More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_18610 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_18610  citrate lyase beta subunit  100 
 
 
278 aa  538  1e-152  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  54.45 
 
 
286 aa  270  2e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4946  HpcH/HpaI aldolase  41.54 
 
 
269 aa  158  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  33.45 
 
 
294 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2717  citrate lyase  35.29 
 
 
275 aa  155  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6334  Citrate (pro-3S)-lyase  43.01 
 
 
277 aa  155  6e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.133288  normal  0.682082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6652  HpcH/HpaI aldolase  43.24 
 
 
275 aa  153  3e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2226  citrate lyase beta subunit  43.84 
 
 
290 aa  152  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.709952  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  38.06 
 
 
277 aa  152  6e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6255  HpcH/HpaI aldolase  40.23 
 
 
291 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.76273 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5950  HpcH/HpaI aldolase  39.47 
 
 
291 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.392121  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1261  putative citrate lyase  48.03 
 
 
290 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.821409  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3029  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  48.03 
 
 
290 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6600  HpcH/HpaI aldolase  41.89 
 
 
270 aa  146  4e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.0929834 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3539  HpcH/HpaI aldolase  40.29 
 
 
279 aa  146  4e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974431  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  32.42 
 
 
296 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4079  HpcH/HpaI aldolase  40.83 
 
 
283 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3295  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.9 
 
 
280 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.820787 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3464  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.9 
 
 
280 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.761974  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3362  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.9 
 
 
280 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0977965  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3369  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  35.9 
 
 
280 aa  141  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.440795 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2581  putative citrate lyase beta subunit  40.66 
 
 
278 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.179073 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6108  HpcH/HpaI aldolase  39.39 
 
 
268 aa  139  4e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  9.04095e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6171  citrate (pro-3S)-lyase  43.24 
 
 
267 aa  139  5e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5807  citrate lyase  43.24 
 
 
267 aa  139  5e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3810  HpcH/HpaI aldolase  41.38 
 
 
279 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0149  putative citrate lyase, beta subunit  40.94 
 
 
274 aa  138  9e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.678865  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0168  citrate lyase, beta subunit, putative  40.94 
 
 
274 aa  138  9e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0332252  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0669  putative HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase  37.69 
 
 
274 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0106618  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  34.97 
 
 
293 aa  136  3e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1348  HpcH/HpaI aldolase  42.91 
 
 
276 aa  136  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  35.02 
 
 
306 aa  135  7e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  34.95 
 
 
291 aa  135  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2534  Citryl-CoA lyase  36.17 
 
 
274 aa  134  1e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.426943  normal  0.459191 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  34.42 
 
 
306 aa  134  2e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.38772e-05 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6514  HpcH/HpaI aldolase  36.23 
 
 
278 aa  134  2e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0406501 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34570  citrate lyase beta chain  39.86 
 
 
275 aa  133  2e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  34.06 
 
 
306 aa  133  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4801  HpcH/HpaI aldolase  41.35 
 
 
289 aa  133  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.147355 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1039  HpcH/HpaI aldolase  41.85 
 
 
271 aa  132  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19950  citrate lyase beta subunit  37.8 
 
 
281 aa  132  7e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.251575  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0865  HpcH/HpaI aldolase  32.96 
 
 
276 aa  132  8e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.903723  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6415  HpcH/HpaI aldolase  32.95 
 
 
294 aa  131  1e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6127  HpcH/HpaI aldolase  32.58 
 
 
294 aa  131  1e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.986067 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3200  HpcH/HpaI aldolase  39.5 
 
 
274 aa  131  2e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  35.59 
 
 
282 aa  130  2e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1621  HpcH/HpaI aldolase  40.64 
 
 
362 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0115166  decreased coverage  1.58082e-08 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1243  HpcH/HpaI aldolase  35.51 
 
 
282 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.31934  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3486  HpcH/HpaI aldolase  37.41 
 
 
279 aa  129  4e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0114  HpcH/HpaI aldolase  37.36 
 
 
289 aa  129  4e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.345812 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  35.61 
 
 
292 aa  129  5e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  37.32 
 
 
290 aa  129  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0131  HpcH/HpaI aldolase  36.98 
 
 
289 aa  127  1e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4082  citrate lyase  37.5 
 
 
270 aa  128  1e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  35.84 
 
 
292 aa  128  1e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1194  HpcH/HpaI aldolase  40.23 
 
 
289 aa  127  2e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.355955  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4179  citrate lyase  34.53 
 
 
302 aa  127  2e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129518  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  39.92 
 
 
276 aa  127  2e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  33.1 
 
 
298 aa  127  2e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0816  Citryl-CoA lyase  35.71 
 
 
287 aa  127  2e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.653692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4171  Citryl-CoA lyase  34.53 
 
 
305 aa  127  2e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00188553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2118  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.71 
 
 
280 aa  126  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.397559 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2171  HpcH/HpaI aldolase  34.08 
 
 
271 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4340  HpcH/HpaI aldolase  38.36 
 
 
277 aa  126  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0552046  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7302  HpcH/HpaI aldolase  39.63 
 
 
283 aa  126  4e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.488108  normal  0.498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3049  HpcH/HpaI aldolase  39.11 
 
 
272 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.100849  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2156  HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family protein  33.83 
 
 
280 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.928394  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2266  HpcH/HpaI aldolase  33.83 
 
 
280 aa  125  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4556  HpcH/HpaI aldolase  40 
 
 
274 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2742  HpcH/HpaI aldolase  33.61 
 
 
287 aa  124  1e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00490393 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  33.33 
 
 
290 aa  124  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6894  Citryl-CoA lyase  40.66 
 
 
273 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0204  HpcH/HpaI aldolase  37.34 
 
 
311 aa  124  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.446132  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3163  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.43 
 
 
280 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.517185  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7288  citrate lyase  32.76 
 
 
295 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.380781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4130  citrate (pro-3S)-lyase  35.92 
 
 
285 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  33.81 
 
 
306 aa  122  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  31.77 
 
 
289 aa  122  7e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2028  HpcH/HpaI aldolase  39.63 
 
 
295 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0580  HpcH/HpaI aldolase  41.09 
 
 
297 aa  121  1e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2641  Citryl-CoA lyase  33.56 
 
 
295 aa  121  1e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2139  HpcH/HpaI aldolase  40.66 
 
 
290 aa  121  1e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.747659  decreased coverage  0.00493167 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2417  HpcH/HpaI aldolase  38.87 
 
 
271 aa  120  2e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.21523 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4282  HpcH/HpaI aldolase  35.29 
 
 
280 aa  120  2e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.41121  normal  0.174407 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  30.56 
 
 
304 aa  120  3e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0989  putative citrate lyase, beta subunit  37.86 
 
 
274 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.911423 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  32.91 
 
 
269 aa  120  4e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0511  HpcH/HpaI aldolase  31.39 
 
 
293 aa  120  4e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3032  HpcH/HpaI aldolase  33.61 
 
 
289 aa  119  4e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.752925  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4374  HpcH/HpaI aldolase  35.11 
 
 
278 aa  119  5e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4110  HpcH/HpaI aldolase  45.15 
 
 
266 aa  119  5e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0618  Citrate (pro-3S)-lyase  37.79 
 
 
270 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0840536 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  34.04 
 
 
291 aa  119  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  32.99 
 
 
291 aa  119  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  33.33 
 
 
301 aa  119  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  35.34 
 
 
406 aa  118  8e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2556  HpcH/HpaI aldolase  34.67 
 
 
267 aa  118  9e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.404937 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  32.32 
 
 
291 aa  118  1e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4631  acyl-CoA lyase beta chain  38.06 
 
 
275 aa  118  1e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1045  HpcH/HpaI aldolase  36.4 
 
 
281 aa  117  1e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00200106  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>