292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3356 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 373 aa  728    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 381 aa  202  9e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 394 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  35.41 
 
 		 395 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 405 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 391 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2073  regulatory protein, LuxR  36.77 
 
 		 381 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 395 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 397 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 381 aa  97.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 362 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 362 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 362 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  26.63 
 
 		 405 aa  94  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 398 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 411 aa  92.8  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  31.05 
 
 		 370 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 375 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  25.21 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  23.66 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 416 aa  81.6  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 417 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 381 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 417 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 377 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 381 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  21.13 
 
 		 374 aa  76.3  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  23.96 
 
 		 385 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  30.74 
 
 		 378 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  27.41 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  27.42 
 
 		 385 aa  73.2  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  27.34 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3095  regulatory protein LuxR  27.01 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  25.34 
 
 		 387 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3415  transcriptional regulator, LuxR family  27.45 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.127954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 191 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 363 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  27.93 
 
 		 380 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 374 aa  68.6  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5477  regulatory protein, LuxR  25.92 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  22.78 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  30.77 
 
 		 588 aa  67.4  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3288  transcriptional regulator, LuxR family  26.83 
 
 		 375 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3777  LuxR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 377 aa  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0201784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  26.5 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  32.89 
 
 		 586 aa  62.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1538  LuxR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 385 aa  62  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.437117 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  23.33 
 
 		 350 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4098  LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 215 aa  60.1  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000762213 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4266  regulatory protein, LuxR  29.91 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  34.21 
 
 		 187 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1234  LuxR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 856 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 378 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  39.02 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3565  regulatory protein LuxR  29.12 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2488  LuxR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008035 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0062  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 369 aa  57  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000342742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 392 aa  56.6  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  41.25 
 
 		 188 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3314  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 222 aa  55.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00833126  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 368 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3500  LuxR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 357 aa  54.7  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  21.16 
 
 		 378 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 207 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  25.29 
 
 		 377 aa  53.9  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  42.5 
 
 		 229 aa  53.9  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3551  transcriptional regulator, LuxR family  45.31 
 
 		 893 aa  53.5  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3555  response regulator receiver protein  48.28 
 
 		 176 aa  53.1  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0548987 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3804  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 329 aa  53.1  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.73714  normal  0.702757 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 191 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3447  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 175 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1468  transcriptional regulator, LuxR family protein  27.14 
 
 		 356 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.468229  hitchhiker  0.0000161531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  32.3 
 
 		 368 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3528  transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 178 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.993919  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3596  transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 178 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.445896  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  39.39 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  35.79 
 
 		 556 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  29.86 
 
 		 370 aa  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 258 aa  51.2  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2317  LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 201 aa  50.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000209491  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25620  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.98 
 
 		 219 aa  51.2  0.00003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.263807 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 213 aa  50.4  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>