115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_17360 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  48.24 
 
 		 962 aa  727    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 943 aa  1894    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  38.45 
 
 		 922 aa  443  1e-123  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  37.13 
 
 		 968 aa  410  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.41 
 
 		 970 aa  405  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  38.28 
 
 		 1540 aa  401  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  36.67 
 
 		 965 aa  394  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  34.57 
 
 		 918 aa  362  1e-98  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  30 
 
 		 948 aa  360  5e-98  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  33.37 
 
 		 944 aa  332  3e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  35.11 
 
 		 986 aa  329  1.0000000000000001e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  29.63 
 
 		 887 aa  314  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  36.02 
 
 		 929 aa  289  2e-76  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  32.11 
 
 		 899 aa  288  2.9999999999999996e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  27.9 
 
 		 908 aa  283  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.31 
 
 		 944 aa  282  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  31.91 
 
 		 901 aa  270  7e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  29.02 
 
 		 905 aa  264  6.999999999999999e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  32.39 
 
 		 832 aa  260  7e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.93 
 
 		 885 aa  259  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  28.62 
 
 		 854 aa  253  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  32.58 
 
 		 927 aa  251  5e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  30.37 
 
 		 879 aa  249  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.24 
 
 		 971 aa  243  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  28.52 
 
 		 860 aa  231  6e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  31.81 
 
 		 919 aa  231  6e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.63 
 
 		 892 aa  222  3e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  28.7 
 
 		 933 aa  218  5.9999999999999996e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  27.79 
 
 		 899 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  28.85 
 
 		 921 aa  211  6e-53  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  29.86 
 
 		 860 aa  209  3e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  26.81 
 
 		 915 aa  207  8e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  32.55 
 
 		 912 aa  204  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  28.21 
 
 		 899 aa  204  7e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  27.65 
 
 		 854 aa  201  7e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  27.61 
 
 		 912 aa  200  1.0000000000000001e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  28.98 
 
 		 908 aa  198  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  27.46 
 
 		 888 aa  198  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  29.4 
 
 		 907 aa  198  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  26.95 
 
 		 887 aa  197  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  27.97 
 
 		 888 aa  196  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  27.84 
 
 		 888 aa  196  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  32.6 
 
 		 837 aa  195  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  28.47 
 
 		 906 aa  195  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  28.25 
 
 		 899 aa  194  8e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  28.23 
 
 		 885 aa  194  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  26.15 
 
 		 887 aa  192  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  29.1 
 
 		 904 aa  187  6e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  30.99 
 
 		 897 aa  187  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  29.52 
 
 		 892 aa  178  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  32.57 
 
 		 594 aa  177  7e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  29.07 
 
 		 871 aa  177  7e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  29.33 
 
 		 883 aa  173  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.6 
 
 		 897 aa  170  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  31.38 
 
 		 701 aa  169  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  26.98 
 
 		 823 aa  168  4e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  31.78 
 
 		 897 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.63 
 
 		 920 aa  160  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  30.14 
 
 		 876 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.71 
 
 		 885 aa  154  5.9999999999999996e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  30.17 
 
 		 881 aa  154  7e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  30.38 
 
 		 868 aa  152  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  32 
 
 		 871 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  31.5 
 
 		 888 aa  143  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  30 
 
 		 887 aa  137  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  28.77 
 
 		 857 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  21.72 
 
 		 737 aa  107  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  31.05 
 
 		 456 aa  102  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  25.84 
 
 		 778 aa  94  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  26.41 
 
 		 764 aa  93.2  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  25.12 
 
 		 827 aa  92  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  23.69 
 
 		 763 aa  92  5e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  28.82 
 
 		 729 aa  91.3  9e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  28.85 
 
 		 795 aa  81.3  0.00000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  21.8 
 
 		 744 aa  80.1  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  22.88 
 
 		 741 aa  79.3  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.75 
 
 		 750 aa  78.2  0.0000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  21.63 
 
 		 736 aa  77.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  28.16 
 
 		 801 aa  76.6  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  24.68 
 
 		 781 aa  76.6  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  26.2 
 
 		 779 aa  73.9  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  22.69 
 
 		 762 aa  72.8  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  21.88 
 
 		 807 aa  71.6  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  23.94 
 
 		 917 aa  68.9  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  39.42 
 
 		 873 aa  67  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  34.43 
 
 		 775 aa  65.5  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  24.81 
 
 		 783 aa  64.7  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  42.99 
 
 		 566 aa  64.3  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  20.28 
 
 		 726 aa  63.9  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  22.11 
 
 		 729 aa  62.4  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  30.71 
 
 		 843 aa  59.7  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  20.77 
 
 		 741 aa  60.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1622  CRISPR-associated helicase Cas3  24.36 
 
 		 780 aa  60.1  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2808  CRISPR-associated helicase Cas3, Anaes-subtype  41.18 
 
 		 933 aa  58.9  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  22.87 
 
 		 804 aa  57.4  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4335  CRISPR-associated helicase Cas3  25.42 
 
 		 904 aa  57  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0995159  decreased coverage  0.00193959 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  39.45 
 
 		 799 aa  57  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1525  CRISPR-associated helicase Cas3  23.44 
 
 		 582 aa  55.5  0.000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  29.06 
 
 		 850 aa  53.5  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  26.11 
 
 		 791 aa  52.8  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>