191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2736 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  100 
 
 
222 aa  441  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  62.03 
 
 
241 aa  276  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  56.49 
 
 
248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  46.27 
 
 
291 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.21 
 
 
316 aa  133  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.83 
 
 
292 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  39.52 
 
 
284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.62 
 
 
238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.62 
 
 
248 aa  125  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  42.79 
 
 
285 aa  125  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  38.03 
 
 
284 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  44.16 
 
 
255 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  42.5 
 
 
284 aa  123  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  44.16 
 
 
255 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  43.01 
 
 
261 aa  122  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  42 
 
 
284 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.55 
 
 
247 aa  121  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  39.64 
 
 
293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.5 
 
 
293 aa  114  7.999999999999999e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40.61 
 
 
255 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  41.55 
 
 
276 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.94 
 
 
312 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.33 
 
 
293 aa  112  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  39.02 
 
 
306 aa  111  9e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  39.9 
 
 
283 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  34.6 
 
 
291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.11 
 
 
294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  35.94 
 
 
293 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  40.8 
 
 
277 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.22 
 
 
293 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  36.62 
 
 
279 aa  105  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  37.67 
 
 
293 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  36.14 
 
 
287 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.15 
 
 
288 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  36.14 
 
 
287 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  36.54 
 
 
282 aa  102  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.62 
 
 
293 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.64 
 
 
273 aa  100  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  35.78 
 
 
279 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  29.91 
 
 
286 aa  100  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  40.2 
 
 
275 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  34.62 
 
 
287 aa  99  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  29.58 
 
 
268 aa  94  1e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.58 
 
 
334 aa  85.5  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.58 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  25.23 
 
 
278 aa  79.7  0.00000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  23.61 
 
 
278 aa  79.7  0.00000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  29.39 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  28.92 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.76 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0557  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26 
 
 
320 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0860  folate-binding protein YgfZ  25.1 
 
 
320 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.77 
 
 
347 aa  66.6  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0872  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.1 
 
 
320 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.89 
 
 
336 aa  65.9  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.47 
 
 
354 aa  65.5  0.0000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45164  predicted protein  26.2 
 
 
657 aa  65.1  0.0000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000065848  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.87 
 
 
354 aa  64.7  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3503  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.29 
 
 
320 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0837  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26 
 
 
320 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1881  folate-binding protein YgfZ  25.65 
 
 
348 aa  64.3  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.428189  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0861  hypothetical protein  24.39 
 
 
318 aa  63.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0717  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26 
 
 
318 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.822858  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3305  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26 
 
 
318 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2956  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.92 
 
 
318 aa  62.4  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3198  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.63 
 
 
322 aa  62  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  26.29 
 
 
320 aa  62  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  28.09 
 
 
346 aa  62  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.72 
 
 
328 aa  60.8  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  27.66 
 
 
346 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.69 
 
 
326 aa  59.7  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3417  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.4 
 
 
318 aa  59.7  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0630  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.75 
 
 
323 aa  58.2  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.31258  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1782  hypothetical protein  26.05 
 
 
346 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000345252  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3140  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.19 
 
 
318 aa  57.8  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1427  hypothetical protein  26.09 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2445  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.09 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2950  hypothetical protein  25.49 
 
 
321 aa  57  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.128339 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1918  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.09 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3386  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.09 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2283  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.09 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.695664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2322  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.09 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.200302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1191  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase) family protein  26.09 
 
 
348 aa  57  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  26.41 
 
 
321 aa  56.6  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  26.41 
 
 
321 aa  56.6  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2848  LigA  29.3 
 
 
304 aa  56.2  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2152  glycine cleavage T-protein superfamily protein  26.29 
 
 
348 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101306  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 
322 aa  55.1  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  24.9 
 
 
318 aa  54.7  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2938  folate-binding protein YgfZ  31.16 
 
 
304 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.428228  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  27.31 
 
 
313 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  25.31 
 
 
375 aa  53.5  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3032  folate-binding protein YgfZ  29.77 
 
 
304 aa  53.9  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.156046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0340  putative aminomethyl transferase  29.03 
 
 
305 aa  53.9  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  26.12 
 
 
323 aa  53.1  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0376  hypothetical protein  28.77 
 
 
267 aa  53.1  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.482866  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.59 
 
 
373 aa  52.8  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4250  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.48 
 
 
324 aa  52.8  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0974011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  28.57 
 
 
314 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>