More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_28340 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_28340  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
188 aa  379  1e-104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595085  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0135  transcriptional regulator, TetR family  51.37 
 
 
181 aa  170  9e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0127  transcriptional regulator, TetR family  51.61 
 
 
191 aa  156  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00410003  normal  0.28897 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2930  transcriptional regulator, TetR family  47.57 
 
 
193 aa  156  2e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.585103  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2890  TetR family transcriptional regulator  47.49 
 
 
202 aa  150  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1385  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
178 aa  149  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3995  regulatory protein, TetR  44.09 
 
 
225 aa  142  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34730  transcriptional regulator, TetR family  46.59 
 
 
192 aa  141  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169686  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5689  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 
219 aa  141  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.784661  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2951  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
188 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00777364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2721  TetR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
194 aa  131  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5319  TetR family transcriptional regulator  42.63 
 
 
208 aa  131  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4037  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
200 aa  129  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.580741 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2715  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 
189 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4188  hypothetical protein  43.21 
 
 
169 aa  122  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.499034 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1371  transcriptional regulator, TetR family  36.87 
 
 
189 aa  122  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3097  TetR family transcriptional regulator  38.2 
 
 
189 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.127725  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3836  putative transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 
179 aa  120  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0612117 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0010  TetR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
205 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2003  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3117  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
204 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.490432 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4974  TetR family transcriptional regulator  41.71 
 
 
204 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792599  normal  0.404801 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2877  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
188 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.477107  normal  0.116943 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3175  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 
201 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5713  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 
190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3018  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
221 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4516  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 
197 aa  115  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.125793  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0008  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1515  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.512381  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0011  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0010  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.387363  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5704  TetR family transcriptional regulator  41.8 
 
 
201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.013286 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0010  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1156  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1436  TetR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7001  transcriptional regulator, TetR family  40.36 
 
 
221 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4534  TetR family transcriptional regulator  41.8 
 
 
201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5155  TetR family transcriptional regulator  41.8 
 
 
201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0355  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
192 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0481105 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4162  TetR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
210 aa  110  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1399  transcriptional regulator, TetR family  42.14 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.377036  hitchhiker  0.00124362 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0765  TetR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.448904  normal  0.172153 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0417  transcriptional regulator, TetR family  41.29 
 
 
183 aa  105  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2760  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
203 aa  104  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000891417  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2838  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
202 aa  104  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08110  transcriptional regulator  40.64 
 
 
198 aa  103  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.792237 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0865  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
211 aa  103  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5341  transcriptional regulator, TetR family  42.6 
 
 
204 aa  102  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.087744  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2105  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 
185 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24840  putative transcriptional regulator  39.44 
 
 
185 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0250  transcriptional regulator, TetR family  38.99 
 
 
201 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.804071  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2654  TetR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
196 aa  101  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136013  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0239  transcriptional regulator, TetR family  38.36 
 
 
201 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0220692  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0101  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
204 aa  100  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0228  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
201 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.527328  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1605  transcriptional regulator, TetR family  38.76 
 
 
187 aa  99.4  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3230  transcriptional regulator, TetR family  39.38 
 
 
191 aa  99  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0704446  hitchhiker  0.00000846551 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0612  TetR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
202 aa  98.6  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0141452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0303  TetR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
200 aa  95.5  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.130246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5419  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
257 aa  95.5  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2940  TetR family transcriptional regulator  35.06 
 
 
215 aa  94.7  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3360  TetR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
197 aa  94.7  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5953  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
195 aa  94.4  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0308427  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 
201 aa  94  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0627  transcriptional regulator, TetR family  38.57 
 
 
191 aa  93.6  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5709  TetR family transcriptional regulator  36.42 
 
 
195 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92684  normal  0.162375 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5659  TetR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
194 aa  93.2  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0433662  hitchhiker  0.00993278 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0193  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
184 aa  92.8  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.91859  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5133  TetR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
195 aa  92.8  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0406235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4512  transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 
188 aa  92  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.551086  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4644  transcriptional regulator, TetR family  36.05 
 
 
188 aa  92  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0446716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3262  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
192 aa  91.3  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00457442  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4955  transcriptional regulator, TetR family  39.56 
 
 
218 aa  91.3  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00123858  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1932  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
210 aa  89.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2611  TetR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
228 aa  89  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.620771 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2510  TetR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
181 aa  87.8  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225069  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4887  putative TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
191 aa  87.8  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0109337  normal  0.0985913 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2697  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 
202 aa  87.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1896  transcriptional regulator, TetR family  36.07 
 
 
196 aa  87.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.589186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0041  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
175 aa  85.9  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  35.03 
 
 
191 aa  85.5  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13194  TetR/AcrR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
200 aa  85.9  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.338711 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2399  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
190 aa  85.5  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5634  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
196 aa  85.5  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2440  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
190 aa  85.5  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2446  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
190 aa  85.5  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.401008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3566  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
187 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730164  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5255  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
196 aa  85.1  5e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0051  transcriptional regulator, TetR family  40.13 
 
 
192 aa  85.1  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0191549  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5344  TetR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
196 aa  85.1  5e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772275  normal  0.605205 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1157  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 
194 aa  84.7  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0870204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3628  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
214 aa  84.7  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0474  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 
234 aa  84.3  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4792  TetR family transcriptional regulator  33.53 
 
 
184 aa  84.3  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.165855  normal  0.419651 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2884  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
202 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3603  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
214 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1393  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
205 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3614  TetR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
218 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8504  putative transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 
197 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6222  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 
186 aa  82.8  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.366462  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>