220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0850 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 177 aa  352  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  52.2 
 
 		 204 aa  174  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  43.78 
 
 		 179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  37.64 
 
 		 182 aa  111  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  37.16 
 
 		 184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  37.16 
 
 		 178 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  37.93 
 
 		 184 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  40.45 
 
 		 184 aa  105  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  37.29 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  37.3 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  36.87 
 
 		 178 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  36.52 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  35.75 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 179 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  40.62 
 
 		 195 aa  99.8  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  34.27 
 
 		 183 aa  99.4  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  41.08 
 
 		 193 aa  99  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  42.08 
 
 		 188 aa  99  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  38.33 
 
 		 186 aa  98.6  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  34.27 
 
 		 178 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  43.31 
 
 		 199 aa  97.1  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  34.88 
 
 		 184 aa  96.3  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  38.58 
 
 		 197 aa  96.3  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  38.58 
 
 		 197 aa  96.3  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  35.2 
 
 		 178 aa  94.4  8e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  35.38 
 
 		 184 aa  94.4  8e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  34.87 
 
 		 184 aa  93.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  34.44 
 
 		 179 aa  94  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  42.22 
 
 		 191 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  36.31 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  41.73 
 
 		 196 aa  90.1  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  33.71 
 
 		 178 aa  89.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  37.36 
 
 		 183 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  38.58 
 
 		 195 aa  89.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  34.64 
 
 		 196 aa  88.2  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  39.69 
 
 		 196 aa  87.8  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  32.02 
 
 		 178 aa  87.8  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  35.52 
 
 		 179 aa  86.3  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  41.86 
 
 		 199 aa  86.7  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  34.81 
 
 		 177 aa  85.5  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  34.57 
 
 		 179 aa  84.7  6e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  31.11 
 
 		 189 aa  83.6  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 177 aa  83.2  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  35 
 
 		 180 aa  81.3  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0586972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  38.52 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  37.78 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  32.63 
 
 		 190 aa  79  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  35.39 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  36.84 
 
 		 196 aa  73.9  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  29.73 
 
 		 194 aa  73.6  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  30.05 
 
 		 183 aa  73.6  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  32.65 
 
 		 187 aa  72.8  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  32.26 
 
 		 188 aa  72.4  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 		 179 aa  71.2  0.000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  30.53 
 
 		 171 aa  69.7  0.00000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  29.35 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3011  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 184 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  28.16 
 
 		 173 aa  67.8  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  28.47 
 
 		 182 aa  67  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 185 aa  67  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  26.6 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  38.17 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  33.15 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  35.96 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  26.72 
 
 		 183 aa  65.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  32.86 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  27.69 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000523375  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  32.34 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 173 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  35.29 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  39.8 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  30.32 
 
 		 193 aa  63.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 		 194 aa  63.2  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  32.04 
 
 		 178 aa  62.8  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  33.57 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  27.07 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  25 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  29.63 
 
 		 193 aa  62  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  36.96 
 
 		 181 aa  62  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  31.25 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  31.25 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  31.25 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  24.72 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  28.57 
 
 		 180 aa  61.2  0.000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 186 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 186 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  25.81 
 
 		 193 aa  60.8  0.000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.4 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  34.56 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  30.77 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  29.26 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>