126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2079 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2079  major facilitator transporter  100 
 
 
423 aa  820  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.816032  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2090  major facilitator transporter  36.83 
 
 
410 aa  200  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.106737  normal  0.893845 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3646  major facilitator transporter  36.97 
 
 
410 aa  176  5e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3637  major facilitator transporter  31.27 
 
 
405 aa  173  6e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476152  normal  0.71441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1994  major facilitator transporter  24.74 
 
 
397 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3739  major facilitator transporter  26.9 
 
 
403 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0013  major facilitator superfamily MFS_1  28.84 
 
 
388 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1662  major facilitator superfamily MFS_1  25.9 
 
 
381 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.127475 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3203  major facilitator family transporter  27.14 
 
 
396 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2059  major facilitator superfamily protein  22.45 
 
 
423 aa  87.4  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2615  major facilitator transporter  26.78 
 
 
404 aa  87  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.164819 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1679  major facilitator superfamily protein  22.45 
 
 
423 aa  86.3  9e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1855  major facilitator superfamily protein  22.45 
 
 
423 aa  86.3  1e-15  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.14226  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3440  major facilitator transporter  26.17 
 
 
402 aa  83.6  7e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0711  major facilitator transporter  25.35 
 
 
410 aa  83.6  7e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6118  major facilitator transporter  25.07 
 
 
409 aa  79.7  8e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5599  MFS permease  24.42 
 
 
409 aa  77.8  3e-13  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0103411  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3394  GGDEF  21.83 
 
 
421 aa  75.9  1e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.50121 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4214  major facilitator superfamily MFS_1  25.14 
 
 
414 aa  72.4  2e-11  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6406  major facilitator transporter  25.07 
 
 
409 aa  71.2  3e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0875  major facilitator transporter  23.08 
 
 
403 aa  68.9  2e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2983  major facilitator superfamily MFS_1  22.97 
 
 
404 aa  68.2  2e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2615  major facilitator superfamily MFS_1  25.13 
 
 
414 aa  65.9  1e-09  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2355  major facilitator superfamily MFS_1  23.68 
 
 
385 aa  63.9  6e-09  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3196  major facilitator transporter  26.36 
 
 
414 aa  63.2  9e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2112  major facilitator transporter  26.37 
 
 
408 aa  62.8  1e-08  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1289  major facilitator superfamily permease  26.19 
 
 
398 aa  58.9  1e-07  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000157601  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4891  major facilitator transporter  25.79 
 
 
409 aa  59.3  1e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.390253  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6916  major facilitator transporter  25.79 
 
 
409 aa  59.3  1e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3273  major facilitator transporter  25.79 
 
 
409 aa  59.3  1e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0542458 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0704  major facilitator superfamily MFS_1  24.79 
 
 
394 aa  59.3  1e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  29.68 
 
 
383 aa  54.7  3e-06  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0827  major facilitator superfamily permease  25.83 
 
 
392 aa  54.3  4e-06  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1543  major facilitator transporter  25.16 
 
 
405 aa  53.9  5e-06  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  8.74493e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2219  major facilitator transporter  23.26 
 
 
384 aa  53.9  5e-06  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0734  major facilitator superfamily permease  28.4 
 
 
401 aa  53.9  5e-06  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00142824  normal  0.0126136 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.47 
 
 
483 aa  53.9  5e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2358  major facilitator superfamily MFS_1  22.56 
 
 
439 aa  53.5  7e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3237  major facilitator superfamily MFS_1  25.81 
 
 
418 aa  53.1  8e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0230  major facilitator superfamily MFS_1  28.12 
 
 
415 aa  53.5  8e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0206  major facilitator superfamily transporter  28.12 
 
 
415 aa  53.5  8e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0219  major facilitator superfamily MFS_1  28.12 
 
 
415 aa  53.1  9e-06  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.24 
 
 
483 aa  52.4  2e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4615  major facilitator superfamily MFS_1  31.53 
 
 
413 aa  51.6  2e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.24 
 
 
483 aa  52  2e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  24.76 
 
 
483 aa  52  2e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1326  major facilitator transporter  28.65 
 
 
464 aa  51.2  3e-05  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.367254  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.14 
 
 
401 aa  51.6  3e-05  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3924  major facilitator superfamily MFS_1  25.2 
 
 
400 aa  50.4  5e-05  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1447  major facilitator superfamily MFS_1  24.18 
 
 
399 aa  50.4  6e-05  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.320461  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0383  major facilitator superfamily permease  22.93 
 
 
396 aa  50.4  6e-05  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1268  major facilitator superfamily transporter  29.94 
 
 
388 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.925266  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0514  major facilitator transporter  26.61 
 
 
412 aa  49.7  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0874  major facilitator superfamily permease  27.21 
 
 
399 aa  48.9  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.68 
 
 
530 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1501  major facilitator transporter  26.9 
 
 
405 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0331967 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2840  major facilitator superfamily MFS_1  25.41 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.264249  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1574  major facilitator superfamily permease  22.84 
 
 
403 aa  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0686  major facilitator superfamily MFS_1  24.87 
 
 
411 aa  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.626773  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1825  major facilitator superfamily MFS_1  24.32 
 
 
407 aa  48.5  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.010235  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1348  major facilitator transporter  25.7 
 
 
407 aa  47.8  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1647  major facilitator superfamily protein  29.41 
 
 
386 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.761188  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0297  hypothetical protein  22.87 
 
 
373 aa  47.4  0.0005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1581  major facilitator superfamily MFS_1  21.32 
 
 
378 aa  47.4  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1951  major facilitator superfamily transporter  34.95 
 
 
440 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0221  major facilitator transporter  28.57 
 
 
419 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3218  major facilitator transporter  20.98 
 
 
385 aa  47  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0679  major facilitator transporter  30.77 
 
 
357 aa  47  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.853953  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  23.91 
 
 
396 aa  46.6  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0277  major facilitator superfamily MFS_1  28.17 
 
 
594 aa  46.6  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.491572  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2117  major facilitator superfamily MFS_1  27.78 
 
 
391 aa  46.6  0.0009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  1.91868e-06  normal  0.363164 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1990  putative multidrug resistance protein  20.9 
 
 
409 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.492861  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6564  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.14 
 
 
526 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.569718  normal  0.0165949 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  23.74 
 
 
415 aa  46.2  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.59 
 
 
505 aa  45.8  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.11 
 
 
522 aa  46.2  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1712  multidrug resistance transporter, Bcr family  24.4 
 
 
394 aa  46.2  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1728  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.27 
 
 
440 aa  45.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1442  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.66 
 
 
405 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0246782 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0627  major facilitator superfamily MFS_1  25.98 
 
 
417 aa  45.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  1.23626e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0429  major facilitator superfamily MFS_1  24.41 
 
 
413 aa  45.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02690  4-hydroxybenzoate transporter PcaK  29.46 
 
 
458 aa  45.8  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2851  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  30.66 
 
 
405 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.724054  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.41 
 
 
399 aa  45.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0894  major facilitator superfamily MFS_1  23.56 
 
 
403 aa  45.1  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2214  major facilitator superfamily MFS_1  25.81 
 
 
529 aa  44.7  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.146904 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2478  major facilitator superfamily MFS_1  25.2 
 
 
415 aa  45.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.496418  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  29.63 
 
 
434 aa  44.7  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4960  major facilitator transporter  32.43 
 
 
446 aa  44.7  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4440  major facilitator transporter  32.43 
 
 
446 aa  44.3  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.827136  hitchhiker  0.000980879 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1841  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.57 
 
 
418 aa  44.3  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  27.65 
 
 
417 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  33.01 
 
 
415 aa  44.3  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2711  major facilitator transporter  39.06 
 
 
480 aa  44.3  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0257064  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4613  major facilitator superfamily MFS_1  27.72 
 
 
417 aa  44.3  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.969548 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0673  major facilitator transporter  30.77 
 
 
481 aa  44.3  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.899807  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1708  major facilitator transporter  31.82 
 
 
423 aa  43.9  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.841617  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1678  major facilitator transporter  21.53 
 
 
474 aa  43.9  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1860  major facilitator superfamily MFS_1  20.74 
 
 
407 aa  43.9  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.209124 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1729  major facilitator transporter  31.82 
 
 
423 aa  43.9  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>