More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_24620 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  100 
 
 		 389 aa  788    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.38 
 
 		 397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  51.2 
 
 		 377 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  50.4 
 
 		 377 aa  361  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  50.4 
 
 		 377 aa  361  1e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  48.68 
 
 		 380 aa  360  2e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.6 
 
 		 377 aa  359  4e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.42 
 
 		 380 aa  358  7e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  47.92 
 
 		 380 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  48.7 
 
 		 380 aa  354  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  47.92 
 
 		 380 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.63 
 
 		 377 aa  352  5e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  47.11 
 
 		 377 aa  352  8.999999999999999e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.37 
 
 		 377 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.88 
 
 		 377 aa  351  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  47.14 
 
 		 380 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.53 
 
 		 433 aa  349  6e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  47.4 
 
 		 380 aa  348  8e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.09 
 
 		 376 aa  347  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.88 
 
 		 376 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  45.26 
 
 		 387 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  45.26 
 
 		 387 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.83 
 
 		 376 aa  345  7e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.89 
 
 		 377 aa  344  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  48.38 
 
 		 389 aa  340  2.9999999999999998e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.76 
 
 		 376 aa  339  5e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  43.95 
 
 		 387 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  44.21 
 
 		 387 aa  331  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  43.95 
 
 		 387 aa  332  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  43.68 
 
 		 387 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  48.54 
 
 		 421 aa  330  3e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  43.68 
 
 		 387 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  44.74 
 
 		 391 aa  328  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  43.68 
 
 		 387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  43.63 
 
 		 389 aa  326  4.0000000000000003e-88  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  43.88 
 
 		 371 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  43.42 
 
 		 387 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  43.42 
 
 		 391 aa  324  2e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  44.77 
 
 		 390 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  44.48 
 
 		 359 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  44.2 
 
 		 391 aa  320  3.9999999999999996e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  42.37 
 
 		 391 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  42.37 
 
 		 391 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  43.65 
 
 		 391 aa  317  2e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  44.18 
 
 		 388 aa  317  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  42.37 
 
 		 391 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  41.88 
 
 		 391 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  42.37 
 
 		 391 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  46.67 
 
 		 390 aa  316  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.9 
 
 		 388 aa  317  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  42.11 
 
 		 391 aa  317  3e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  42.11 
 
 		 391 aa  317  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  41.88 
 
 		 391 aa  316  3e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  44.03 
 
 		 390 aa  316  6e-85  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  41.88 
 
 		 391 aa  315  9e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.01 
 
 		 388 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  42.67 
 
 		 391 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  46.72 
 
 		 398 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  45.27 
 
 		 388 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  42.11 
 
 		 391 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.6 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  44.5 
 
 		 388 aa  311  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  43.23 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.25 
 
 		 388 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  41.58 
 
 		 391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.57 
 
 		 376 aa  299  5e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.81 
 
 		 403 aa  290  2e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.7 
 
 		 390 aa  257  2e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.13 
 
 		 393 aa  256  5e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.07 
 
 		 388 aa  248  2e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.07 
 
 		 388 aa  247  3e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.97 
 
 		 386 aa  246  6e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  33.52 
 
 		 400 aa  198  2.0000000000000003e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.89 
 
 		 391 aa  189  1e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  33.24 
 
 		 434 aa  166  6.9999999999999995e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  28.69 
 
 		 392 aa  162  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.05 
 
 		 387 aa  159  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.28 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  34.02 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.02 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.93 
 
 		 381 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.26 
 
 		 382 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  30.68 
 
 		 398 aa  143  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.76 
 
 		 420 aa  140  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.32 
 
 		 397 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.53 
 
 		 379 aa  137  4e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1197  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.78 
 
 		 397 aa  137  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  33.53 
 
 		 396 aa  136  6.0000000000000005e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.89 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  30.62 
 
 		 443 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1794  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.24 
 
 		 401 aa  134  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  33.82 
 
 		 438 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.25 
 
 		 404 aa  133  5e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0731  ornithine decarboxylase  33.24 
 
 		 400 aa  132  7.999999999999999e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  33.78 
 
 		 417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  31.69 
 
 		 445 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  29.17 
 
 		 414 aa  131  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  27.98 
 
 		 418 aa  129  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1490  diaminopimelate decarboxylase  26.15 
 
 		 421 aa  127  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00291349  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1461  diaminopimelate decarboxylase  26.15 
 
 		 421 aa  127  3e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>