More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2596 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  100 
 
 		 343 aa  688    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 378 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 374 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 354 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 352 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 352 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.42 
 
 		 355 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.66 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1394  diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 363 aa  171  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0382042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 353 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 350 aa  167  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 352 aa  166  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 347 aa  162  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 368 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 348 aa  153  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 359 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 353 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 347 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.52 
 
 		 355 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 350 aa  149  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.9 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 360 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 369 aa  144  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 342 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 355 aa  143  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 372 aa  142  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 342 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 352 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 352 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.69 
 
 		 565 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 339 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  37.97 
 
 		 516 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  28.53 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  37.43 
 
 		 516 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  28.31 
 
 		 341 aa  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  29.38 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  27.01 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 638 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  26.15 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  30.21 
 
 		 355 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 340 aa  132  9e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 489 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 484 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  25.66 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 489 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 499 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  31.55 
 
 		 334 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.19 
 
 		 313 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  37.14 
 
 		 965 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 460 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 340 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  27.38 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  44.51 
 
 		 506 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 696 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  27.38 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  37.64 
 
 		 518 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.16 
 
 		 457 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 457 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.07 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 331 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  26.05 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  27.08 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  39.33 
 
 		 690 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 		 506 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  40 
 
 		 735 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  27.08 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 		 890 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 523 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  37.9 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.61 
 
 		 890 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 464 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 642 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 645 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  38.95 
 
 		 645 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.46 
 
 		 457 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  28.7 
 
 		 347 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  35.04 
 
 		 671 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>