More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1142 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
210 aa  426  1e-118  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
208 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
208 aa  118  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  33.68 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  34.93 
 
 
219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  40 
 
 
205 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  36.73 
 
 
207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  35.29 
 
 
217 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
211 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  39.38 
 
 
204 aa  102  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.17 
 
 
212 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
234 aa  102  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4225  TetR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
244 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127157  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
213 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
225 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 
208 aa  99.8  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
208 aa  99.4  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
200 aa  99.4  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
212 aa  99  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
213 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
220 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  34.63 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
213 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  33.51 
 
 
208 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
209 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
210 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  30.93 
 
 
220 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 
221 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 
220 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  36.08 
 
 
220 aa  94  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  34.84 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  35.82 
 
 
209 aa  92.4  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  32.31 
 
 
207 aa  92  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
209 aa  92  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  40.15 
 
 
213 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 
204 aa  91.7  8e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  32 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
213 aa  90.9  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
207 aa  90.1  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  28.65 
 
 
230 aa  90.1  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  39.69 
 
 
213 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
198 aa  89.7  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 
220 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  31.44 
 
 
201 aa  89  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  30.72 
 
 
209 aa  89  4e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
212 aa  89  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
228 aa  88.2  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.11 
 
 
218 aa  87.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  29.69 
 
 
251 aa  87.4  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
228 aa  87.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  29.69 
 
 
216 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 
218 aa  85.9  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
225 aa  85.1  7e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 
226 aa  84.7  8e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1609  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
224 aa  84.7  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000193721 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  34.67 
 
 
207 aa  84.7  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
207 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 
222 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
216 aa  84  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
207 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
216 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
206 aa  82.8  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
205 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2177  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 
210 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480454  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 
217 aa  82.4  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
221 aa  81.6  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
210 aa  81.3  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
245 aa  81.3  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
210 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 
214 aa  80.9  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
218 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
215 aa  80.5  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 
211 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
205 aa  79.7  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
220 aa  79.7  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0118  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
247 aa  79.3  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.211628  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
207 aa  79  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0109  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
247 aa  79.3  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 
212 aa  79  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 
200 aa  78.6  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
236 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 
200 aa  78.6  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
232 aa  78.6  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
216 aa  78.2  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.6413 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6592  TetR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
225 aa  78.6  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.186395 
 
 
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NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  30.89 
 
 
246 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
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NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 
215 aa  78.2  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
222 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1553  regulatory protein, TetR  31.82 
 
 
234 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
207 aa  77.4  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  30.36 
 
 
230 aa  77.4  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 
209 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.124724 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  33.53 
 
 
221 aa  76.6  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
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NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  28.77 
 
 
218 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
203 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
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