43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3257 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3257  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  419  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255027  decreased coverage  0.000226088 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4616  TetR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 216 aa  155  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0368196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2249  TetR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.672555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3239  TetR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 234 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.727709  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4356  TetR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 210 aa  125  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.855391  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5311  transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 		 210 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4869  regulatory protein, TetR  34.34 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5409  TetR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.394363  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4626  TetR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0249  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 238 aa  107  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03840  transcriptional regulator AguR  32.83 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0385  transcriptional regulator AguR  33.33 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1652  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 228 aa  99.4  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0339  TetR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 213 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.736532 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1044  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 230 aa  96.3  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000181846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0267  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 211 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.700682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1329  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 246 aa  96.3  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000000704239  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0242  TetR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 210 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0183309 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0257  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 210 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0562904  normal  0.0230468 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4970  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 208 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1538  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 222 aa  48.9  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1290  AcrR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 199 aa  48.5  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1790  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.305772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1809  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.300582  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1856  TetR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3251  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.831278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2836  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 207 aa  44.7  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00562159  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.52 
 
 		 216 aa  44.3  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  34.18 
 
 		 227 aa  43.9  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1314  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.2142  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5271  transcriptional regulator, TetR family  37.88 
 
 		 223 aa  43.9  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 176 aa  43.1  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3256  transcriptional regulator, TetR family  34.25 
 
 		 220 aa  42.7  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.757999  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4426  TetR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.062473  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  32.79 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5684  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 224 aa  42.7  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000982546 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3481  transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 		 189 aa  42.4  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.148181  normal  0.311825 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 202 aa  42.4  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 223 aa  41.6  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 223 aa  41.6  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4314  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 212 aa  41.6  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.316546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0293  transcriptional regulator, TetR family  37.14 
 
 		 230 aa  41.6  0.008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0798  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 194 aa  41.6  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>