More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_15000 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  100 
 
 
184 aa  366  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  70.22 
 
 
188 aa  259  2e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  69.49 
 
 
186 aa  257  8e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1459  helix-turn-helix domain protein  66.1 
 
 
182 aa  232  2.0000000000000002e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4544  transcriptional regulator, XRE family  68.52 
 
 
215 aa  232  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.796901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4079  XRE family transcriptional regulator  60.11 
 
 
182 aa  224  6e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  59.55 
 
 
182 aa  221  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  59.55 
 
 
182 aa  221  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  59.55 
 
 
182 aa  221  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  59.55 
 
 
182 aa  221  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  59.55 
 
 
182 aa  221  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  61.88 
 
 
183 aa  221  6e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3725  DNA-binding protein  57.47 
 
 
258 aa  207  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  54.49 
 
 
189 aa  205  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  52.2 
 
 
200 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  35.84 
 
 
201 aa  108  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0073  helix-turn-helix domain-containing protein  35.67 
 
 
210 aa  93.2  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  30.25 
 
 
192 aa  91.3  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  33.52 
 
 
203 aa  91.3  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  33.33 
 
 
175 aa  89.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  30.46 
 
 
176 aa  89.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 
178 aa  89  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  33.13 
 
 
652 aa  87.4  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 
207 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  29.01 
 
 
192 aa  85.5  4e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  28.66 
 
 
182 aa  85.5  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  29.01 
 
 
260 aa  85.5  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 
203 aa  85.1  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2453  XRE family transcriptional regulator  33.14 
 
 
175 aa  84.7  7e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.68554  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
224 aa  84.3  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
188 aa  84  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 
187 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  33.13 
 
 
189 aa  84  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 
185 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  32.3 
 
 
178 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 
178 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 
198 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 
178 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 
198 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 
185 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  37.58 
 
 
528 aa  83.2  0.000000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 
186 aa  82.4  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5123  hypothetical protein  29.12 
 
 
198 aa  80.9  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.639471 
 
 
-
 
NC_004310  BR1852  Cro/CI family transcriptional regulator  33.54 
 
 
642 aa  80.9  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2928  DNA-binding protein  25.16 
 
 
185 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384603 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  28.22 
 
 
178 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  33.72 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  25.31 
 
 
185 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  28.22 
 
 
178 aa  79.7  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
516 aa  79.7  0.00000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.22 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  28.22 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  25.79 
 
 
185 aa  79  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  28.22 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  28.22 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  28.22 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  25.79 
 
 
185 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  25.16 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  25.16 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  25.16 
 
 
185 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  32.92 
 
 
182 aa  78.2  0.00000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  33.94 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  29.69 
 
 
209 aa  78.2  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  77.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  27.16 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  29.19 
 
 
175 aa  77.8  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  25.16 
 
 
185 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 
188 aa  77.4  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  27.16 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  25.61 
 
 
259 aa  76.6  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  27.37 
 
 
190 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  24.53 
 
 
185 aa  76.3  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  32.52 
 
 
187 aa  75.9  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  29.19 
 
 
215 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  27.16 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 
190 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  28.4 
 
 
202 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 
209 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  28.4 
 
 
202 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  26.25 
 
 
188 aa  74.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  28.4 
 
 
202 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  28.81 
 
 
212 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  28.81 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  28.95 
 
 
209 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  28.4 
 
 
202 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1109  XRE family transcriptional regulator  26.26 
 
 
183 aa  72.8  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  28.4 
 
 
202 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  28.4 
 
 
202 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  28.4 
 
 
202 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  28.4 
 
 
202 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  24.53 
 
 
184 aa  72.4  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>