49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0736 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0736  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  100 
 
 
360 aa  728    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879185  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2489  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  63.93 
 
 
421 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918419  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3532  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  65.21 
 
 
368 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.343045 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5362  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  64.93 
 
 
368 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.538034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4737  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  64.38 
 
 
368 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0764325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3626  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  64.38 
 
 
368 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194438  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3894  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  64.66 
 
 
368 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.256011  normal  0.325755 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5067  opine dehydrogenase  64.66 
 
 
368 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976673  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0336  hypothetical protein  62.47 
 
 
368 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2679  putative opine dehydrogenase  54.67 
 
 
364 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411102  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1485  Opine dehydrogenase  55.15 
 
 
357 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0083  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.37 
 
 
359 aa  156  4e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09740  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.59 
 
 
400 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2335  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.49 
 
 
368 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.713679 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0075  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  30.46 
 
 
364 aa  149  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2460  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.23 
 
 
368 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0110066  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0984  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.6 
 
 
361 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.364733  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2392  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.84 
 
 
365 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.057254  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2108  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.12 
 
 
366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6050  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  31.27 
 
 
362 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1882  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  25.49 
 
 
356 aa  119  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2368  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.98 
 
 
360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.907021  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2325  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.98 
 
 
360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0082  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.05 
 
 
361 aa  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0671  hypothetical protein  25.06 
 
 
392 aa  99.4  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1678  Opine dehydrogenase  30.35 
 
 
370 aa  95.1  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  0.906291 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0881  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  20.11 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457888  hitchhiker  0.00000000318565 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2393  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.35 
 
 
359 aa  94.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.827107  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1521  opine dehydrogenase  26.34 
 
 
358 aa  93.2  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0420  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.27 
 
 
359 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1563  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.86 
 
 
360 aa  81.3  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  unclonable  0.0000158964 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1794  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.62 
 
 
358 aa  75.9  0.0000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.626049  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4452  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  23.88 
 
 
359 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8271  D-vitopine dehydrogenase  24.86 
 
 
360 aa  66.6  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655661  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3845  opine dehydrogenase  24.53 
 
 
359 aa  62.8  0.000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.853646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0569  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.3 
 
 
360 aa  55.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1477  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.29 
 
 
353 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  32.47 
 
 
315 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1981  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.93 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  35.96 
 
 
316 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  35.96 
 
 
316 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  30.56 
 
 
315 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2580  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34 
 
 
333 aa  47.4  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0460  prephenate dehydrogenase  28.16 
 
 
287 aa  47.4  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000113439  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_403  prephenate dehydrogenase  28.16 
 
 
287 aa  46.6  0.0007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225812  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 
323 aa  43.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0622  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  34.91 
 
 
341 aa  43.5  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  37.1 
 
 
316 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  36.26 
 
 
312 aa  43.1  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>