More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0133 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 414 aa  839    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.78 
 
 		 374 aa  582  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  74.32 
 
 		 375 aa  569  1e-161  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.48 
 
 		 376 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.75 
 
 		 376 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.1 
 
 		 388 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.3 
 
 		 380 aa  505  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.49 
 
 		 376 aa  501  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.85 
 
 		 376 aa  503  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.85 
 
 		 376 aa  491  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.25 
 
 		 379 aa  485  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.17 
 
 		 371 aa  465  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.5 
 
 		 375 aa  462  1e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.04 
 
 		 383 aa  455  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.32 
 
 		 383 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.83 
 
 		 379 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.86 
 
 		 378 aa  448  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.33 
 
 		 376 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.23 
 
 		 379 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.57 
 
 		 378 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.36 
 
 		 380 aa  441  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.87 
 
 		 378 aa  437  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.38 
 
 		 376 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.68 
 
 		 376 aa  429  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.3 
 
 		 376 aa  428  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.22 
 
 		 386 aa  426  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.33 
 
 		 376 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.62 
 
 		 377 aa  424  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.62 
 
 		 377 aa  423  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.95 
 
 		 384 aa  421  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.31 
 
 		 383 aa  417  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.07 
 
 		 387 aa  411  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 		 395 aa  413  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.95 
 
 		 376 aa  410  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.62 
 
 		 374 aa  408  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.12 
 
 		 377 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.87 
 
 		 377 aa  408  1e-113  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.62 
 
 		 374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.62 
 
 		 374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.62 
 
 		 374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.34 
 
 		 374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 		 380 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.97 
 
 		 380 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.34 
 
 		 374 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 		 374 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.95 
 
 		 385 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.8 
 
 		 387 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 		 374 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 		 377 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 		 374 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.25 
 
 		 377 aa  403  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.79 
 
 		 374 aa  404  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 		 373 aa  403  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 		 374 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 		 374 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 381 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 		 377 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.1 
 
 		 370 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.62 
 
 		 377 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 		 374 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.22 
 
 		 382 aa  398  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.85 
 
 		 383 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.64 
 
 		 374 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.04 
 
 		 377 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.97 
 
 		 377 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  55.1 
 
 		 371 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.97 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 		 371 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.14 
 
 		 381 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.97 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.31 
 
 		 377 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.44 
 
 		 391 aa  398  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.77 
 
 		 377 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.99 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.97 
 
 		 374 aa  395  1e-109  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.27 
 
 		 370 aa  396  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.22 
 
 		 377 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.35 
 
 		 377 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.97 
 
 		 374 aa  396  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.52 
 
 		 387 aa  395  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.87 
 
 		 369 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.7 
 
 		 375 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.7 
 
 		 375 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.7 
 
 		 375 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.67 
 
 		 367 aa  394  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 		 370 aa  393  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.97 
 
 		 372 aa  392  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 		 371 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 		 375 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.15 
 
 		 370 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.55 
 
 		 376 aa  394  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.7 
 
 		 375 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.64 
 
 		 372 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>