More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0060 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
301 aa  613  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  80 
 
 
300 aa  507  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  81.1 
 
 
299 aa  494  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  71.22 
 
 
340 aa  393  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  65.53 
 
 
295 aa  390  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  67.33 
 
 
298 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  68.55 
 
 
300 aa  388  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  68.33 
 
 
299 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  67.26 
 
 
299 aa  384  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  67.62 
 
 
299 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  66.07 
 
 
295 aa  382  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  64.75 
 
 
298 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  64.75 
 
 
298 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  67.26 
 
 
299 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.07 
 
 
303 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
299 aa  381  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  66.32 
 
 
295 aa  382  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  65.74 
 
 
300 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  63.37 
 
 
298 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  66.31 
 
 
296 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  66.19 
 
 
299 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  66.19 
 
 
299 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  65 
 
 
299 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  65.77 
 
 
301 aa  380  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  66.31 
 
 
296 aa  379  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.31 
 
 
299 aa  379  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
303 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  66.3 
 
 
299 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  65.74 
 
 
301 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
303 aa  372  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  65.12 
 
 
296 aa  373  1e-102  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
308 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  64.36 
 
 
302 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  66.18 
 
 
303 aa  369  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  64.54 
 
 
297 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  64.36 
 
 
302 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  61.92 
 
 
298 aa  368  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  64.18 
 
 
297 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  64.18 
 
 
297 aa  368  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  64.18 
 
 
297 aa  368  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  64.18 
 
 
306 aa  362  3e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  62.41 
 
 
303 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  49.64 
 
 
300 aa  270  2e-71  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  47.46 
 
 
297 aa  258  7e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  48.03 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  49.47 
 
 
290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  44.77 
 
 
297 aa  249  4e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  47.92 
 
 
307 aa  248  9e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  45.88 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  47.22 
 
 
307 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.22 
 
 
307 aa  242  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  47.64 
 
 
279 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.49 
 
 
298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  46.92 
 
 
293 aa  234  9e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  46.92 
 
 
293 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.15 
 
 
291 aa  233  3e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  47.55 
 
 
311 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  47.55 
 
 
311 aa  232  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  45.52 
 
 
284 aa  230  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.18 
 
 
280 aa  229  3e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  43.51 
 
 
299 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  46.92 
 
 
285 aa  228  9e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4476  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.96 
 
 
313 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  44.52 
 
 
311 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  226  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  43.42 
 
 
285 aa  226  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.77 
 
 
285 aa  226  3e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3894  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.04 
 
 
313 aa  225  7e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  42.35 
 
 
284 aa  225  9e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  46.13 
 
 
286 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  42.55 
 
 
329 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.13 
 
 
286 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.93 
 
 
285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.4 
 
 
289 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.12 
 
 
326 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1694  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.55 
 
 
314 aa  221  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.03 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.03 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.03 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.22 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.43 
 
 
313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  43.66 
 
 
283 aa  219  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  42.76 
 
 
285 aa  220  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  44 
 
 
285 aa  219  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.87 
 
 
305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  45.8 
 
 
287 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.29 
 
 
292 aa  218  8.999999999999998e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2978  RNA polymerase factor sigma-32  41.69 
 
 
293 aa  218  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  45.8 
 
 
287 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  41.58 
 
 
283 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.75 
 
 
433 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  41.9 
 
 
286 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>