More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_30580 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001305  ANIA_05571  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) (Eurofung)  42.9 
 
 
1048 aa  705    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.532364 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1856  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.01 
 
 
963 aa  714    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.61724  normal  0.555418 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00685  alpha-ketoglutarate decarboxylase  45.61 
 
 
933 aa  747    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2910  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  45.61 
 
 
933 aa  747    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1750  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.05 
 
 
954 aa  747    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2449  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  48.01 
 
 
894 aa  754    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4189  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.85 
 
 
943 aa  781    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2625  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.79 
 
 
987 aa  761    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.835957  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1952  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.68 
 
 
937 aa  754    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1309  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.87 
 
 
884 aa  688    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1269  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.58 
 
 
953 aa  739    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_79721  alpha-ketoglutarate dehydrogenase  41.83 
 
 
1015 aa  684    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0668593 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1380  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.98 
 
 
955 aa  638    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1498  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.17 
 
 
954 aa  749    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2219  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.63 
 
 
934 aa  734    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67632  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1923  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.02 
 
 
1004 aa  761    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1930  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.7 
 
 
939 aa  750    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2199  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  47.44 
 
 
943 aa  782    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374775  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1177  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.87 
 
 
955 aa  636    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2013  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.13 
 
 
952 aa  735    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.430973 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3987  alpha-ketoglutarate decarboxylase  67.03 
 
 
1264 aa  1748    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.439029  normal  0.370702 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0025  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.47 
 
 
999 aa  717    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0166  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.17 
 
 
954 aa  749    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.673869  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1052  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.17 
 
 
954 aa  749    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0597  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.88 
 
 
936 aa  729    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0578  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.73 
 
 
936 aa  728    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01730  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), putative  44.46 
 
 
1055 aa  718    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.256683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2009  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.44 
 
 
943 aa  783    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0102  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.98 
 
 
961 aa  743    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2859  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.6 
 
 
945 aa  719    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.256736  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0566  alpha-ketoglutarate decarboxylase  66.16 
 
 
1214 aa  1514    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.622687  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2047  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.29 
 
 
950 aa  750    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.738586  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4481  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.66 
 
 
944 aa  666    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0255  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.39 
 
 
912 aa  723    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0124838  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1188  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.24 
 
 
1001 aa  691    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.489523  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0422  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.52 
 
 
985 aa  736    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1924  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.05 
 
 
954 aa  747    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.283552  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.77 
 
 
940 aa  772    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1614  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.33 
 
 
943 aa  786    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3492  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0965  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.79 
 
 
992 aa  762    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.192526  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2940  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.79 
 
 
907 aa  749    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000647014  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4649  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.19 
 
 
954 aa  750    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.355037 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2769  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.51 
 
 
896 aa  740    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1270  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.87 
 
 
955 aa  636    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1086  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.5 
 
 
945 aa  749    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0857  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.77 
 
 
935 aa  741    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.813693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1213  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.36 
 
 
987 aa  785    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326546  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2556  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.17 
 
 
954 aa  748    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0781  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.91 
 
 
939 aa  719    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0981915  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3748  alpha-ketoglutarate decarboxylase  60.73 
 
 
1244 aa  1472    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0278  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.84 
 
 
985 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.268531 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1180  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.99 
 
 
950 aa  732    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2515  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.52 
 
 
943 aa  743    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.908934  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0832  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.32 
 
 
912 aa  710    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0831  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.56 
 
 
985 aa  775    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.270147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2321  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.52 
 
 
963 aa  699    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.676675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2106  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.59 
 
 
953 aa  773    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000654804  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0191  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  48 
 
 
991 aa  760    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2624  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.61 
 
 
963 aa  704    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.844376  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2812  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.53 
 
 
953 aa  742    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.198639 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2183  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.3 
 
 
940 aa  744    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0544  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.84 
 
 
985 aa  765    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.898698  normal  0.505126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1217  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.58 
 
 
943 aa  792    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.718447  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0542  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.75 
 
 
989 aa  749    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.98 
 
 
961 aa  741    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2050  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.53 
 
 
950 aa  753    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.414377  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3507  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.91 
 
 
820 aa  674    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0140  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.57 
 
 
986 aa  721    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1822  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.1 
 
 
958 aa  719    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.549181 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3511  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.31 
 
 
983 aa  764    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364999  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2228  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.25 
 
 
940 aa  730    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.424063  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1028  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.19 
 
 
954 aa  753    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3973  alpha-ketoglutarate decarboxylase  66.64 
 
 
1269 aa  1742    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1772  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.05 
 
 
954 aa  747    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1799  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.76 
 
 
940 aa  743    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3398  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.03 
 
 
994 aa  752    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3979  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.09 
 
 
959 aa  711    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0538563 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3362  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.45 
 
 
946 aa  770    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.044527 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0959  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.56 
 
 
931 aa  704    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.292659  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1635  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.5 
 
 
939 aa  758    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.5 
 
 
939 aa  758    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.799991  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2609  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.79 
 
 
941 aa  772    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00855464 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2343  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.8 
 
 
940 aa  760    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0982455  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2817  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.54 
 
 
994 aa  761    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.900682  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1390  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.19 
 
 
954 aa  752    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44010  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.81 
 
 
943 aa  773    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2645  alpha-ketoglutarate decarboxylase  57.55 
 
 
1277 aa  1451    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.178892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1508  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.19 
 
 
954 aa  753    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3547  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  50 
 
 
901 aa  791    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2395  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.13 
 
 
981 aa  783    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0106518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.5 
 
 
939 aa  758    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.150842 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0586  alpha-ketoglutarate decarboxylase  60.13 
 
 
1233 aa  1495    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.577894  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0555  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.38 
 
 
988 aa  769    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0848498  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1737  alpha-ketoglutarate decarboxylase  58.97 
 
 
1263 aa  1464    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.765927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1427  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.2 
 
 
940 aa  733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.345596  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4047  alpha-ketoglutarate decarboxylase  66.64 
 
 
1269 aa  1742    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2252  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  44.34 
 
 
935 aa  729    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.392494  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4477  alpha-ketoglutarate decarboxylase  65.77 
 
 
1262 aa  1688    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.655001  normal  0.23332 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1154  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.3 
 
 
945 aa  771    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3248  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.67 
 
 
959 aa  728    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>