More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_34940 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  100 
 
 
537 aa  1071    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 
1361 aa  215  9.999999999999999e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
1385 aa  210  5e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
1370 aa  193  6e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  35.5 
 
 
828 aa  192  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
1390 aa  190  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
1390 aa  190  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  35.07 
 
 
851 aa  191  4e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.2 
 
 
1711 aa  191  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 
1390 aa  190  7e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4775  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.03 
 
 
1383 aa  177  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.48 
 
 
573 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  37.5 
 
 
697 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  32.81 
 
 
693 aa  162  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  36.93 
 
 
700 aa  160  8e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4098  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.32 
 
 
1045 aa  158  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108116 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1739  PAS/protein phosphatase 2C-like  32.95 
 
 
817 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  33.22 
 
 
688 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  34.5 
 
 
1017 aa  155  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.91 
 
 
616 aa  154  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.697266  normal  0.4865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  33.15 
 
 
776 aa  152  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  33.9 
 
 
692 aa  150  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1151  serine phosphatase  38.34 
 
 
713 aa  150  6e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0743  putative PAS/PAC sensor protein  31.03 
 
 
855 aa  150  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.565533 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  37.36 
 
 
560 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  35.12 
 
 
688 aa  147  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.49 
 
 
579 aa  147  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  33.17 
 
 
1039 aa  146  8.000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.42 
 
 
750 aa  145  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2114  anti-sigma-factor antagonist  34.97 
 
 
618 aa  143  6e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.39314  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.62 
 
 
450 aa  143  8e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  32.19 
 
 
744 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  34.08 
 
 
1432 aa  142  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11395  hypothetical protein  32.37 
 
 
653 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  32.91 
 
 
697 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  32.46 
 
 
760 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  36.75 
 
 
570 aa  137  7.000000000000001e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6225  putative PAS/PAC sensor protein  30.88 
 
 
713 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2087  putative PAS/PAC sensor protein  31.56 
 
 
666 aa  136  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000976195  normal  0.0252685 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2597  putative PAS/PAC sensor protein  37.13 
 
 
594 aa  133  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.158438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3764  putative PAS/PAC sensor protein  37.13 
 
 
643 aa  133  7.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.124369  normal  0.415801 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 
866 aa  133  7.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 
1248 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  34.89 
 
 
627 aa  131  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  35.74 
 
 
544 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  36.3 
 
 
757 aa  128  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  33.11 
 
 
721 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  35.67 
 
 
694 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  35.28 
 
 
723 aa  126  9e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  29.51 
 
 
745 aa  125  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.32 
 
 
1332 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  35.27 
 
 
772 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  35.14 
 
 
583 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  28.89 
 
 
438 aa  124  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  33.12 
 
 
546 aa  124  5e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.79 
 
 
583 aa  123  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  33.98 
 
 
614 aa  123  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  36.86 
 
 
553 aa  123  9.999999999999999e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  32.72 
 
 
765 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  42.31 
 
 
585 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  34.88 
 
 
932 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2849  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  26.73 
 
 
961 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230006  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  29.79 
 
 
753 aa  121  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  35.33 
 
 
693 aa  121  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 
574 aa  121  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  34.73 
 
 
607 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0838  putative PAS/PAC sensor protein  28.93 
 
 
754 aa  120  9e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  29.95 
 
 
585 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  30.97 
 
 
693 aa  119  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1752  protein phosphatase 2C-like  30.29 
 
 
591 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 
770 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  31.67 
 
 
580 aa  118  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  37.42 
 
 
685 aa  118  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  35.56 
 
 
692 aa  117  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.48 
 
 
743 aa  117  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1989  putative PAS/PAC sensor protein  30.15 
 
 
722 aa  117  7.999999999999999e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.965966  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  30.51 
 
 
716 aa  117  7.999999999999999e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  36.41 
 
 
755 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  33.22 
 
 
529 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4768  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  24.7 
 
 
1480 aa  116  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3071  protein serine/threonine phosphatase  38.2 
 
 
260 aa  115  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.136695 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  35.95 
 
 
652 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  33.94 
 
 
730 aa  115  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  33.92 
 
 
572 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.29 
 
 
952 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2499  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  25.91 
 
 
957 aa  113  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.628106  normal  0.769914 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  34.19 
 
 
930 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  32.46 
 
 
547 aa  113  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  36.98 
 
 
427 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  33.55 
 
 
607 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3501  putative PAS/PAC sensor protein  31.51 
 
 
1225 aa  111  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.480314  normal  0.404449 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  31.67 
 
 
453 aa  111  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2264  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  31.99 
 
 
525 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0874374 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0169  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.07 
 
 
711 aa  110  5e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00160079  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  34.94 
 
 
308 aa  110  6e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4118  ANTAR domain protein with unknown sensor  31.01 
 
 
847 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  29.29 
 
 
746 aa  108  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.68 
 
 
549 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  32.96 
 
 
709 aa  108  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  36.36 
 
 
1051 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>