51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2324 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2324  hypothetical protein  100 
 
 
70 aa  133  7e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.653065  normal  0.0692425 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1753  Pmp3 family protein  55 
 
 
52 aa  50.8  6e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  8.04754e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0403  hypothetical protein  50 
 
 
52 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1940  protein of unknown function UPF0057  48.78 
 
 
52 aa  50.1  1e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1824  hypothetical protein  48.84 
 
 
56 aa  50.1  1e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.248733 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2519  hypothetical protein  53.66 
 
 
52 aa  50.1  1e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0701281  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5163  hypothetical protein  50 
 
 
52 aa  49.7  1e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3915  hypothetical protein  43.18 
 
 
55 aa  50.1  1e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.932934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0373  hypothetical protein  50 
 
 
52 aa  50.1  1e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.485112  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1445  hypothetical protein  57.5 
 
 
52 aa  49.3  2e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.344873  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0694  hypothetical protein  50 
 
 
52 aa  48.9  2e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0952  hypothetical protein  45.24 
 
 
53 aa  48.9  2e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.15986e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0507  hypothetical protein  47.73 
 
 
53 aa  49.7  2e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4676  hypothetical protein  47.73 
 
 
53 aa  49.7  2e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  7.47615e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1072  hypothetical protein  50 
 
 
57 aa  48.1  4e-05  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0505681  hitchhiker  8.34558e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3802  hypothetical protein  46.34 
 
 
52 aa  48.1  4e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6707  protein of unknown function UPF0057  51.22 
 
 
52 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570236  normal  0.473948 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2734  hypothetical protein  44.19 
 
 
52 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000636371 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3187  hypothetical protein  46.34 
 
 
52 aa  45.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00459993  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3147  hypothetical protein  50 
 
 
52 aa  45.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  4.86244e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5980  stress induced protein  48.78 
 
 
52 aa  45.4  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3465  hypothetical protein  46.34 
 
 
52 aa  45.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1757  protein of unknown function UPF0057  50 
 
 
52 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.575281 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0810  hypothetical protein  41.46 
 
 
52 aa  44.7  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3317  protein of unknown function UPF0057  48.78 
 
 
58 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4829  hypothetical protein  47.37 
 
 
52 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.658257  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0450  hypothetical protein  44.68 
 
 
56 aa  44.3  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0399  hypothetical protein  47.37 
 
 
52 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.350701  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4140  hypothetical protein  55.88 
 
 
52 aa  44.3  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.520127  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1909  hypothetical protein  41.46 
 
 
52 aa  44.3  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0986312 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4039  hypothetical protein  45.95 
 
 
74 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.255953  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3098  hypothetical protein  44.19 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.532788  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2909  hypothetical protein  44.19 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04740  hypothetical protein  48.65 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2976  hypothetical protein  44.19 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.318311  normal  0.0724443 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2993  hypothetical protein  44.19 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.761732  normal  0.0250059 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2941  hypothetical protein  44.19 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0778428 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0670  hypothetical protein  45.95 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.741123  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0887  hypothetical protein  47.62 
 
 
55 aa  43.5  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.141786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07370  hypothetical protein  45.95 
 
 
52 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400909  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1017  protein of unknown function UPF0057  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02486  hypothetical protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02522  predicted membrane protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3215  hypothetical protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2801  hypothetical protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3908  hypothetical protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.363662 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2946  hypothetical protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1040  hypothetical protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2786  hypothetical protein  41.86 
 
 
52 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.313284 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1257  hypothetical protein  51.52 
 
 
52 aa  40.8  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0361  protein of unknown function UPF0057  39.13 
 
 
58 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.869004  normal  0.794905 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>