More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1574 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 57 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 78 aa  61.6  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 83 aa  60.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  45.61 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  45.61 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  45.61 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  45.61 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 72 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  45.61 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  46.43 
 
 		 68 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  45.61 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  43.86 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 77 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 70 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  51.79 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 91 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  46.43 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 75 aa  58.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 75 aa  57.8  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 		 91 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 93 aa  57.8  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.86 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 252 aa  57.4  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  56.52 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  46.43 
 
 		 72 aa  57  0.00000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 74 aa  57  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 78 aa  57  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  45.61 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  54.35 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  47.27 
 
 		 80 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 84 aa  55.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 255 aa  55.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  46.3 
 
 		 82 aa  55.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  38.6 
 
 		 196 aa  54.7  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 86 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 79 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  48.21 
 
 		 79 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 101 aa  53.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 78 aa  53.5  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 		 255 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 89 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 71 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  39.29 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 256 aa  52.4  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.64 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 74 aa  52  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 84 aa  51.6  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  40.74 
 
 		 210 aa  52  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  51.2  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 195 aa  51.6  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 77 aa  51.2  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 74 aa  51.2  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  51.2  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  42.86 
 
 		 67 aa  51.2  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 134 aa  50.8  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 180 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 180 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 73 aa  50.4  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  40.35 
 
 		 107 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 73 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 73 aa  50.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  40.35 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  40.35 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 78 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  40.35 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  40.35 
 
 		 107 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 107 aa  50.1  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 67 aa  50.4  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  40.35 
 
 		 107 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  46.15 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  46.15 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 390 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>