More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3110 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  100 
 
 
284 aa  560  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3652  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  61.07 
 
 
288 aa  333  2e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3734  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  62.77 
 
 
293 aa  330  2e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4885  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.54 
 
 
291 aa  288  9e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.763811  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0814  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  57.88 
 
 
293 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0925  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.57 
 
 
293 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5237  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  56.2 
 
 
293 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.48 
 
 
289 aa  280  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1491  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.53 
 
 
281 aa  280  2e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.88267  normal  0.107951 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0433  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.86 
 
 
300 aa  279  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.245472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2391  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.25 
 
 
280 aa  279  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3555  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.96 
 
 
293 aa  278  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346556  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3286  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  52.48 
 
 
296 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0410237 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3026  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  52.43 
 
 
295 aa  276  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3848  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.32 
 
 
293 aa  271  7e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1847  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  61.09 
 
 
294 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978391  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1270  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.26 
 
 
291 aa  270  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1325  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  57.61 
 
 
281 aa  270  2e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1647  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  52.52 
 
 
291 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.182901  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3486  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.87 
 
 
290 aa  270  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3084  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  61.31 
 
 
287 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852004  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2526  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  55.84 
 
 
297 aa  268  8e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.451286 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0748  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  53.41 
 
 
290 aa  267  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1594  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  52.16 
 
 
291 aa  266  2e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.787524  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1152  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  56.89 
 
 
296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1631  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.79 
 
 
300 aa  265  7e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3242  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.41 
 
 
302 aa  263  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.533395  normal  0.726961 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0551  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  53.43 
 
 
281 aa  262  6e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  52.43 
 
 
278 aa  252  4.0000000000000004e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.930617  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  54.78 
 
 
276 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1285  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  56.67 
 
 
277 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.442309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0957  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.96 
 
 
304 aa  246  4e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800313  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4877  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  58.78 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal  0.0736778 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1025  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  57.24 
 
 
297 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.255521 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  55.56 
 
 
277 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1393  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.45 
 
 
282 aa  244  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4079  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52.08 
 
 
281 aa  243  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.688664 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3205  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  54.78 
 
 
279 aa  239  5e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572919  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3840  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.39 
 
 
315 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4004  glutamyl-tRNA Synthetase  50.18 
 
 
300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1474  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  53.09 
 
 
287 aa  230  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104503  normal  0.08026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2500  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.04 
 
 
294 aa  227  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  50 
 
 
323 aa  211  9e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  44.04 
 
 
373 aa  207  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.58 
 
 
331 aa  205  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  44.19 
 
 
318 aa  202  5e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  49.08 
 
 
303 aa  202  6e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  45.49 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  42.26 
 
 
311 aa  199  5e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000257577  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  52.17 
 
 
337 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4726  Glutamate--tRNA ligase  49.23 
 
 
316 aa  198  9e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0696299  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  49.64 
 
 
323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  49.65 
 
 
323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08460  glutamyl-tRNA synthetase  40.86 
 
 
498 aa  195  8.000000000000001e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.842364  normal  0.487414 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1302  glutamyl-tRNA synthetase  41.22 
 
 
535 aa  194  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  45.39 
 
 
334 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  44.4 
 
 
297 aa  191  1e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09840  glutamyl-tRNA synthetase  38.11 
 
 
492 aa  186  3e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.224887 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1951  glutamyl-tRNA synthetase  42.12 
 
 
486 aa  186  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0884384  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  46.52 
 
 
319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  47.13 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0867  Glutamate--tRNA ligase  43.37 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  43.49 
 
 
313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  43.41 
 
 
291 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2004  glutamyl-tRNA synthetase  42.45 
 
 
329 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.266458  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  44.53 
 
 
301 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0935  glutamyl-tRNA synthetase  43.68 
 
 
468 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.355577  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  46.12 
 
 
298 aa  181  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13470  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  41.89 
 
 
317 aa  180  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301512  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  42.7 
 
 
330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.86 
 
 
295 aa  179  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  45.38 
 
 
283 aa  178  8e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  39.93 
 
 
314 aa  178  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  42.03 
 
 
310 aa  176  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  41.97 
 
 
310 aa  176  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  43.62 
 
 
338 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.02 
 
 
299 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  39.71 
 
 
311 aa  176  6e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000178146  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  42.12 
 
 
314 aa  175  7e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0740  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.15 
 
 
295 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000657167 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0504  glutamyl-tRNA synthetase  37.28 
 
 
504 aa  174  9.999999999999999e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0630842  normal  0.758869 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  43.33 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4042  Glutamate--tRNA ligase  44.96 
 
 
285 aa  174  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4692  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.89 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000687127 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2648  glutamyl-tRNA synthetase  39.93 
 
 
464 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42650  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.84 
 
 
298 aa  172  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404894  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0087  tRNA synthetase class I (E and Q), catalytic domain protein  37.29 
 
 
374 aa  172  5e-42  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000462423 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2698  glutamyl- and glutaminyl- tRNA synthetase  41.76 
 
 
311 aa  171  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000386478  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04741  glutamyl-tRNA synthetase  35.92 
 
 
492 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.633658  normal  0.679149 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  38.24 
 
 
466 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  45.35 
 
 
312 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2091  glutamyl-tRNA synthetase-like  39.85 
 
 
293 aa  169  4e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  41.7 
 
 
327 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4694  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.02 
 
 
300 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0967  glutamyl-tRNA synthetase-related protein  41.38 
 
 
295 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0834  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  41.83 
 
 
295 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  36.63 
 
 
467 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000050225  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13731  glutamate--tRNA ligase  34.42 
 
 
312 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.259862  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4558  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  42.69 
 
 
300 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000548174 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  34.93 
 
 
464 aa  167  2e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>