More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1358 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1358  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  247  4e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179796  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1244  30S ribosomal protein S12  97.56 
 
 
123 aa  245  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349862  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2823  30S ribosomal protein S12  94.31 
 
 
123 aa  237  4e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0494947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1674  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 
123 aa  219  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.230597  hitchhiker  0.0029615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  87.8 
 
 
125 aa  216  7e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0198  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  216  8.999999999999998e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000216597  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0251  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  216  8.999999999999998e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153437  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1259  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  214  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
202 aa  215  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
125 aa  213  5.9999999999999996e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  213  7e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  213  8e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5075  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  213  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.27607  normal  0.189155 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2118  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2435  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.141919 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3800  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000117431  n/a   
 
 
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  212  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2157  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.949049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0333  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  211  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769915 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1425  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469141  normal  0.0235591 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1327  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139307  normal  0.0632073 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4920  ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  211  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1903  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.120307  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2290  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  211  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  210  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  210  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  210  4.9999999999999996e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  210  4.9999999999999996e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  210  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3672  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1359  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  210  5.999999999999999e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.604164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3453  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3189  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3448  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  210  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2962  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  210  7e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330049  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
125 aa  209  7e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1540  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  210  7e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0358  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  7e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0968074  normal  0.576972 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  209  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  209  9e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0386  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  209  9e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0122913  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  209  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  209  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2213  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  209  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  208  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0356  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0273  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  208  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0102222  hitchhiker  0.00000133028 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1710  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0268  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  208  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000012453  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2539  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.800309  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  208  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  208  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0342  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.67081 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
125 aa  208  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1951  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  208  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00000165732  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0239  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  207  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.981172  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0271  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  207  5e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377555  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1950  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  206  6e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0575  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  206  8e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.962051 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0693  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  206  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000127901  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  206  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0048  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
126 aa  205  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042248  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0661  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  206  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291952  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0801  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  206  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.208097  normal  0.232344 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  204  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1683  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  205  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
126 aa  205  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000913228  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1063  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  204  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000011853  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1606  ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  204  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.524218 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0753  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  204  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.263568 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0696  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  203  7e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
129 aa  203  7e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
135 aa  203  7e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0621  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  203  8e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000330783  decreased coverage  1.9094399999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0296  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
135 aa  202  9e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
128 aa  202  9e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0863  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  202  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0675  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  202  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00545662  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  201  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000378884  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
137 aa  201  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
128 aa  202  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
136 aa  201  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1349  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  201  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.443211  hitchhiker  0.00943336 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4339  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
137 aa  201  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.681919  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0453  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  201  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>