More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0913 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  100 
 
 
438 aa  877  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  57.81 
 
 
432 aa  467  1e-130  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  59.75 
 
 
459 aa  453  1e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  46.1 
 
 
426 aa  352  7e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  44.52 
 
 
430 aa  339  5e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  42.69 
 
 
431 aa  339  7e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  46.68 
 
 
440 aa  335  7e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0087  amidohydrolase  43.35 
 
 
423 aa  325  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0161193  normal  0.19517 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3982  amidohydrolase  45.7 
 
 
445 aa  322  1e-86  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13368  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  42.39 
 
 
426 aa  317  2e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.256749  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  43.9 
 
 
426 aa  315  1e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  44.36 
 
 
433 aa  311  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  42.54 
 
 
455 aa  308  2e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1348  putative Xaa-Pro dipeptidase  41.49 
 
 
434 aa  303  3e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  41.22 
 
 
433 aa  298  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  41.07 
 
 
437 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  40.82 
 
 
444 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  41.08 
 
 
407 aa  277  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  41.65 
 
 
444 aa  266  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  40.24 
 
 
428 aa  258  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  36.85 
 
 
441 aa  252  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  38.14 
 
 
430 aa  251  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  40.49 
 
 
433 aa  249  5e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2115  amidohydrolase  40.79 
 
 
426 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  38.14 
 
 
470 aa  249  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3761  amidohydrolase  41.65 
 
 
408 aa  244  3e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.225154  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3822  amidohydrolase  41.65 
 
 
408 aa  244  3e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3749  amidohydrolase  41.65 
 
 
408 aa  244  3e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468026  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4215  amidohydrolase  38.65 
 
 
412 aa  243  6e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33185  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  38.27 
 
 
405 aa  242  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  35.35 
 
 
431 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  42.27 
 
 
423 aa  237  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2823  amidohydrolase  37.09 
 
 
422 aa  236  5e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.750141  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1238  amidohydrolase  38.13 
 
 
444 aa  231  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0871897  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2437  amidohydrolase  39.18 
 
 
411 aa  230  3e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2978  amidohydrolase  38.98 
 
 
429 aa  228  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2318  amidohydrolase  35.01 
 
 
428 aa  227  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3368  amidohydrolase  37.59 
 
 
414 aa  224  3e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.929128  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3308  amidohydrolase  39.61 
 
 
419 aa  223  4e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692035  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2466  amidohydrolase  38.65 
 
 
424 aa  223  5e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.357249  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0436  amidohydrolase  38.46 
 
 
417 aa  223  6e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4292  amidohydrolase  40.62 
 
 
402 aa  221  2e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3715  amidohydrolase  37.84 
 
 
417 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.355417  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3728  amidohydrolase  37.84 
 
 
417 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3788  amidohydrolase  37.84 
 
 
417 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.463322  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  33.99 
 
 
407 aa  217  3e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4188  amidohydrolase  38.35 
 
 
421 aa  216  5e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2089  amidohydrolase  36.14 
 
 
416 aa  212  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.608536  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1408  amidohydrolase  38.6 
 
 
402 aa  210  4e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.321357  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2377  amidohydrolase  34.69 
 
 
421 aa  206  9e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134161  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  36.17 
 
 
420 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3237  amidohydrolase  36.71 
 
 
404 aa  202  9e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.136124  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4855  amidohydrolase  36.72 
 
 
403 aa  202  1e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.165345  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1549  amidohydrolase  36.39 
 
 
413 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64121  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0432  amidohydrolase  35.01 
 
 
421 aa  195  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4994  amidohydrolase  35.19 
 
 
413 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.939807 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3028  putative prolidase (Xaa-Pro dipeptidase)  35.65 
 
 
436 aa  194  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0496396  normal  0.0296694 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2362  amidohydrolase  33.89 
 
 
413 aa  194  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  33.87 
 
 
426 aa  192  7e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  35.19 
 
 
413 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  35.19 
 
 
413 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2529  amidohydrolase  34.76 
 
 
419 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.403539  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2801  prolidase, putative  34.81 
 
 
419 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00617614  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01184  conserved hypothetical protein  34.27 
 
 
445 aa  190  4e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0545  amidohydrolase  34.54 
 
 
415 aa  189  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3973  amidohydrolase  34.47 
 
 
409 aa  188  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0333  amidohydrolase  33.25 
 
 
407 aa  186  7e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1130  amidohydrolase  37.84 
 
 
425 aa  185  1e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.524947  normal  0.474819 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1420  putative prolidase  36.59 
 
 
411 aa  185  1e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0151921  normal  0.142512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4676  amidohydrolase  35.11 
 
 
414 aa  185  1e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0192807  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  33.42 
 
 
443 aa  184  3e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.215737 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3137  amidohydrolase  34.31 
 
 
411 aa  184  4e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1893  amidohydrolase  35.54 
 
 
409 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.342109 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1913  amidohydrolase  35.54 
 
 
409 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.406706  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1959  amidohydrolase  35.54 
 
 
409 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0159  amidohydrolase  33.17 
 
 
415 aa  180  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0479  amidohydrolase  30.94 
 
 
401 aa  179  6e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0420  amidohydrolase  35.77 
 
 
418 aa  179  9e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5037  amidohydrolase  32.64 
 
 
432 aa  179  9e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4208  amidohydrolase  32.33 
 
 
391 aa  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.309856  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  33.82 
 
 
423 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2609  amidohydrolase  32.6 
 
 
396 aa  177  4e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1717  amidohydrolase  36.63 
 
 
407 aa  175  1e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  29.86 
 
 
413 aa  176  1e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1867  amidohydrolase  36.58 
 
 
480 aa  175  2e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.445197  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2646  amidohydrolase  34.84 
 
 
407 aa  174  2e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4503  amidohydrolase  33.33 
 
 
408 aa  174  4e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0890  amidohydrolase  33.82 
 
 
412 aa  173  4e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.559583  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4194  amidohydrolase  31.96 
 
 
406 aa  173  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268221  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4622  amidohydrolase  35.11 
 
 
405 aa  173  7e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1727  amidohydrolase  32.78 
 
 
486 aa  172  7e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4081  amidohydrolase  34.94 
 
 
425 aa  171  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.709022 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1661  hypothetical protein  31.67 
 
 
436 aa  172  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1037  amidohydrolase  33.84 
 
 
405 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2711  amidohydrolase  31.05 
 
 
400 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959959  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2756  amidohydrolase  34.15 
 
 
403 aa  169  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0215724  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2646  amidohydrolase  32.14 
 
 
391 aa  167  4e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1219  amidohydrolase  31.55 
 
 
390 aa  167  4e-40  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.82253  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2139  amidohydrolase  33.58 
 
 
408 aa  165  1e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.018924 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2826  amidohydrolase  35.05 
 
 
461 aa  165  2e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00342984  normal  0.0235152 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>