More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0302 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0302  TonB-dependent receptor  100 
 
 
795 aa  1632    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122608  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0330  TonB-dependent receptor  49.94 
 
 
777 aa  717    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030228  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0277  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 
775 aa  340  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  0.280389 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3713  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 
854 aa  298  3e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000001326  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0886  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
806 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0016588  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1911  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 
817 aa  243  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3252  TonB-dependent receptor plug  28.14 
 
 
798 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.970825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 
784 aa  236  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  29.73 
 
 
739 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 
743 aa  234  6e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 
730 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 
775 aa  225  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 
780 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 
761 aa  220  8.999999999999998e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1474  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 
817 aa  218  5e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.698611  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 
704 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 
765 aa  216  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 
809 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 
729 aa  213  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 
780 aa  210  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 
771 aa  208  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  26.08 
 
 
755 aa  208  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 
786 aa  207  8e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 
755 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 
737 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 
720 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 
745 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1941  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 
676 aa  201  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.891675  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 
771 aa  194  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 
761 aa  194  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 
790 aa  193  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3871  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 
832 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.234106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 
784 aa  190  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 
803 aa  189  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 
777 aa  189  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1063  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 
780 aa  189  1e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0659178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1901  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 
744 aa  189  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0523  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 
803 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
743 aa  188  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 
730 aa  186  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1913  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
862 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0981  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 
807 aa  184  5.0000000000000004e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
796 aa  184  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 
734 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3029  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 
919 aa  182  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.709462  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3744  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 
753 aa  181  5.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 
804 aa  181  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 
763 aa  180  8e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 
783 aa  180  8e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3725  TonB-dependent receptor, plug  27.13 
 
 
763 aa  179  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
856 aa  178  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
851 aa  177  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4151  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 
764 aa  177  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.394779  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0905  TonB-dependent receptor, plug  25.96 
 
 
748 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000091536  normal  0.106879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  27.23 
 
 
759 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4348  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
755 aa  174  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
766 aa  174  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4894  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
808 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0512869  normal  0.075257 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3629  TonB-dependent receptor, plug  26.07 
 
 
807 aa  172  2e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.824698  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 
771 aa  172  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 
822 aa  171  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 
773 aa  171  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
749 aa  171  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4140  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 
733 aa  171  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 
780 aa  171  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 
747 aa  170  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3530  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 
785 aa  170  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 
792 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 
736 aa  170  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 
723 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0516  TonB-dependent receptor  26 
 
 
773 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756879  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 
773 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 
726 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
769 aa  166  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5026  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 
794 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0315  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
770 aa  165  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00000163095  decreased coverage  0.00695956 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 
743 aa  165  4.0000000000000004e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
764 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  25.73 
 
 
776 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02261  putative TonB-dependent receptor  24.3 
 
 
792 aa  161  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.895044  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 
789 aa  160  9e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3281  TonB-dependent receptor, plug  26.79 
 
 
797 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.475296 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3437  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
812 aa  160  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
746 aa  159  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3048  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 
790 aa  159  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000159663 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0037  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 
757 aa  159  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.22969  hitchhiker  0.0000467623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3406  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 
722 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0595288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2264  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 
825 aa  157  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.249992  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
717 aa  157  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 
896 aa  156  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  26.06 
 
 
797 aa  157  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3562  TonB-dependent receptor, plug  25.89 
 
 
747 aa  156  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  unclonable  0.00000000379624  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
758 aa  156  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 
732 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 
730 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1810  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 
862 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.397284  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 
758 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 
750 aa  155  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 
794 aa  155  4e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 
758 aa  154  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.252208 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>