258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0440 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0440  rhomboid family protein  100 
 
 		 209 aa  401  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0337816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0987  rhomboid-like protein  48.56 
 
 		 211 aa  155  6e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.769886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  38.82 
 
 		 260 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  39.88 
 
 		 252 aa  89  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  40.13 
 
 		 284 aa  88.2  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  37.16 
 
 		 246 aa  85.1  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  34.88 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  37.77 
 
 		 237 aa  81.6  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  40.48 
 
 		 263 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  38.06 
 
 		 249 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  34.66 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  36.93 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  37.02 
 
 		 252 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  35.06 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  38.67 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0916  rhomboid-like protein  32.92 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  31.95 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  37.74 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  38.02 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  33.33 
 
 		 228 aa  72.4  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  34.38 
 
 		 237 aa  71.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  38.02 
 
 		 261 aa  71.2  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  33.68 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  33.19 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  33.33 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  29.86 
 
 		 218 aa  70.5  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  33.73 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  33.14 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  31.32 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  34.15 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  30.77 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  40.4 
 
 		 198 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  34.5 
 
 		 225 aa  68.2  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4172  Rhomboid family protein  30.37 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  36.97 
 
 		 246 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  33.54 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  36.97 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  33.74 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  33.98 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  35.08 
 
 		 444 aa  66.6  0.0000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  36.36 
 
 		 246 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  31.67 
 
 		 227 aa  65.5  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  30.73 
 
 		 220 aa  65.5  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1263  Rhomboid family protein  35.06 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  34.48 
 
 		 246 aa  65.5  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  34.25 
 
 		 258 aa  65.1  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1489  rhomboid-like protein  34.22 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.726859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  29.38 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1216  rhomboid family protein  32.32 
 
 		 219 aa  62.4  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  36.21 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  31.69 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0839  rhomboid family protein  36.21 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1723  rhomboid-like protein  31.68 
 
 		 243 aa  62  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.351673  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.47 
 
 		 231 aa  62  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  30.54 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  31.85 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  30.14 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  35.26 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  30.46 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1696  rhomboid-like protein  31.54 
 
 		 256 aa  59.7  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0169703  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2553  rhomboid family protein  34.12 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2053  Rhomboid family protein  33.79 
 
 		 263 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  30.72 
 
 		 237 aa  59.3  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0605  hypothetical protein  39.13 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00675072  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  35.81 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  32.86 
 
 		 362 aa  59.3  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  31.46 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  34.48 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1771  rhomboid-like protein  29.03 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.604427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  30.11 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  32.86 
 
 		 360 aa  58.5  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  32.65 
 
 		 279 aa  58.5  0.00000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3067  Rhomboid family protein  31.47 
 
 		 248 aa  58.5  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00769632  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  29.67 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  33.55 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0950  rhomboid family protein  30.32 
 
 		 360 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  33.53 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0941  Rhomboid family protein  30.32 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  28.57 
 
 		 267 aa  57  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  29.21 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  28.3 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  32.45 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  32.17 
 
 		 276 aa  55.5  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1335  Rhomboid family protein  28.64 
 
 		 224 aa  55.8  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.931204  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  28.9 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1635  rhomboid family protein  27.5 
 
 		 252 aa  55.5  0.0000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  30.05 
 
 		 286 aa  55.5  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2361  rhomboid family protein  32.82 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  35.58 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0559  S54 family peptidase  28.4 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568046  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1853  Rhomboid family protein  34.27 
 
 		 263 aa  55.1  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0140086 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  31.52 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2202  hypothetical protein  31.34 
 
 		 263 aa  54.7  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0543  rhomboid family protein  33.54 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4977  rhomboid family protein  32.92 
 
 		 289 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.524569 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  33.13 
 
 		 231 aa  53.5  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3898  Rhomboid family protein  32.97 
 
 		 256 aa  53.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1937  rhomboid family protein  30.39 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5597  Rhomboid family protein  34.59 
 
 		 371 aa  52.8  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  30.88 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>