270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0078 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0078  amino acid/peptide transporter  100 
 
 
603 aa  1211  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0163  amino acid/peptide transporter  61.59 
 
 
707 aa  539  1e-152  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2239  amino acid/peptide transporter  38.64 
 
 
603 aa  383  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.478529  normal  0.0257492 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0374  amino acid/peptide transporter  38.69 
 
 
627 aa  382  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  38.98 
 
 
544 aa  356  6e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  37.95 
 
 
516 aa  350  3e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  38.29 
 
 
516 aa  346  7e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  37.46 
 
 
544 aa  333  7e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  37.25 
 
 
534 aa  326  7e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1555  amino acid/peptide transporter  33.84 
 
 
539 aa  308  2e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1551  amino acid/peptide transporter  33.84 
 
 
539 aa  308  2e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1585  amino acid/peptide transporter  33.84 
 
 
539 aa  308  2e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2795  amino acid/peptide transporter  33.84 
 
 
539 aa  307  3e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.274379  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  34.9 
 
 
527 aa  292  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1088  amino acid/peptide transporter  32.36 
 
 
584 aa  280  7e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  32.11 
 
 
510 aa  250  6e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  31.28 
 
 
510 aa  241  4e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  33.17 
 
 
501 aa  229  9e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  31.91 
 
 
490 aa  225  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.1541e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1420  amino acid/peptide transporter  32.1 
 
 
558 aa  221  3e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3744  amino acid/peptide transporter  37.96 
 
 
499 aa  221  3e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.971567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  32.01 
 
 
495 aa  220  5e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1468  amino acid/peptide transporter  31.37 
 
 
501 aa  220  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00129299  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3037  amino acid/peptide transporter  31.37 
 
 
501 aa  220  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.64206e-06  normal  0.191533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  31.23 
 
 
489 aa  219  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.02128e-07  hitchhiker  7.91426e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2895  amino acid/peptide transporter  30.86 
 
 
501 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  5.44318e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  32.18 
 
 
504 aa  216  9e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2905  amino acid/peptide transporter  30.3 
 
 
500 aa  215  2e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.47826e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  31.06 
 
 
489 aa  214  3e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  31.06 
 
 
489 aa  214  3e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  6.07679e-08  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  31.26 
 
 
489 aa  209  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0922  amino acid/peptide transporter  30.77 
 
 
477 aa  199  1e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  3.22625e-05  unclonable  8.27442e-19 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2545  amino acid/peptide transporter  35.39 
 
 
501 aa  198  2e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6851  amino acid/peptide transporter  34.64 
 
 
498 aa  198  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0689877 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04219  di-tripeptide transporter  33.17 
 
 
502 aa  198  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0623  amino acid/peptide transporter  32.51 
 
 
495 aa  194  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.00169e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  31.02 
 
 
509 aa  194  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  32.76 
 
 
499 aa  192  1e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22142e-07 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  29.62 
 
 
498 aa  190  8e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  32.58 
 
 
500 aa  189  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1995  putative tripeptide transporter permease  32.58 
 
 
500 aa  189  9e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46141  normal  0.0309863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  32.58 
 
 
500 aa  189  9e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  32.58 
 
 
500 aa  189  9e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  32.58 
 
 
500 aa  189  9e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  32.58 
 
 
500 aa  189  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  32.58 
 
 
500 aa  189  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  3.45542e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  32.33 
 
 
500 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4332  amino acid/peptide transporter  32.85 
 
 
497 aa  188  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3596  amino acid/peptide transporter  33.65 
 
 
501 aa  188  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.161382  normal  0.0248648 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5415  amino acid/peptide transporter  28.62 
 
 
506 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4868  amino acid/peptide transporter  28.62 
 
 
507 aa  187  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  33.09 
 
 
461 aa  187  7e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  1.92962e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3785  inner membrane transporter YhiP  27.51 
 
 
490 aa  186  1e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0323752  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0509  putative tripeptide transporter permease  31.23 
 
 
514 aa  186  1e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2346  putative tripeptide transporter permease  32.08 
 
 
500 aa  185  2e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0609489  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1421  amino acid/peptide transporter  32.38 
 
 
494 aa  185  2e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1814  putative tripeptide transporter permease  32.65 
 
 
502 aa  183  7e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  6.84589e-06  decreased coverage  0.000347242 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1722  putative tripeptide transporter permease  31.75 
 
 
501 aa  183  9e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00217506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1562  putative tripeptide transporter permease  31.75 
 
 
501 aa  183  9e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0485322  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1622  putative tripeptide transporter permease  31.75 
 
 
501 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.185719  normal  0.452221 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1549  putative tripeptide transporter permease  31.75 
 
 
501 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.507438  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2017  putative tripeptide transporter permease  31.17 
 
 
506 aa  182  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.617443  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1890  putative tripeptide transporter permease  31.75 
 
 
501 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3826  inner membrane transporter YhiP  27 
 
 
489 aa  181  3e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0219  amino acid/peptide transporter  27 
 
 
489 aa  181  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03345  predicted transporter  27 
 
 
489 aa  181  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.199197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03298  hypothetical protein  27 
 
 
489 aa  181  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.240113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3978  inner membrane transporter YhiP  27 
 
 
489 aa  181  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3696  inner membrane transporter YhiP  27 
 
 
489 aa  181  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0615  proton/peptide symporter family protein  31.33 
 
 
492 aa  181  4e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0220  inner membrane transporter YhiP  27 
 
 
489 aa  181  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2318  putative tripeptide transporter permease  31.5 
 
 
506 aa  181  5e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1572  di-/tripeptide transporter  31.33 
 
 
492 aa  180  5e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4843  inner membrane transporter YhiP  27 
 
 
489 aa  181  5e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3905  inner membrane transporter YhiP  26.76 
 
 
490 aa  180  6e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3795  inner membrane transporter YhiP  26.76 
 
 
490 aa  180  6e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3966  inner membrane transporter YhiP  26.76 
 
 
490 aa  180  6e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.826151  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3862  inner membrane transporter YhiP  26.76 
 
 
490 aa  180  6e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.31175  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  32.61 
 
 
461 aa  180  6e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  8.79332e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1102  amino acid/peptide transporter  30.84 
 
 
546 aa  180  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  32.53 
 
 
461 aa  180  8e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.67379e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04805  proton/peptide symporter family protein  27.59 
 
 
533 aa  179  9e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3785  inner membrane transporter YhiP  27 
 
 
489 aa  179  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3089  amino acid/peptide transporter  30.6 
 
 
516 aa  179  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000368989  normal  0.0911268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2992  amino acid/peptide transporter  30.6 
 
 
516 aa  178  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0360187  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2910  amino acid/peptide transporter  30.6 
 
 
516 aa  179  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.380758  normal  0.476442 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  29.78 
 
 
497 aa  177  6e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2556  amino acid/peptide transporter  28.96 
 
 
484 aa  176  9e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  28.42 
 
 
507 aa  176  9e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0652  tripeptide permease TppB  31.82 
 
 
504 aa  176  1e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.068993  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  30.59 
 
 
483 aa  176  1e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1525  di-/tripeptide transporter  31.82 
 
 
528 aa  175  2e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0251804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3183  amino acid/peptide transporter  30.68 
 
 
517 aa  174  3e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0376329 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2903  amino acid/peptide transporter  27.42 
 
 
584 aa  174  3e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422026 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  32.87 
 
 
497 aa  174  5e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1117  amino acid/peptide transporter  30.17 
 
 
523 aa  173  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  32.44 
 
 
497 aa  172  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1778  putative tripeptide transporter permease  30.53 
 
 
501 aa  173  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1886  putative tripeptide transporter permease  30.53 
 
 
511 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.348979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2548  putative tripeptide transporter permease  30.53 
 
 
488 aa  172  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>