129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3470 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3470  hypothetical protein  100 
 
 
330 aa  661    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000424807  hitchhiker  0.00000991217 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0980  hypothetical protein  46.34 
 
 
361 aa  252  6e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.278264  normal  0.0591263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54810  hypothetical protein  47.37 
 
 
347 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000274874  hitchhiker  6.2392400000000004e-18 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4791  hypothetical protein  47.74 
 
 
354 aa  248  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1779  hypothetical protein  46.3 
 
 
344 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3099  hypothetical protein  41.18 
 
 
349 aa  212  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.482447  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2501  hypothetical protein  46.58 
 
 
588 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.732185 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3448  hypothetical protein  57.5 
 
 
537 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2942  hypothetical protein  57.02 
 
 
575 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3881  hypothetical protein  56.2 
 
 
568 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.285346 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1584  hypothetical protein  54.17 
 
 
493 aa  149  7e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.871855  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2344  hypothetical protein  45.03 
 
 
520 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.576103  normal  0.151104 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2106  hypothetical protein  47.79 
 
 
503 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1376  hypothetical protein  53.23 
 
 
419 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1284  hypothetical protein  53.23 
 
 
418 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257674  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0922  hypothetical protein  55.26 
 
 
408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2782  hypothetical protein  50 
 
 
503 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519133  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4300  hypothetical protein  46.67 
 
 
519 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2818  hypothetical protein  48.89 
 
 
536 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1744  hypothetical protein  53.72 
 
 
411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3965  hypothetical protein  41.52 
 
 
520 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3408  hypothetical protein  46.76 
 
 
496 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0116345  normal  0.112401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2723  hypothetical protein  47.06 
 
 
455 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3070  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  40 
 
 
230 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.428129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2111  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.92 
 
 
215 aa  84.7  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.405702 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0947  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.48 
 
 
247 aa  79  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.86 
 
 
243 aa  77  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0420468 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0385  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.32 
 
 
292 aa  76.6  0.0000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0310092  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0832  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.92 
 
 
257 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.524335  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1503  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.13 
 
 
250 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1263  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.59 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0164  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.59 
 
 
219 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3373  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.43 
 
 
270 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.5042  hitchhiker  0.00517308 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3565  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.65 
 
 
294 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.1 
 
 
260 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0082  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.44 
 
 
368 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0905  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.86 
 
 
187 aa  70.9  0.00000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.24 
 
 
291 aa  70.1  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000029403  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3286  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41.96 
 
 
251 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0799688  normal  0.416162 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.34 
 
 
309 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2743  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.77 
 
 
269 aa  67.8  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.07 
 
 
212 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1842  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.36 
 
 
183 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.0087761  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2364  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.73 
 
 
270 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0212469  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2016  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.3 
 
 
253 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.382992 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0475  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.24 
 
 
292 aa  67  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.216205  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5913  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.59 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3630  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.54 
 
 
211 aa  66.6  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1577  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  37.27 
 
 
303 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000893286  normal  0.294184 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0515  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.34 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.343  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5175  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.26 
 
 
475 aa  65.5  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6152  hypothetical protein  41.84 
 
 
264 aa  64.7  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2197  normal  0.0289624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2361  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.52 
 
 
142 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0110232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2119  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40 
 
 
142 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240508 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0817  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.94 
 
 
295 aa  61.6  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000447964  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1237  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.36 
 
 
184 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0722  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.53 
 
 
144 aa  60.1  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.728522  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1444  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.39 
 
 
168 aa  60.1  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2919  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.01 
 
 
210 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265535  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2689  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.86 
 
 
278 aa  59.3  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.287545  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1550  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.86 
 
 
278 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000794871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4815  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.59 
 
 
217 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.60436 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.74 
 
 
257 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2219  hypothetical protein  33.65 
 
 
298 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0511486  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3023  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.55 
 
 
214 aa  57  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00777053  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0095  hypothetical protein  30.23 
 
 
143 aa  56.6  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2795  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.55 
 
 
214 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1993  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34 
 
 
268 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03640  Ykud domain-containing protein  28.22 
 
 
521 aa  55.5  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000350594  normal  0.0100407 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3020  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.87 
 
 
243 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000912863  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4019  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.21 
 
 
415 aa  54.7  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382226  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2455  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  33.05 
 
 
171 aa  54.7  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.550997  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.11 
 
 
278 aa  54.3  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000908265  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1319  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.15 
 
 
142 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2878  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.54 
 
 
376 aa  54.3  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.362697  normal  0.415622 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3219  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.22 
 
 
204 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4187  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.2 
 
 
407 aa  53.5  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.460481 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4618  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
370 aa  53.5  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00401863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0546  hypothetical protein  30.84 
 
 
266 aa  52.8  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09580  Ykud domain-containing protein  34.38 
 
 
514 aa  52.8  0.000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00711473  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0524  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.14 
 
 
177 aa  52.4  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.139747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1402  hypothetical protein  30.84 
 
 
276 aa  52.4  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1348  peptidoglycan-binding domain 1 protein  33.55 
 
 
270 aa  52  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00397978 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.71 
 
 
281 aa  51.6  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.444945 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1366  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.73 
 
 
281 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10350  hypothetical protein  29.69 
 
 
507 aa  50.8  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.228348  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1788  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.51 
 
 
190 aa  50.8  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2153  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.54 
 
 
398 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 
397 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4184  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.15 
 
 
273 aa  49.7  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.912644  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8817  hypothetical protein  29.41 
 
 
276 aa  49.3  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.432511  normal  0.0471725 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.25 
 
 
272 aa  48.5  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.58 
 
 
386 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1021  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.15 
 
 
417 aa  48.1  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.451264  normal  0.540486 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0028  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.03 
 
 
386 aa  47.8  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2050  enhanced entry protein  50.91 
 
 
249 aa  47.8  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.752408  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1022  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.27 
 
 
411 aa  47.4  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.575167 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0142  putative enhanced entry protein EnhA  50.91 
 
 
232 aa  47.8  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.387138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3289  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.46 
 
 
307 aa  47.8  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0994  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.97 
 
 
374 aa  47.8  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>