More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_19660 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  50.49 
 
 
1042 aa  890  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  46.94 
 
 
1031 aa  788  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  50.98 
 
 
1040 aa  898  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  51.28 
 
 
1042 aa  892  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  38.81 
 
 
1005 aa  679  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  100 
 
 
1059 aa  2104  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  37.99 
 
 
1014 aa  562  1e-158  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  37.43 
 
 
1010 aa  537  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  24.98 
 
 
1067 aa  243  9e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  24.62 
 
 
1066 aa  239  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  25.24 
 
 
1062 aa  238  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  24.95 
 
 
1062 aa  234  7e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.11997e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  24.48 
 
 
1081 aa  233  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.72228e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  25.05 
 
 
1062 aa  233  1e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  25.21 
 
 
1062 aa  233  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  25 
 
 
1062 aa  232  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  9.34915e-08 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  25.02 
 
 
1062 aa  231  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.93716e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  24.02 
 
 
1062 aa  229  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0017  amidohydrolase  24.33 
 
 
1049 aa  227  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  24.43 
 
 
1060 aa  226  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  23.96 
 
 
1069 aa  226  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  27.43 
 
 
1078 aa  224  5e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  24.34 
 
 
1065 aa  221  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.14616e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  24.65 
 
 
1062 aa  218  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  26.38 
 
 
1138 aa  203  1e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  26.41 
 
 
1062 aa  202  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  23.77 
 
 
1084 aa  199  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  23.54 
 
 
1071 aa  183  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  24.1 
 
 
1111 aa  172  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  23.35 
 
 
1113 aa  164  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  23.32 
 
 
1052 aa  145  5e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  2.34818e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  29.41 
 
 
445 aa  130  1e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  28.38 
 
 
1097 aa  120  1e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  26.18 
 
 
1090 aa  117  1e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  25.84 
 
 
1082 aa  117  1e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5176  amidohydrolase  28.04 
 
 
686 aa  115  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.167618  normal  0.830849 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  28.44 
 
 
430 aa  114  7e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  31.63 
 
 
1125 aa  108  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0015  amidohydrolase  23.78 
 
 
598 aa  108  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  33.21 
 
 
432 aa  108  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  33.09 
 
 
443 aa  105  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3982  amidohydrolase  26.78 
 
 
445 aa  103  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  27.31 
 
 
459 aa  100  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  28.07 
 
 
455 aa  100  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  24.33 
 
 
426 aa  99.8  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  27.93 
 
 
438 aa  96.3  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  33.48 
 
 
1028 aa  95.5  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  25.94 
 
 
717 aa  94.7  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3211  amidohydrolase  24.56 
 
 
680 aa  94.7  9e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.361649  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0971  amidohydrolase 3  27.54 
 
 
666 aa  94.7  9e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.59323  normal  0.0406107 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  29.78 
 
 
427 aa  94.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.81605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  26.85 
 
 
590 aa  94.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  24.41 
 
 
441 aa  93.6  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  26.05 
 
 
433 aa  93.2  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  33.17 
 
 
572 aa  93.6  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  9.00599e-07 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3582  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.88 
 
 
407 aa  93.2  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  27.18 
 
 
432 aa  92.4  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3513  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.51 
 
 
407 aa  92.4  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  2.66488e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3381  amidohydrolase  24.69 
 
 
455 aa  91.7  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.936479  normal  0.571146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  27.69 
 
 
428 aa  91.3  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  27.02 
 
 
440 aa  91.3  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2556  amidohydrolase  25.77 
 
 
483 aa  89.7  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  31.15 
 
 
440 aa  89.7  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  26.73 
 
 
433 aa  89.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  25.81 
 
 
440 aa  88.6  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2661  amidohydrolase  26.73 
 
 
484 aa  88.6  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  28.41 
 
 
429 aa  88.6  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.0948e-15  normal 
 
 
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  31.19 
 
 
567 aa  88.2  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  1.19274e-05 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  35.54 
 
 
446 aa  87.8  1e-15  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4427  translocation protein TolB  30.74 
 
 
441 aa  87  2e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.500534 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2122  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  31.14 
 
 
446 aa  86.7  2e-15  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.256883  normal  0.227077 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  28.63 
 
 
450 aa  86.7  2e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  25.71 
 
 
444 aa  86.3  3e-15  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1105  amidohydrolase  26.52 
 
 
478 aa  86.3  3e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.310318 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  32.79 
 
 
422 aa  85.9  4e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  32.79 
 
 
422 aa  85.9  4e-15  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  24.78 
 
 
407 aa  85.5  5e-15  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  27.29 
 
 
969 aa  85.1  6e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  24.01 
 
 
426 aa  84.7  8e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0268  amidohydrolase  26.12 
 
 
451 aa  84.7  8e-15  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.863034  normal  0.27554 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3066  amidohydrolase  24.55 
 
 
490 aa  84.3  1e-14  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0888  translocation protein TolB  28.83 
 
 
426 aa  83.6  2e-14  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51720  translocation protein TolB  29.63 
 
 
432 aa  83.2  2e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.09745e-08  hitchhiker  3.39249e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  25.31 
 
 
442 aa  83.2  2e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.49314e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  26.3 
 
 
451 aa  83.2  2e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4536  translocation protein TolB  29.63 
 
 
432 aa  83.6  2e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  32 
 
 
428 aa  83.6  2e-14  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  27.61 
 
 
1067 aa  83.6  2e-14  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  25.12 
 
 
442 aa  82.8  3e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.86682e-08  hitchhiker  1.62747e-05 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2344  amidohydrolase  25.84 
 
 
485 aa  83.2  3e-14  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.684912  normal  0.818181 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  25.12 
 
 
442 aa  82.8  3e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  9.78843e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  25.12 
 
 
442 aa  82.8  3e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.14613e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2115  amidohydrolase  27.42 
 
 
426 aa  82.4  4e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.06 
 
 
444 aa  82.4  4e-14  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  2.57607e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  24.28 
 
 
431 aa  82.4  4e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0847  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  25.06 
 
 
700 aa  82.4  4e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.704427  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  26.06 
 
 
440 aa  81.6  7e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.66572e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  25.53 
 
 
441 aa  81.6  7e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.32022e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  28.37 
 
 
437 aa  81.6  8e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  28.37 
 
 
440 aa  81.6  8e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>