More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_34920 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  100 
 
 
477 aa  956    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  48.28 
 
 
495 aa  437  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  45.51 
 
 
831 aa  397  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  47 
 
 
815 aa  386  1e-106  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  45.98 
 
 
797 aa  375  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  44.81 
 
 
759 aa  366  1e-100  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  44.86 
 
 
763 aa  367  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  45.42 
 
 
816 aa  362  9e-99  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  44.4 
 
 
766 aa  360  3e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  45.34 
 
 
758 aa  359  5e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  45.13 
 
 
758 aa  359  6e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  45.13 
 
 
758 aa  359  6e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  46.97 
 
 
436 aa  353  4e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  40.79 
 
 
852 aa  332  6e-90  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.05 
 
 
778 aa  319  6e-86  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  40.15 
 
 
828 aa  318  1e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  39.25 
 
 
847 aa  313  3.9999999999999997e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  40.73 
 
 
845 aa  312  6.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.64 
 
 
858 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  53.67 
 
 
321 aa  302  1e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  35.04 
 
 
863 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  35.7 
 
 
871 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  38.84 
 
 
847 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19790  ATP-dependent DNA ligase  37.94 
 
 
878 aa  266  7e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.874876  normal  0.0111766 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  35.53 
 
 
837 aa  265  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  34.78 
 
 
867 aa  265  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  35.67 
 
 
845 aa  261  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.4 
 
 
833 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  33.58 
 
 
851 aa  261  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  51.11 
 
 
316 aa  259  7e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.03 
 
 
833 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.64 
 
 
877 aa  259  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.61 
 
 
832 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  33.52 
 
 
833 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  32.72 
 
 
848 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 
871 aa  253  6e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 
534 aa  252  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.67 
 
 
822 aa  248  2e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.74 
 
 
861 aa  247  3e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.89 
 
 
815 aa  247  3e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.76 
 
 
834 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  33.45 
 
 
853 aa  244  3e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  34.66 
 
 
825 aa  242  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  35.8 
 
 
896 aa  240  5e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  32.54 
 
 
864 aa  238  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  32.45 
 
 
837 aa  238  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.99 
 
 
855 aa  237  4e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  33.4 
 
 
825 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  34.87 
 
 
868 aa  233  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  34.61 
 
 
868 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  45.62 
 
 
376 aa  231  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  34.36 
 
 
901 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  33.08 
 
 
840 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  32.84 
 
 
847 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  32.04 
 
 
847 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  31.93 
 
 
813 aa  226  6e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  30.44 
 
 
896 aa  226  8e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  33.52 
 
 
818 aa  225  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  34.37 
 
 
846 aa  223  8e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  46.01 
 
 
313 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.15 
 
 
817 aa  219  7.999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  39.94 
 
 
316 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  39.38 
 
 
608 aa  207  4e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  41.4 
 
 
320 aa  202  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  44.41 
 
 
312 aa  202  9.999999999999999e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  39.56 
 
 
684 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  39.25 
 
 
658 aa  194  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  29.95 
 
 
883 aa  194  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  39.94 
 
 
656 aa  193  5e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  30.53 
 
 
881 aa  192  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  40.5 
 
 
683 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  37.97 
 
 
351 aa  182  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  37.38 
 
 
343 aa  182  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  39.68 
 
 
311 aa  179  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  38.89 
 
 
846 aa  176  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  38.04 
 
 
872 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  38.78 
 
 
939 aa  175  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  35.4 
 
 
895 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  34.97 
 
 
940 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  40.45 
 
 
311 aa  173  5e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  35.56 
 
 
902 aa  172  1e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  37.38 
 
 
882 aa  172  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  35.37 
 
 
1001 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  35.42 
 
 
309 aa  172  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  35.62 
 
 
343 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  36.77 
 
 
358 aa  169  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  36 
 
 
954 aa  169  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  35.85 
 
 
866 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  35.62 
 
 
644 aa  168  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  37.06 
 
 
646 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  37.46 
 
 
927 aa  167  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  36.33 
 
 
918 aa  167  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  36.99 
 
 
329 aa  166  9e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  36.99 
 
 
329 aa  166  9e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  33.85 
 
 
930 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  36.8 
 
 
936 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  36.8 
 
 
936 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  33.75 
 
 
737 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  36.5 
 
 
932 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  36.53 
 
 
856 aa  159  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.839838 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>