More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1761 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 550 aa  1115    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  38.61 
 
 		 544 aa  335  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  41.13 
 
 		 535 aa  329  8e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 542 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  36.83 
 
 		 547 aa  296  9e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  38.05 
 
 		 545 aa  289  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 527 aa  287  4e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.47 
 
 		 538 aa  286  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.9 
 
 		 534 aa  271  2e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.71 
 
 		 534 aa  270  4e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  38.12 
 
 		 535 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 551 aa  263  8e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 546 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 552 aa  259  6e-68  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 560 aa  259  7e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  35.39 
 
 		 550 aa  254  3e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 543 aa  249  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 		 549 aa  249  1e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 537 aa  249  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 543 aa  242  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.79 
 
 		 517 aa  220  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.79 
 
 		 517 aa  220  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.78 
 
 		 522 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.58 
 
 		 517 aa  219  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  32.78 
 
 		 522 aa  219  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 586 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.78 
 
 		 505 aa  217  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.58 
 
 		 517 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.58 
 
 		 517 aa  217  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.17 
 
 		 517 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 517 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.58 
 
 		 517 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.78 
 
 		 522 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  32.58 
 
 		 522 aa  214  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.64 
 
 		 537 aa  213  7.999999999999999e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.73 
 
 		 516 aa  208  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 517 aa  207  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 		 512 aa  203  7e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 		 572 aa  203  8e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.71 
 
 		 509 aa  197  5.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 		 521 aa  195  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 512 aa  194  3e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 		 516 aa  191  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.87 
 
 		 517 aa  190  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 525 aa  186  9e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  29.01 
 
 		 520 aa  182  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 662 aa  179  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.6 
 
 		 517 aa  179  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 520 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.74 
 
 		 518 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 552 aa  176  8e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.92 
 
 		 526 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  28.11 
 
 		 600 aa  174  3.9999999999999995e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  28.41 
 
 		 559 aa  174  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 515 aa  173  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 506 aa  173  7.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  30.94 
 
 		 807 aa  172  9e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  27.59 
 
 		 708 aa  172  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.38 
 
 		 525 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.17 
 
 		 525 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  29.49 
 
 		 539 aa  170  7e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  27.38 
 
 		 498 aa  169  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 		 524 aa  168  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 		 509 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.74 
 
 		 514 aa  167  5e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  29.28 
 
 		 514 aa  167  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 518 aa  166  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 490 aa  166  9e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  28.91 
 
 		 585 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 514 aa  165  3e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  27.61 
 
 		 561 aa  164  4.0000000000000004e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  30.45 
 
 		 544 aa  163  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  27.52 
 
 		 531 aa  163  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 555 aa  163  9e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.62 
 
 		 503 aa  162  1e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0445  AMP-dependent synthetase and ligase  30.32 
 
 		 562 aa  162  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  28.79 
 
 		 565 aa  160  4e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 508 aa  161  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 		 549 aa  160  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.06 
 
 		 495 aa  160  7e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.52 
 
 		 525 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  27.94 
 
 		 532 aa  159  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  27.81 
 
 		 531 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 544 aa  159  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.51 
 
 		 512 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.75 
 
 		 491 aa  158  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 526 aa  158  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  28.08 
 
 		 518 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.73 
 
 		 556 aa  157  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.73 
 
 		 556 aa  157  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.73 
 
 		 556 aa  157  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 		 541 aa  157  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 515 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.49 
 
 		 539 aa  157  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  27.59 
 
 		 518 aa  157  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.7 
 
 		 527 aa  156  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 		 511 aa  155  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.26 
 
 		 519 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  30.68 
 
 		 520 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 518 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>