More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2681 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  46.32 
 
 		 1161 aa  818    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  48.53 
 
 		 1166 aa  818    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  100 
 
 		 1142 aa  2213    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  38.96 
 
 		 1156 aa  601  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  37.27 
 
 		 1156 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  38.15 
 
 		 1187 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  37.47 
 
 		 1125 aa  533  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  37.22 
 
 		 1161 aa  529  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  36.39 
 
 		 1159 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.38 
 
 		 1177 aa  524  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  39.67 
 
 		 1124 aa  522  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  36.98 
 
 		 1121 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  35.89 
 
 		 1185 aa  510  1e-143  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  36.46 
 
 		 1161 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  38.9 
 
 		 1106 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  37.75 
 
 		 1119 aa  505  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  35.45 
 
 		 1180 aa  500  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  35.4 
 
 		 1180 aa  498  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  31.28 
 
 		 1155 aa  491  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  35.24 
 
 		 1180 aa  488  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  37.04 
 
 		 1157 aa  486  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  35.99 
 
 		 1164 aa  486  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  36.18 
 
 		 1162 aa  485  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.93 
 
 		 1183 aa  483  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  36.97 
 
 		 1164 aa  467  9.999999999999999e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  34.42 
 
 		 1183 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  35.11 
 
 		 1183 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  36.34 
 
 		 1151 aa  443  1e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  34.82 
 
 		 1157 aa  444  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  38.55 
 
 		 1157 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  38.67 
 
 		 1147 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  33.45 
 
 		 1189 aa  439  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  28 
 
 		 1089 aa  425  1e-117  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  39.62 
 
 		 1120 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  38.85 
 
 		 1157 aa  422  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  37.82 
 
 		 1147 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  37.04 
 
 		 1167 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  37.82 
 
 		 1147 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  39.31 
 
 		 1106 aa  416  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  37.28 
 
 		 1202 aa  403  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  36.95 
 
 		 1182 aa  399  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  27.62 
 
 		 854 aa  369  1e-100  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  31.76 
 
 		 1147 aa  281  7e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.74 
 
 		 860 aa  278  3e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  30.88 
 
 		 1173 aa  232  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  29.04 
 
 		 1173 aa  219  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.21 
 
 		 1197 aa  209  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 1185 aa  196  3e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.43 
 
 		 1057 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 		 1087 aa  178  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.13 
 
 		 907 aa  176  1.9999999999999998e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.15 
 
 		 1173 aa  172  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  27.42 
 
 		 1095 aa  165  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.2 
 
 		 1121 aa  161  5e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  28.06 
 
 		 1103 aa  160  9e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.81 
 
 		 1089 aa  156  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  26.62 
 
 		 1140 aa  156  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 		 1117 aa  145  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  27.68 
 
 		 1101 aa  141  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.83 
 
 		 1236 aa  140  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  24.75 
 
 		 907 aa  138  7.000000000000001e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  21.65 
 
 		 921 aa  136  1.9999999999999998e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  49.13 
 
 		 1165 aa  134  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 		 1101 aa  132  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.6 
 
 		 1242 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  22.54 
 
 		 1204 aa  130  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.07 
 
 		 1241 aa  129  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.1 
 
 		 1241 aa  129  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  28.27 
 
 		 1240 aa  129  4.0000000000000003e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  24.17 
 
 		 1241 aa  128  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.28 
 
 		 1241 aa  128  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  24.17 
 
 		 1241 aa  128  5e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.81 
 
 		 1086 aa  128  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  26.8 
 
 		 1115 aa  127  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.07 
 
 		 1241 aa  126  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.28 
 
 		 1241 aa  127  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.2 
 
 		 1240 aa  126  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1160  UvrD/REP helicase  28.05 
 
 		 1064 aa  126  3e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.737588 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.05 
 
 		 1203 aa  124  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  22.51 
 
 		 1248 aa  122  3.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  27.78 
 
 		 833 aa  121  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  30.73 
 
 		 1047 aa  122  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  28.63 
 
 		 1061 aa  120  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  28.59 
 
 		 1131 aa  119  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  26.64 
 
 		 1080 aa  119  3e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 1165 aa  119  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  21.88 
 
 		 1218 aa  115  3e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  23.58 
 
 		 1161 aa  114  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1828  putative recombination protein RecB  21.38 
 
 		 921 aa  113  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00117116  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.01 
 
 		 1244 aa  112  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 		 1110 aa  110  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  25.22 
 
 		 1282 aa  106  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  27.21 
 
 		 1161 aa  103  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.35 
 
 		 1230 aa  103  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.92 
 
 		 1217 aa  104  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  25.12 
 
 		 1074 aa  103  2e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  22.53 
 
 		 1392 aa  102  3e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  26.36 
 
 		 1244 aa  102  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  26.04 
 
 		 1241 aa  101  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4011  UvrD/REP helicase  31.82 
 
 		 1083 aa  101  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>