More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_33070 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  41.11 
 
 		 2290 aa  773    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  100 
 
 		 1140 aa  2328    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  46.41 
 
 		 2076 aa  637    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  41.65 
 
 		 2145 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1054  YD repeat-containing protein  35.59 
 
 		 2286 aa  513  1e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.740201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  40.9 
 
 		 2007 aa  486  1e-136  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6407  YD repeat protein  36.32 
 
 		 2194 aa  371  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.524494 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3166  YD repeat protein  30.01 
 
 		 2542 aa  369  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000422225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1230  YD repeat protein  33.66 
 
 		 2191 aa  349  2e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.249326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1280  YD repeat-containing protein  33.9 
 
 		 2615 aa  249  2e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0638094 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.7 
 
 		 1953 aa  171  6e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  28.74 
 
 		 1834 aa  160  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.87 
 
 		 2094 aa  149  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  24.95 
 
 		 2138 aa  145  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  50.31 
 
 		 3273 aa  144  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  28.12 
 
 		 927 aa  139  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  26.89 
 
 		 690 aa  122  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  26.06 
 
 		 2497 aa  116  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3880  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.1 
 
 		 1391 aa  114  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  27.1 
 
 		 1427 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  26.08 
 
 		 2017 aa  108  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  25.62 
 
 		 3333 aa  107  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.86 
 
 		 1271 aa  107  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  27.67 
 
 		 1976 aa  107  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.5 
 
 		 1840 aa  105  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  26.3 
 
 		 1527 aa  105  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  25.44 
 
 		 1520 aa  103  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  25.62 
 
 		 2096 aa  103  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2933  Hedgehog/intein hint domain protein  42.39 
 
 		 400 aa  102  3e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0260555  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  27.03 
 
 		 2117 aa  102  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.12 
 
 		 1550 aa  101  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  25.55 
 
 		 1917 aa  100  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  27 
 
 		 1560 aa  99.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3428  YD repeat protein  37.72 
 
 		 2585 aa  99.4  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.968597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.46 
 
 		 3193 aa  99.4  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1002  hedgehog/intein hint, N-terminal  42.17 
 
 		 614 aa  98.2  8e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00822748  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  32.33 
 
 		 474 aa  97.4  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0446  hedgehog/intein hint domain-containing protein  46.21 
 
 		 238 aa  97.4  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.33 
 
 		 1942 aa  97.8  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  32.33 
 
 		 482 aa  97.4  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 1669 aa  97.1  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.37 
 
 		 1551 aa  94.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  24.7 
 
 		 1547 aa  94.7  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4037  YD repeat-containing protein  24.96 
 
 		 955 aa  94.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  26.54 
 
 		 1600 aa  94.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  29.6 
 
 		 2443 aa  94.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  25.96 
 
 		 1577 aa  93.2  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  27.85 
 
 		 1485 aa  92.8  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4038  YD repeat-containing protein  24.67 
 
 		 881 aa  89.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.23853 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  26.09 
 
 		 2437 aa  89  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  25.76 
 
 		 2283 aa  89.4  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.92 
 
 		 738 aa  89  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.66 
 
 		 1467 aa  88.6  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  26.21 
 
 		 2401 aa  88.2  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  24.48 
 
 		 2448 aa  88.2  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  26.68 
 
 		 2003 aa  87.4  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  24.84 
 
 		 1981 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  27.38 
 
 		 764 aa  86.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4344  insecticidal toxin protein, putative  23.65 
 
 		 886 aa  87  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  29.48 
 
 		 2510 aa  86.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  26.42 
 
 		 889 aa  86.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  23.8 
 
 		 2413 aa  85.9  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5746  YD repeat protein  22.65 
 
 		 2652 aa  85.1  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  26.4 
 
 		 903 aa  85.1  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  23.14 
 
 		 1959 aa  85.1  0.000000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  26.01 
 
 		 678 aa  84.3  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  26.77 
 
 		 788 aa  84.3  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  26.77 
 
 		 788 aa  84.3  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  24.93 
 
 		 1352 aa  84.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4032  YD repeat-containing protein  26.83 
 
 		 920 aa  84  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0529613 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  25.65 
 
 		 917 aa  84  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1512  YD repeat protein  24.42 
 
 		 2059 aa  83.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384432 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4251  YD repeat-containing protein  24.08 
 
 		 1628 aa  82.8  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.196463  normal  0.674162 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.45 
 
 		 1433 aa  82.4  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  24.47 
 
 		 1008 aa  82.4  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.86 
 
 		 1576 aa  82.4  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  24.47 
 
 		 1008 aa  82.4  0.00000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1051  YD repeat-containing protein  24.1 
 
 		 927 aa  82  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4340  insecticidal toxin protein, putative  24.44 
 
 		 940 aa  81.6  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  25.35 
 
 		 1147 aa  81.6  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  24.14 
 
 		 1345 aa  81.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  24.14 
 
 		 1345 aa  81.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  25.27 
 
 		 1517 aa  80.5  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  26.23 
 
 		 920 aa  80.1  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  24.56 
 
 		 3073 aa  80.1  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  29.94 
 
 		 2374 aa  80.5  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  24.43 
 
 		 1554 aa  80.1  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.62 
 
 		 3027 aa  79.7  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  24.16 
 
 		 2035 aa  79.3  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.37 
 
 		 1586 aa  79.3  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  23.56 
 
 		 1599 aa  79.3  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  26.06 
 
 		 1854 aa  79  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  24.51 
 
 		 1053 aa  78.6  0.0000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 2035 aa  78.6  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0586  YD repeat-containing protein  25.68 
 
 		 956 aa  78.2  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.178715 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  23.67 
 
 		 1572 aa  77.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  23.27 
 
 		 2032 aa  77.4  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4033  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 939 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.195324 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  26.17 
 
 		 2277 aa  77  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  23.64 
 
 		 1160 aa  77  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>