40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_13920 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_13920  CRISPR-associated protein, Cse3 family  100 
 
 		 197 aa  390  1e-107  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.475319 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1588  CRISPR-associated Cse3 family protein  33.33 
 
 		 232 aa  84.7  9e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0734757  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1976  CRISPR-associated Cse3 family protein  34.19 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0708342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0945  CRISPR-associated protein, Cse3 family  33.51 
 
 		 214 aa  72  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.417479  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17180  CRISPR-associated protein, Cse3 family  33.16 
 
 		 207 aa  68.2  0.00000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.784887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2829  CRISPR-associated Cse3 family protein  32.28 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0764  CRISPR system CASCADE complex protein CasE  27.49 
 
 		 215 aa  64.7  0.0000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0680361 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17220  CRISPR-associated protein, CT1974  29.86 
 
 		 205 aa  64.3  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3756  CRISPR-associated Cse3 family protein  24.51 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.353675 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4089  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.09 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.208178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2443  CRISPR-associated protein, Cse3 family  22.55 
 
 		 219 aa  62  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.880295 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3050  CRISPR-associated protein, Cse3 family  28.95 
 
 		 215 aa  62  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000131653  hitchhiker  0.000844358 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2652  CRISPR-associated protein, Cse3 family  26.85 
 
 		 230 aa  61.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3014  Cse3 family CRISPR-associated protein  28.27 
 
 		 210 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00083763  normal  0.0405409 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1596  CRISPR-associated Cse3 family protein  28.87 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00642378  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1900  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25.88 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2577  CRISPR-associated Cse3 family protein  32.86 
 
 		 227 aa  59.3  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0617652 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2895  CRISPR-associated Cse3 family protein  28.1 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.698854  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0984  CRISPR-associated protein, Cse3 family  32.06 
 
 		 226 aa  58.2  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2684  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.12 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000634043  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1235  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.32 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00100035  normal  0.670253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1285  CRISPR-associated protein, Cse3 family  26.6 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0932  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.62 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0956  CRISPR-associated Cse3 family protein  27.62 
 
 		 199 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17310  CRISPR-associated protein, Cse3 family  31.58 
 
 		 241 aa  55.1  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2338  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.34 
 
 		 224 aa  54.7  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2634  CRISPR-associated Cse3 family protein  28.07 
 
 		 211 aa  53.1  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.38182  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3905  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.89 
 
 		 236 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal  0.123474 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1389  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.44 
 
 		 202 aa  52.4  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.831554  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0909  CRISPR-associated protein, Cse3 family  28.47 
 
 		 215 aa  52  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1531  Cse3 family CRISPR-associated protein  27.62 
 
 		 230 aa  48.9  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.010314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0022  hypothetical protein  29.07 
 
 		 275 aa  48.5  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.724418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1587  transcriptional regulator, Fis family protein  24.1 
 
 		 180 aa  48.5  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.551291  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3067  crispr-associated protein, Cse3 family  24.24 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3250  crispr-associated protein, Cse3 family  24.24 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.149131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0598  CRISPR-associated Cse3 family protein  30 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000000163206  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3133  Cse3 family CRISPR-associated protein  24.24 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2673  CRISPR-associated protein, Cse3 family  24.24 
 
 		 215 aa  42.7  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0170  CRISPR-associated Cse3 family protein  33.33 
 
 		 220 aa  42  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396726  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2884  CRISPR-associated Cse3 family protein  30 
 
 		 216 aa  41.6  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.542217  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>