa  64.7  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0036053  normal  0.421945 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1533  polypeptide-transport-associated, ShlB-type  21.91 
 
 
692 aa  63.9  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0363151  normal  0.0767157 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1782  putative heme-hemopexin utilization protein B  23.52 
 
 
554 aa  63.5  0.000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4818  hypothetical protein  22.57 
 
 
544 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1989  hemolysin activation/secretion protein-like  23.04 
 
 
587 aa  62.4  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0548358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55380  hypothetical protein  23.17 
 
 
544 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.11737  normal  0.0347835 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4466  surface antigen (D15)  22.83 
 
 
585 aa  62.4  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0066  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  21.21 
 
 
560 aa  62  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2178  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  21.76 
 
 
554 aa  62  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1094  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  21.04 
 
 
571 aa  62  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2002  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  24.25 
 
 
549 aa  60.8  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0939  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  23.33 
 
 
561 aa  60.8  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.247088  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3182  activation/secretion signal peptide protein  23.65 
 
 
583 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0354  hemolysin activation/secretion protein  23.24 
 
 
555 aa  59.7  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0188948 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1529  Polypeptide-transport-associated domain protein ShlB-type  20.41 
 
 
585 aa  58.5  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0450756  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5444  polypeptide-transport-associated domain-containing protein  23.62 
 
 
608 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.910139 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2481  HlyB family hemolysin activator protein  22.26 
 
 
554 aa  58.9  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179079  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0281  surface antigen (D15)  20.33 
 
 
568 aa  58.2  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04812  activation/secretion signal peptide protein  23.43 
 
 
583 aa  57.8  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.191028  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>