More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2643 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2643  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 		 395 aa  812    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.517596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  75.89 
 
 		 399 aa  627  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.339066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001803  putative capsular polysaccharide biosynthesis protein D  68.02 
 
 		 396 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0172  polysaccharide biosynthesis protein  68.45 
 
 		 396 aa  570  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0251  capsular polysaccharide biosynthesis protein  68.45 
 
 		 396 aa  570  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00667  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  67.59 
 
 		 396 aa  568  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0046  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.16 
 
 		 393 aa  554  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1587  polysaccharide biosynthesis protein CapD  65.23 
 
 		 404 aa  547  1e-154  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3097  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  63.71 
 
 		 403 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.876352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0592  polysaccharide biosynthesis protein CapD  63.57 
 
 		 401 aa  538  9.999999999999999e-153  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2328  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  63.61 
 
 		 393 aa  537  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.231358 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3985  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.21 
 
 		 412 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.49 
 
 		 614 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2638  mannosyl-transferase  26.61 
 
 		 621 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0360  lipopolysaccharide biosynthesis protein (WbpM)-like  30.42 
 
 		 649 aa  119  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1513  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.89 
 
 		 638 aa  119  9e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0299792  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1939  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.12 
 
 		 664 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4411  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.7 
 
 		 644 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4862  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.5 
 
 		 600 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428479  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.39 
 
 		 643 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4432  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.44 
 
 		 626 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.908556  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1483  capsular polysaccharide biosynthesis  28.31 
 
 		 656 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1536  polysaccharide biosynthesis protein  26.3 
 
 		 647 aa  113  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2527  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.78 
 
 		 646 aa  113  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3171  polysaccharide biosynthesis protein  28.07 
 
 		 646 aa  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1976  polysaccharide synthase family protein  28.01 
 
 		 637 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1838  polysaccharide synthase family protein  28.01 
 
 		 637 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3150  polysaccharide biosynthesis protein  28.01 
 
 		 637 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3127  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.01 
 
 		 637 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3090  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.01 
 
 		 637 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2767  polysaccharide synthase family protein  28.01 
 
 		 637 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.149651  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0937  polysaccharide synthase family protein  28.01 
 
 		 637 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.217913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.44 
 
 		 628 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2289  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.64 
 
 		 629 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195008  normal  0.481233 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2611  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.14 
 
 		 653 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.116735  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.52 
 
 		 633 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0713  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.07 
 
 		 641 aa  110  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 		 617 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0857  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.84 
 
 		 627 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1585  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.33 
 
 		 653 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216403  normal  0.968528 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0408  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.84 
 
 		 627 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0887  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.84 
 
 		 627 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  31.84 
 
 		 607 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4167  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.35 
 
 		 648 aa  110  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.96 
 
 		 627 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000299529  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3936  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.32 
 
 		 670 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.218283 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001764  nucleoside-diphosphate sugar epimerase/dehydratase  27.99 
 
 		 662 aa  109  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000353165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1702  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.89 
 
 		 680 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3816  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.36 
 
 		 645 aa  109  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.280981 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2876  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.05 
 
 		 646 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6495  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.75 
 
 		 646 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4051  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.49 
 
 		 664 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.8742  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3984  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.84 
 
 		 627 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430813 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1486  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.74 
 
 		 646 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0306155  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0765  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.81 
 
 		 630 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3268  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.57 
 
 		 629 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.48 
 
 		 651 aa  108  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1494  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.14 
 
 		 606 aa  107  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1278  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.99 
 
 		 637 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000704719 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05820  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  30.69 
 
 		 613 aa  107  3e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0718639  hitchhiker  0.00116651 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0082  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.51 
 
 		 660 aa  107  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2645  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.53 
 
 		 649 aa  107  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.63 
 
 		 619 aa  106  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0902  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.61 
 
 		 625 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3919  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.5 
 
 		 652 aa  106  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0124304 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0910  capsular polysaccharide biosynthesis protein  28.1 
 
 		 614 aa  106  7e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3360  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.03 
 
 		 642 aa  106  7e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1805  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.43 
 
 		 688 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287116  normal  0.196663 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1354  putative epimerase/dehydratase WbiI  25.7 
 
 		 595 aa  106  8e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0776  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.11 
 
 		 627 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.905737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2347  polysaccharide biosynthesis protein CapD  30.18 
 
 		 616 aa  106  9e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.866725 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1244  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.55 
 
 		 605 aa  105  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  27.13 
 
 		 603 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1379  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.93 
 
 		 675 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.136886  hitchhiker  0.000537083 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1338  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.76 
 
 		 646 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0399433 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0802  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.62 
 
 		 676 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1211  polysaccharide biosynthesis protein CapD  24.55 
 
 		 605 aa  105  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.59 
 
 		 343 aa  104  3e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.53 
 
 		 594 aa  104  3e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.190847  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1680  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.53 
 
 		 642 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.981888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6005  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.21 
 
 		 655 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1271  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.34 
 
 		 655 aa  103  4e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3403  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.69 
 
 		 609 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5070  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.08 
 
 		 612 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1414  polysaccharide biosynthesis protein CapD  27.78 
 
 		 669 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.987327  normal  0.0491926 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3273  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.87 
 
 		 628 aa  103  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0250  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.35 
 
 		 665 aa  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234353 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0328  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.59 
 
 		 613 aa  103  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0440695  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0609  polysaccharide biosynthesis protein  25.98 
 
 		 642 aa  103  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5448  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  28.12 
 
 		 604 aa  103  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0143  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.79 
 
 		 611 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0039  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.62 
 
 		 620 aa  102  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  28.79 
 
 		 607 aa  102  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30080  Polysaccharide biosynthesis protein  29.55 
 
 		 765 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.819591  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08591  nucleotide-diphosphate-sugar epimerase, membrane associated  26.57 
 
 		 626 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000225321 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1573  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.57 
 
 		 634 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.883555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  29.49 
 
 		 330 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0410  polysaccharide biosynthesis protein CapD  25.66 
 
 		 478 aa  101  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.13343  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.69 
 
 		 652 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0813  polysaccharide biosynthesis protein CapD  26.55 
 
 		 659 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.32823  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>