129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3472 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  100 
 
 		 355 aa  722    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  54.93 
 
 		 355 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  51.92 
 
 		 354 aa  363  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  49.86 
 
 		 372 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  47.66 
 
 		 395 aa  331  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  49.7 
 
 		 356 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  49.56 
 
 		 366 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  45.07 
 
 		 357 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  40.65 
 
 		 350 aa  249  4e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  37.43 
 
 		 372 aa  185  9e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  37.35 
 
 		 404 aa  179  5.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  32.25 
 
 		 372 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  34.37 
 
 		 394 aa  163  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  32.28 
 
 		 399 aa  159  7e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  31.85 
 
 		 400 aa  156  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  32.81 
 
 		 376 aa  142  6e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  33.24 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  35.57 
 
 		 359 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  33.33 
 
 		 370 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  31.35 
 
 		 356 aa  132  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  37.96 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 367 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  30.06 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  29.25 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  28.96 
 
 		 367 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  30.32 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  29.76 
 
 		 352 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  27.71 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  32.81 
 
 		 401 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  31.8 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  29.15 
 
 		 355 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  26.27 
 
 		 391 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  26.27 
 
 		 391 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  27.55 
 
 		 362 aa  105  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  29.94 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  27.97 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 372 aa  100  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  31.86 
 
 		 349 aa  97.4  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  28.57 
 
 		 416 aa  95.9  9e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  29.62 
 
 		 414 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  29.62 
 
 		 414 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  29.62 
 
 		 414 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  31.02 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  26.97 
 
 		 355 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  28.04 
 
 		 347 aa  79  0.0000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  25.07 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  26.88 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  30.72 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  24.93 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  26.35 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  22.82 
 
 		 363 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  24.73 
 
 		 348 aa  65.1  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  27.24 
 
 		 375 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  24.54 
 
 		 347 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  28.78 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  30.32 
 
 		 399 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2374  hypothetical protein  35.79 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  28.75 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  33.33 
 
 		 169 aa  55.5  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  31.18 
 
 		 270 aa  55.5  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  28.57 
 
 		 286 aa  55.1  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  32.8 
 
 		 221 aa  53.5  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1586  protein of unknown function DUF955  39.13 
 
 		 129 aa  52.8  0.000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.764217  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  31.41 
 
 		 294 aa  52.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2781  hypothetical protein  36.54 
 
 		 291 aa  51.6  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.572225  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2705  protein of unknown function DUF955  32.41 
 
 		 186 aa  51.2  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000214852  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  22.05 
 
 		 392 aa  50.8  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  20.12 
 
 		 388 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  30 
 
 		 173 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  31.09 
 
 		 175 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 396 aa  48.1  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  25.63 
 
 		 383 aa  48.5  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  28.93 
 
 		 177 aa  48.5  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1693  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 289 aa  48.1  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0267924  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  25.42 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  28.14 
 
 		 415 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  24.28 
 
 		 273 aa  47.8  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 410 aa  47.4  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  30.16 
 
 		 182 aa  47.4  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2203  hypothetical protein  33.33 
 
 		 282 aa  47.4  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655138  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0254  zinc-dependent metallopeptidase  25.6 
 
 		 182 aa  47.4  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 211 aa  47.4  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  26.23 
 
 		 370 aa  47  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 257 aa  46.6  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1498  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 92 aa  46.6  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  30.69 
 
 		 156 aa  46.6  0.0007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  32.48 
 
 		 390 aa  46.6  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  25.06 
 
 		 400 aa  45.4  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  30.7 
 
 		 174 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 187 aa  45.4  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  25.29 
 
 		 173 aa  45.8  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 201 aa  45.8  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 201 aa  45.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 201 aa  45.8  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 201 aa  45.8  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 206 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  23.1 
 
 		 378 aa  45.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  28.81 
 
 		 251 aa  45.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>