115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2680 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1998  helicase  49.7 
 
 		 993 aa  815    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  49.4 
 
 		 991 aa  731    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  100 
 
 		 991 aa  1894    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  38.88 
 
 		 1001 aa  525  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  39.46 
 
 		 1018 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  36.85 
 
 		 1049 aa  434  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  36.24 
 
 		 999 aa  436  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  36.85 
 
 		 1048 aa  422  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  36.99 
 
 		 1053 aa  414  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  35.61 
 
 		 1042 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  36.18 
 
 		 1049 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  37.22 
 
 		 1048 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  34.66 
 
 		 1052 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  34.66 
 
 		 1052 aa  406  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  35.59 
 
 		 1052 aa  403  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  35.97 
 
 		 1045 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  33.98 
 
 		 1043 aa  398  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  35.77 
 
 		 1049 aa  396  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  35.32 
 
 		 1047 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  32.36 
 
 		 977 aa  385  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  34.36 
 
 		 1042 aa  386  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  35.41 
 
 		 1047 aa  385  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  36.85 
 
 		 1014 aa  385  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  34.91 
 
 		 1000 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  35.01 
 
 		 997 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  31 
 
 		 1047 aa  375  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  34.14 
 
 		 1016 aa  373  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  33.06 
 
 		 1076 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  35.79 
 
 		 1037 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  34.91 
 
 		 997 aa  369  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  36.23 
 
 		 1054 aa  370  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  33.83 
 
 		 1064 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  34.08 
 
 		 1059 aa  359  1.9999999999999998e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  34.32 
 
 		 1064 aa  358  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  35.98 
 
 		 1015 aa  357  7.999999999999999e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  34.99 
 
 		 1040 aa  352  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  33.24 
 
 		 1062 aa  349  2e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  36.89 
 
 		 959 aa  339  9.999999999999999e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  32.45 
 
 		 988 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  33.5 
 
 		 986 aa  320  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  32.1 
 
 		 980 aa  276  9e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  21.84 
 
 		 914 aa  203  9.999999999999999e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  20.27 
 
 		 911 aa  177  9e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  21.44 
 
 		 890 aa  135  3.9999999999999996e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  28.23 
 
 		 962 aa  92  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.41 
 
 		 836 aa  80.9  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  26.38 
 
 		 947 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  29.64 
 
 		 915 aa  73.9  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  27.91 
 
 		 976 aa  70.5  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0088  hypothetical protein  21.16 
 
 		 781 aa  68.6  0.0000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.217564  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.64 
 
 		 957 aa  68.2  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  20.73 
 
 		 803 aa  67.8  0.000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1911  hypothetical protein  23.46 
 
 		 780 aa  65.9  0.000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  22.09 
 
 		 781 aa  65.9  0.000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  26.42 
 
 		 951 aa  63.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  27.57 
 
 		 958 aa  63.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  25 
 
 		 779 aa  63.2  0.00000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  27.22 
 
 		 984 aa  61.6  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  28.35 
 
 		 896 aa  60.1  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000066453  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  23.7 
 
 		 919 aa  58.5  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  27.84 
 
 		 846 aa  58.2  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  29.01 
 
 		 989 aa  58.2  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1655  hypothetical protein  21.73 
 
 		 788 aa  57.8  0.0000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  24.93 
 
 		 997 aa  57.4  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  25.29 
 
 		 1016 aa  57.8  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0620  hypothetical protein  35.71 
 
 		 379 aa  56.6  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.638225  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0972  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  24.32 
 
 		 916 aa  56.6  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00798755 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  27.18 
 
 		 913 aa  57  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  25 
 
 		 864 aa  56.6  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0593  exonuclease-like protein  37.97 
 
 		 379 aa  56.2  0.000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  44.44 
 
 		 1098 aa  56.6  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_558  hypothetical protein  35.37 
 
 		 379 aa  56.2  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1829  hypothetical protein  21.73 
 
 		 788 aa  55.8  0.000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.423033  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1752  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.97 
 
 		 940 aa  55.5  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.894533 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1475  hypothetical protein  21.73 
 
 		 788 aa  55.5  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0853402  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0965  hypothetical protein  27.65 
 
 		 387 aa  53.5  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4179  ATP-dependent nuclease subunit B  22.25 
 
 		 951 aa  53.5  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0186449 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0385  hypothetical protein  19 
 
 		 786 aa  52.4  0.00005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.412498  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1198  RecB family exonuclease-like protein  28.75 
 
 		 298 aa  52  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0768064  normal  0.151704 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0873  exonuclease RexB  24.7 
 
 		 1077 aa  51.6  0.00008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.458095  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0757  hypothetical protein  29.41 
 
 		 259 aa  51.6  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2264  exonuclease-like  27.6 
 
 		 856 aa  50.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1682  ATP-dependent exonuclease, subunit B  26.71 
 
 		 1106 aa  50.8  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1499  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  30.09 
 
 		 1049 aa  50.1  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0840  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  26.55 
 
 		 1048 aa  50.4  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.564215  hitchhiker  0.00099262 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2194  exonuclease-like protein  25.42 
 
 		 855 aa  49.3  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.759403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  21.38 
 
 		 911 aa  49.7  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  25.4 
 
 		 930 aa  48.9  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  37.84 
 
 		 1052 aa  48.9  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1837  hypothetical protein  21.81 
 
 		 909 aa  48.5  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.57891  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3137  RecB family exonuclease  33.73 
 
 		 277 aa  48.5  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.67707  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3199  RecB family exonuclease  33.73 
 
 		 277 aa  48.5  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487401  normal  0.220799 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3149  RecB family exonuclease  33.73 
 
 		 277 aa  48.5  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.424506  normal  0.878116 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12151  hypothetical protein  32.54 
 
 		 278 aa  48.5  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1314  ATP-dependent nuclease subunit B  20.5 
 
 		 872 aa  48.5  0.0006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00191673  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0467  hypothetical protein  32.97 
 
 		 912 aa  48.5  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0003  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  20.83 
 
 		 1099 aa  48.1  0.0009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0647  hypothetical protein  26.99 
 
 		 940 aa  48.1  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34885  normal  0.818335 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2236  hypothetical protein  32.74 
 
 		 322 aa  48.1  0.0009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.636003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1816  hypothetical protein  32.39 
 
 		 280 aa  48.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>